<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div>Hello Dr. El-Sappagh,</div>
<div><br class="">
</div>
<div>I’d like to kindly request (again) that you post BioPortal questions to our support list, instead of through private email to various staff members.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>In the attached screen shot, you can see that BioPortal and Protege are both displaying the class hierarchy for your ontology in the same way.  Your comment about the time ontology not being in the right place isn’t clear.  Please be more specific, and
 send screen shots if need be.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>
<div>It’s also unclear what you mean by different metrics.  Both BioPortal and Protege report the same number of classes (10,700) and individuals (63) in their respective metrics panels.  I don’t see any errors here.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="7B397F52-11D5-4041-92DF-06F1566C906B" src="cid:C87B811E-5693-4503-AFFF-C0D2625C7735@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap:break-word">
<div class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">Begin forwarded message:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="" style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px">
<span class="" style=""><b class="">From: </b></span><span class="" style="">Shaker El-Sappagh <<a href="mailto:shaker_elsapagh@yahoo.com" class="">shaker_elsapagh@yahoo.com</a>><br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px">
<span class="" style=""><b class="">Subject: </b></span><span class="" style=""><b class="">Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Shaker El-Sappagh</b><br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px">
<span class="" style=""><b class="">Date: </b></span><span class="" style="">May 11, 2017 at 12:42:02 AM PDT<br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px">
<span class="" style=""><b class="">To: </b></span><span class="" style="">John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin-top:0px; margin-right:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px">
<span class="" style=""><b class="">Reply-To: </b></span><span class="" style="">Shaker El-Sappagh <<a href="mailto:shaker_elsapagh@yahoo.com" class="">shaker_elsapagh@yahoo.com</a>><br class="">
</span></div>
<br class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="" style="background-color:rgb(255,255,255); font-family:'times new roman','new york',times,serif; font-size:16px">
<div id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_11113" class="">Hello Mr. John,</div>
<div id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_10981" dir="ltr" class="">Thank you for your help. Actually, I do not know what I have to do from my side. I only work with protege editor, and the ontology is working properly on it. I do not see any errors from my
 side. In addition, I have no full control over the ontology because I am not using OWL API. Please Mr. John, I think you have more experience than me in this point to fix the problem.
<br class="">
</div>
<div id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_10947" class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_11968" class=""><span class="">Waiting for your response.</span></div>
<div id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_12033" class=""><span class="">Thanks.<br class="">
</span></div>
<div id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_10948" class=""> </div>
<div class="x_signature" id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13855">
<div class="x_MsoNormal" id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13854" style="margin:0in 0in 0pt">
<font id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13861" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif" class="">Shaker El-Sappagh, Ph.D.
<br class="">
------------------------------------------------<br class="">
</font>
<div class="x_MsoNormal" id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13853" style="margin:0in 0in 0pt">
<font id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13862" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif" class="">Information Systems Dept. 
</font>
<div class="x_MsoNormal" id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13852" style="margin:0in 0in 0pt">
<font size="3" face="bookman old style, new york, times, serif" class="">Faculty of Computers and Information.
</font>
<div class="x_MsoNormal" id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13851" style="margin:0in 0in 0pt">
<font size="3" face="bookman old style, new york, times, serif" class="">Mansura University.
</font><font size="3" class=""></font>
<div class="x_MsoNormal" id="x_yui_3_16_0_ym19_1_1494487780583_13850" style="margin:0in 0in 0pt">
<font size="3" face="bookman old style, new york, times, serif" class="">Email: </font>
<font size="3" class=""><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://us.mc1126.mail.yahoo.com/mc/compose?to=Shaker_elsapagh@yahoo.com" class=""><font face="bookman old style, new york, times, serif" class="">Shaker_elsapagh@yahoo.com</font></a></font><font size="1" class=""><font face="bookman old style, new york, times, serif" class=""><font size="3" class="">,
<a rel="nofollow" href="" class="">sh.elsappagh@gmail.com</a>. </font><br class="">
</font></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="x_qtdSeparateBR"><br class="">
<br class="">
</div>
<div class="x_yahoo_quoted" style="display:block">
<div class="" style="font-family:times new roman,new york,times,serif; font-size:16px">
<div class="" style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:16px">
<div dir="ltr" class=""><font size="2" face="Arial" class="">On Thursday, May 11, 2017 2:53 AM, John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:<br class="">
</font></div>
<br class="">
<br class="">
<div class="x_y_msg_container">
<div id="x_yiv8539372185" class="">
<div class="">Yes, Jennifer's email should clarify the steps she took, which may explain the difference in the calculated metrics.
