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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Hello Jennifer,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Thank you very much. This is great.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Best<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Lewis<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Dr. Lewis John McGibbney Ph.D., B.Sc.</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Data Scientist II</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Computer Science for Data Intensive Applications Group 398M</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Jet Propulsion Laboratory</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">California Institute of Technology </span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="IT" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">4800 Oak Grove Drive</span><span lang="IT" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="IT" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Pasadena, California 91109-8099</span><span lang="IT" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Mail Stop : 158-256C</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Tel:  (+1) (818)-393-7402</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Cell: (+1) (626)-487-3476</span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Fax:  (+1) (818)-393-1190</span><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black">Email: lewis.j.mcgibbney@jpl.nasa.gov</span><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black">           </span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><img width="83" height="26" id="_x0000_i1025" src="cid:image001.png@01D29E95.7E69E2F0"></span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div id="maincontent">
<div id="outputFigDisplay">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier;color:black"> Dare Mighty Things</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span style="font-family:Calibri;color:black">From:
</span></b><span style="font-family:Calibri;color:black">Jennifer Leigh Vendetti <vendetti@stanford.edu><br>
<b>Date: </b>Thursday, March 16, 2017 at 5:07 PM<br>
<b>To: </b>"Mcgibbney, Lewis J (398M)" <Lewis.J.Mcgibbney@jpl.nasa.gov><br>
<b>Cc: </b>"bioontology-support@lists.stanford.edu" <bioontology-support@lists.stanford.edu><br>
<b>Subject: </b>Re: [bioontology-support] Issues using BioPortal REST API<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Hello Dr. McGibbney, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">There’s a difference in the first part of the URL depending on whether you want to access the virtual appliance UI, or the REST service.  In your case, the UI URL is:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><a href="http://semanticportal.esipfed.org">http://semanticportal.esipfed.org</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">… and the REST URL is:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><a href="http://semanticportal.esipfed.org:8080">http://semanticportal.esipfed.org:8080</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">For the particular query you’d like to run, the full URL would be:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><a href="http://semanticportal.esipfed.org:8080/ontologies/GCMD-DIF/submissions?apikey=">http://semanticportal.esipfed.org:8080/ontologies/GCMD-DIF/submissions?apikey=</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">This is documented here on our wiki:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><a href="https://www.bioontology.org/wiki/index.php/Category:NCBO_Virtual_Appliance#General_Instruction">https://www.bioontology.org/wiki/index.php/Category:NCBO_Virtual_Appliance#General_Instruction</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Kind regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in">On Mar 16, 2017, at 4:56 PM, Mcgibbney, Lewis J (398M) <<a href="mailto:Lewis.J.Mcgibbney@jpl.nasa.gov">Lewis.J.Mcgibbney@jpl.nasa.gov</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Hi Folks,</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">I’m having issues interacting with the REST APIat the BioPortal instance hosted over at the ESIP Federation [0].</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">I understand that there are common query parameters [1] one of which is apikey. Having spoken with John Greybeal [2] I also understand that apikey
 is mandatory. Using the /submission API [3], my attempts to interact with the service look like the following<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">curl<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://semanticportal.esipfed.org/ontologies/GCMD-DIF/submissions?apikey="><span style="color:#954F72">http://semanticportal.esipfed.org/ontologies/GCMD-DIF/submissions?apikey=</span></a>…</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">This is not returning a result and I am struggling to get the URI syntax correct. Can anyone help?</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Thank you</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">[0]<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://semanticportal.esipfed.org/"><span style="color:#954F72">http://semanticportal.esipfed.org</span></a></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">[1]<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_usage"><span style="color:#954F72">http://data.bioontology.org/documentation#nav_usage</span></a></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">[2]<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://lists.deltaforce.net/pipermail/esip-semanticweb/2017/000828.html"><span style="color:#954F72">http://lists.deltaforce.net/pipermail/esip-semanticweb/2017/000828.html</span></a></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">[3]<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/documentation#OntologySubmission"><span style="color:#954F72">http://data.bioontology.org/documentation#OntologySubmission</span></a></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Dr. Lewis John McGibbney Ph.D., B.Sc.</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Data Scientist II</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Computer Science for Data Intensive Applications Group 398M</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Jet Propulsion Laboratory</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">California Institute of Technology </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span lang="IT" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">4800 Oak Grove Drive</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span lang="IT" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Pasadena, California 91109-8099</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Mail Stop : 158-256C</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Tel:  (+1) (818)-393-7402</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Cell: (+1) (626)-487-3476</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Fax:  (+1) (818)-393-1190</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Courier">Email:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:lewis.j.mcgibbney@jpl.nasa.gov"><span style="color:#954F72">lewis.j.mcgibbney@jpl.nasa.gov</span></a></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span lang="FR" style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri">           </span><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri"><image001.png></span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Calibri"> </span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in;background:white"><span style="font-size:10.5pt;font-family:Courier"> Dare Mighty Things</span><span style="font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;background:white">_______________________________________________</span><span style="font-size:9.0pt;font-family:Helvetica"><br>
<span style="background:white">bioontology-support mailing list</span><br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:#954F72;background:white">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:Helvetica"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:#954F72;background:white">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
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