<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Jade,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 15, 2017, at 2:34 AM, Jade Hotchkiss <<a href="mailto:giant.plankton@gmail.com" class="">giant.plankton@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">I see now I could edit the submission information and set the status to "Retired". Would I then be able to re-submit the ontology with the same name?</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Ontology acronyms are unique in our system.  You wouldn’t be able to recreate the SCDO ontology without us deleting the existing one in our system first.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Let me know if that’s your desired course of action.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Best,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Jade</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Mon, May 15, 2017 at 11:28 AM, Jade Hotchkiss <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:giant.plankton@gmail.com" target="_blank" class="">giant.plankton@gmail.com</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr" class="">Great, Thanks for your reply, Jennifer.
<div class=""> <br class="">
<div class="">I'm still struggling to view the classes tree. If I search for a term in the class search I can view it's details and see the classes tree, but I still get errors when trying to view the details of other classes if I click on them in the tree.</div>
<div class="">I'm wondering whether there's a bit of confusion caused by the fact that along the way one of the file submissions was done by you?<br class="">
</div>
<div class="">Maybe I should delete and resubmit the ontology? Is there a way to do that?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Jade</div>
</div>
</div>
<div class="HOEnZb">
<div class="h5">
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Sat, May 13, 2017 at 1:03 AM, Jennifer Leigh Vendetti
<span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank" class="">vendetti@stanford.edu</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word" class="">Hi Jade,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class=""><span class="">
<div class="">On May 12, 2017, at 4:16 AM, Jade Hotchkiss <<a href="mailto:giant.plankton@gmail.com" target="_blank" class="">giant.plankton@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_5497752533182468913m_6918528826071027297Apple-interchange-newline">
</span>
<div class="">
<div dir="ltr" class=""><span class="">Hi Jennifer
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I can't figure out what is going on. Sometimes clicking on the "Classes" tab works, other times not.</div>
<div class="">I've found that if I edit the url from <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/SCDO/?p=classes&conceptid=root" target="_blank" class="">http://bioportal.bioontol<wbr class="">ogy.org/ontologies/SCDO/?p=<wbr class="">classes&conceptid=root</a>
 to <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/SCDO/?p=classes" target="_blank" class="">http://bioportal.bioontolog<wbr class="">y.org/ontologies/SCDO/?p=<wbr class="">classes</a> it sometimes works, but not always.</div>
<div class="">More often than not, I get this error when trying to view the class tree or navigate to a specific class:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</span>
<div class=""> <span id="m_5497752533182468913m_6918528826071027297cid:ii_15bfc5d814509017" class=""><image.png></span></div>
<span class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sometimes it works, but not consistently.</div>
</span></div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">I’ve examined our monitoring software.  We had an outage yesterday that lasted roughly 35 minutes, beginning at 3:45PM Pacific time.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Not sure if that is the time frame that you were trying to browse?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’ve been looking at your ontology today to investigate the issues you reported below, and I’ve not yet been able to reproduce the 500 error.</div>
</div>
<span class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">When I have been able to view entities, I have noticed this:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">- Some object properties are not displayed in the "Properties" tab. E.g., we have a "modifies" property and a "modified by" property, which aren't in the list.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</span>
<div class="">There appears to be an issue on the UI side of the application.  I can retrieve those properties via our REST endpoint, e.g.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SCDO/properties" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/on<wbr class="">tologies/SCDO/properties</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">… returns both “modifies”, and “modified by” in the result set.  However, as you point out, they aren’t displayed in the BioPortal UI.  I’ve entered an issue in our tracker for this, and we’ll take a look:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/bioportal_web_ui/issues/49" target="_blank" class="">https://github.com/ncbo/biopor<wbr class="">tal_web_ui/issues/49</a></div>
<span class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">- The property details provided in the "Properties" tab only give "Labels", "Definitions" (which is a mesh of our "rdfs:comment" and "dc:description" properties) and "ID", what about the other properties we use to describe or properties? (see
 below examples of annotations we have for our properties)</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</span>
<div class="">For every ontology in BioPortal, we try to populate and display a set of what we refer to as “standard BioPortal properties”.  For ontology classes, this includes:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Class ID<br class="">
Preferred Label<br class="">
Synonyms<br class="">
Definitions<br class="">
Obsolete<br class="">
CUI<br class="">
Semantic Types<br class="">
Parents</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We refer to all other properties as “user defined”, and display those in addition to the standard BioPortal properties.  <b class="">This is only the case for the Classes tab though.</b>  </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">On the Properties tab - as you pointed out - we display the label, definition, and ID only.  I’ve entered an enhancement request in our tracker to augment the display with the complete set of user-defined properties:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/bioportal_web_ui/issues/50" target="_blank" class="">https://github.com/ncbo/biopor<wbr class="">tal_web_ui/issues/50</a></div>
<span class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">- Details of classes do not include links made with object properties. Are those links not usually displayed?</div>
</div>
</blockquote>
<br class="">
<div class=""><br class="">
</div>
</span>
<div class="">No, those links are not displayed.  (If I understood your question correctly - feel free to follow up with a specific example for a particular class).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>