<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Koray,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">First, thanks for your observation about the ugly spam. We have had two reports, and don't have enough information to know whether this is someone who has joined the list, or is intercepting the content in some other way. We'll try to do some
 forensics to identify the problem and eliminate it. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Umm, taking your technical questions from the most sensitive and working backward:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Yes, we believe a whole lot of serious projects actually make use of BioPortal. We've been running a lot of analytics lately, and conservatively, we're seeing 35,000 page views weekly, and 11,000,000 API requests weekly (daily: 5000 pages/1.6
 million API calls); these numbers are growing. We are confident these numbers are "real"; they exclude all known robots and anything with query behavior that looks like a robot, and there are a large number of unique users in both categories.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'm going to go out on a limb here and say that most dev users who want to deal with specific (unique) concepts from ontologies will want to use the IRI that the ontology provider has specified as the unique identifier. (We consider the ontology
 itself the authority in this regard.)  This is how I would expect most researchers to "query by code"; it increases interoperability, and reduces the likelihood of missing content. (Because nothing prevents the same concept from being re-identified multiple
 times, with multiple 'unique identifiers', whether within <a href="http://identifiers.org" class="">
identifiers.org</a> or other services. Of course that works in the one direction because it resolves to the real identifier, but starts to fail if someone uses the
<a href="http://identifiers.org" class="">identifiers.org</a> IRI within some ontology.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It appears that in the specific case of OPB, they have gone to the trouble of using
<a href="http://identifiers.org" class="">identifiers.org</a> to make the identifier in the ontology align with the identifier given to
<a href="http://identifiers.org" class="">identifiers.org</a> (different paths, but matching ID string at the end). However, BioPortal doesn't know what the full IRI is that
<a href="http://identifiers.org" class="">identifiers.org</a> is using; <a href="http://identifiers.org" class="">
identifiers.org</a> simply maps the unique (non-path) part of that identifier into a new path, namely the BioPortal purl path. And the term itself, in the ontology, has the actual unique identifier <a href="http://bhi.washington.edu/OPB#OPB_00340" class="">http://bhi.washington.edu/OPB#OPB_00340</a>,
 which is the thing that is searchable in BioPortal.  So BioPortal doesn't know what prefix got assigned in
<a href="http://Identifiers.org" class="">Identifiers.org</a>; that capability is overlaid on top of the BioPortal system by an external system.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Would you be able to tell us more detail about your statement "pretty much all the biomedical research community is using <a href="http://identifiers.org" class="">identifiers.org</a> IRIs"?  Am I correct that you are saying they are using the
<a href="http://identifier.org" class="">identifier.org</a> identifiers, instead of the identifiers specified in the ontologies? It would be great to understand the community that you are describing. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks for relaying your use case, I hope this provides some helpful context.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 28, 2017, at 5:37 PM, Koray Atalag <<a href="mailto:k.atalag@auckland.ac.nz" class="">k.atalag@auckland.ac.nz</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">Thanks for prompt reply,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">An important issue: I’ve sent a previous support request without logging on to bioportal and immediately I started receiving SPAM email with explicit porn content!
 I’ve sent to the support email.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">Back to my problem – I’m actually quite surprised that you don’t support this as pretty much all the biomedical research community is using<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://identifiers.org/" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">identifiers.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>IRIs
 and that only points to the original organisation’s website usually; however the key to reach a particular term in a given ontology is given in the original URL. For example OLS from EBI supports this but they don’t have all the ontologies I need (e.g. OPB)<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">This does raise the question whether a lot of serious projects are actually making use of bioportal?? I think most dev users will want to query by code than just
 do text searching…Am I missing something here?<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">Cheers,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">-koray<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>Michael Dorf
 [<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mailto:mdorf@stanford.edu</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Wednesday, 1 March 2017 2:22 p.m.<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Koray Atalag<br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Search by code from REST API<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Hi Koray,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Thank you for contacting us. I’m not sure whether I understood you entirely, but BioPortal allows searching by the full term id, and you can always limit the search by the ontology acronym (to eliminate instances of the same term in other ontologies:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<a href="http://bioportal.bioontology.org/search?q=http://bhi.washington.edu/OPB#OPB_00340&ontologies=OPB" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://bioportal.bioontology.org/search?q=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340&ontologies=OPB</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
The equivalent API search is (you’ll need to add your apikey parameter): <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/search?q=http://bhi.washington.edu/OPB#OPB_00340&ontologies=OPB" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/search?q=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340&ontologies=OPB</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
At the moment we don’t allow searches by the short IDs (i.e. OPB_00340).<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Thanks!<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Michael<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
On Feb 27, 2017, at 7:21 PM, Koray Atalag <<a href="mailto:k.atalag@auckland.ac.nz" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">k.atalag@auckland.ac.nz</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Hi,<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I’m trying to get prefLabel based on ontology identifier (e.g. in the form of<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://identifier.org/" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(149, 79, 114);" class="">identifier.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>URIs)<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">I reckon you allow for searching by terms but not ontology codes – is there a way to do this?<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Let’s say I have this URI:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://identifiers.org/opb/OPB_00340" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(149, 79, 114);" class="">http://identifiers.org/opb/OPB_00340</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">So given I know I’m looking into OPB and code: 00340 I want to access the bioportal record and get prefLabel<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">For example using web interface I can get:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OPB?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(149, 79, 114);" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OPB?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fbhi.washington.edu%2FOPB%23OPB_00340</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Many thanks in advance<o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Cheers,<o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">-koray<o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
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<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  <br class="">
skype: graybealski<br class="">
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