<div class="x_yiv8539372185"><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185">If you are able to completely fix the remaining issues in the ontology (see her email), you may find that most or all of your concerns are resolved. In particular, fixing the import statements to reference a working version of the
 ontology is essential for an ontology to be properly parsed.</div>
<div class="x_yiv8539372185"><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185">John<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
<div class="x_yiv8539372185yqt6811886194" id="x_yiv8539372185yqt94587">
<div class="">
<blockquote class="x_yiv8539372185" type="cite">
<div class="x_yiv8539372185">On May 10, 2017, at 3:44 PM, Shaker El-Sappagh <<a rel="nofollow" shape="rect" class="x_yiv8539372185" target="_blank" href="mailto:shaker_elsapagh@yahoo.com">shaker_elsapagh@yahoo.com</a>> wrote:</div>
<br class="x_yiv8539372185Apple-interchange-newline" clear="none">
<div class="x_yiv8539372185">
<div class="x_yiv8539372185">
<div class="x_yiv8539372185" style="background-color:rgb(255,255,255); font-family:'times new roman','new york',times,serif; font-size:16px">
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3469">
<span class="x_yiv8539372185">Hi Mr. John,</span></div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3792">
<span class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3791">The ontology seams good, but the the imported time ontology is not in its correct place. In addition, I think the calculated metrics are different from the ones in protege.
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</span></div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3877">
<span class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3791"><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</span></div>
<div class="x_yiv8539372185"><span class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3791">Regards.</span></div>
<div class="x_yiv8539372185"><span class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3791"></span></div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494456086791_3793">
 </div>
<div class="x_yiv8539372185signature">
<div class="x_yiv8539372185MsoNormal" style="margin:0in 0in 0pt"><font class="x_yiv8539372185" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif">Shaker El-Sappagh, Ph.D.
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
------------------------------------------------<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</font>
<div class="x_yiv8539372185MsoNormal" style="margin:0in 0in 0pt"><font class="x_yiv8539372185" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif">Information Systems Dept. 
</font>
<div class="x_yiv8539372185MsoNormal" style="margin:0in 0in 0pt"><font class="x_yiv8539372185" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif">Faculty of Computers and Information.
</font>
<div class="x_yiv8539372185MsoNormal" style="margin:0in 0in 0pt"><font class="x_yiv8539372185" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif">Mansura University.
</font><font class="x_yiv8539372185" size="3"></font>
<div class="x_yiv8539372185MsoNormal" style="margin:0in 0in 0pt"><font class="x_yiv8539372185" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif">Email:
</font><font class="x_yiv8539372185" size="3"><a rel="nofollow" shape="rect" class="x_yiv8539372185" target="_blank" href="http://us.mc1126.mail.yahoo.com/mc/compose?to=Shaker_elsapagh@yahoo.com"><font class="x_yiv8539372185" face="bookman old style, new york, times, serif">Shaker_elsapagh@yahoo.com</font></a></font><font class="x_yiv8539372185" size="1"><font class="x_yiv8539372185" face="bookman old style, new york, times, serif"><font class="x_yiv8539372185" size="3">,
<a rel="nofollow" shape="rect" class="x_yiv8539372185" href="">sh.elsappagh@gmail.com</a>.
</font><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</font></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="x_yiv8539372185qtdSeparateBR"><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185yahoo_quoted" style="display:block">
<div class="x_yiv8539372185" style="font-family:times new roman,new york,times,serif; font-size:16px">
<div class="x_yiv8539372185" style="font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif; font-size:16px">
<div class="x_yiv8539372185" dir="ltr"><font class="x_yiv8539372185" size="2" face="Arial">On Wednesday, May 10, 2017 7:33 PM, John Graybeal <<a rel="nofollow" shape="rect" class="x_yiv8539372185" target="_blank" href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">jgraybeal@stanford.edu</a>>
 wrote:<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</font></div>
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
<div class="x_yiv8539372185y_msg_container">
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185">
<div class="x_yiv8539372185">Oh, I'm sorry to hear that. We'll have a look as soon as we can.
<div class="x_yiv8539372185"><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185">john</div>
<div class="x_yiv8539372185"><br class="x_yiv8539372185" clear="none">
<div class="x_yiv8539372185yqt7950966779" id="x_yiv8539372185yqt41971">
<div class="x_yiv8539372185">
<blockquote class="x_yiv8539372185" type="cite">
<div class="x_yiv8539372185">On May 10, 2017, at 9:22 AM, Shaker El-Sappagh <<a rel="nofollow" shape="rect" class="x_yiv8539372185" target="_blank" href="mailto:shaker_elsapagh@yahoo.com">shaker_elsapagh@yahoo.com</a>> wrote:</div>
<br class="x_yiv8539372185Apple-interchange-newline" clear="none">
<div class="x_yiv8539372185">
<div class="x_yiv8539372185">
<div class="x_yiv8539372185" style="background-color:rgb(255,255,255); font-family:'times new roman','new york',times,serif; font-size:16px">
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3504">
Hello Mr. John,</div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3790">
Thank you for your kind email. I have uploaded the ontology and waited for about 30 minutes. However, the ontology did not work.
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3791">
I received the same message as before.</div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3818">
<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3819">
Best Regards.<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3446">
<span class="x_yiv8539372185"></span></div>
<div class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3817">
 </div>
<div class="x_yiv8539372185signature" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3889">
<div class="x_yiv8539372185MsoNormal" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3888" style="margin:0in 0in 0pt">
<font class="x_yiv8539372185" id="x_yiv8539372185yui_3_16_0_ym19_1_1494433194558_3887" size="3" face="bookman old style, new york, times, serif">Shaker El-Sappagh, Ph.D.<br class="x_yiv8539372185" clear="none">
</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>