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<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Scott,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We had a BioPortal outage this morning, which was likely the cause of the error you saw.  BioPortal has been restored - please try again and let us know if you’re still experiencing issues.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Apologies for the inconvenience.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 15, 2017, at 7:16 AM, Scott Keating <<a href="mailto:sjk3001@med.cornell.edu" class="">sjk3001@med.cornell.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
My name is Scott Keating, and I am a research aide at Weill Cornell Medical College in New York City. I am emailing you today because I am receiving a strange error in running some code for the NCBO annotator that I am hoping you might be able to help with.
 After running the following code in the “R” programming language, the following error occurs: “Error: Unauthorized”. If anyone happens on your end happens to know what my problem might be, I would greatly appreciate their input. I have entered both my unique
 API key, and also the simple work “apikey” to no avail. I have emailed you all before and you were very helpful. Thank you for your hard work! The following is my R code:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
library(bitops)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
library(RCurl)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
url <- "<a href="http://data.bioontology.org/annotator" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/annotator</a>"<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
cat(url,"\n")<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
text <- readLines("C:/Users/SJK3001/Desktop/text.txt")<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
apikey <- "fbcd9b23-1a86-4e1d-9af2-ac417482bdef"<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
for (sentence_id in 1:length(text)) {<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
  current_sentence <-<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
    as.character(text[sentence_id]) # current sentence to process<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
  cat("#", sentence_id, "from", length(text),<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
      ":", current_sentence, "\n")<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
result <- postForm(url,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "text"=current_sentence,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "apikey"=apikey,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "ontologies"={"DDO"},<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "exact_match"="false",<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   #"include" = "all"<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "mappings"= "all",<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "whole_word_only"="false",<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
                   "format"="xml")<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
}<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Again, I think the problem has something to do with the API key based on the error. Thank you for your help!<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Best,<br class="">
Scott Keating<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
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