<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Jim,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sorry to jump in here, but I need to clarify the question to make sure we can help.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It seems you are trying to construct an inference chain, using the API to follow the class relations. If there is a specific question about how to to use the API to retrieve a particular piece of information, we can try to offer insight. Please
 let us know the specific API query you are having trouble with, in order that we can be responsive.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">On the other hand, if the question is "what is the best way to connect the different parts of the graph?", I have to say that's outside our scope to assess, and would depend on the graph model for the particular ontology(ies). In that case, you
 will be best served querying experts in those ontologies to determine the best query strategy. (Failing that, a graph query tool may be helpful in exploring the model and paths through it.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sorry we can't be more help in the normal run of work.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 19, 2017, at 9:36 AM, Jim Van Dyke <<a href="mailto:jvandyke1113@gmail.com" class="">jvandyke1113@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hello Jennifer - Thank you again for your prompt response to our question earlier in the week.  I am at a point where we need to ask for some assistance again with the API generation, as our developer is having problems getting the results
 we are looking for. 
<div class="">
<div class=""><span class=""></span><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div class=""><span class=""> </span><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">Here is what we are trying to accomplish:<span class=""></span></p>
<p class="MsoNormal"><br class="">
</p>
<p class="MsoNormal">We have a series of NDC codes.  The end result we are looking for is to be able to obtain the CUIs for <span style="font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"" class=""> </span>May-Treat/May-Prevent
 data, via NDF-RT, and the ATC Class Level and Notation.</p>
<p class="MsoNormal"><br class="">
</p>
<p class="MsoNormal">The we had been working through was patterned roughly on the web-site UI flow:<span class=""></span></p>
<p class="gmail-MsoListParagraphCxSpFirst"><span style="font-family:Wingdings" class="">Ø<span style="font-variant-numeric:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"" class=""> 
</span></span>Use NDC in RxNORM to navigate via the link to “consists of” <span class="">
</span></p>
<p class="gmail-MsoListParagraphCxSpMiddle"><span style="font-family:Wingdings" class="">Ø<span style="font-variant-numeric:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"" class=""> 
</span></span>Navigate via the Consists of to get to Has_Ingredient CUI<span class=""></span></p>
<p class="gmail-MsoListParagraphCxSpMiddle"><span style="font-family:Wingdings" class="">Ø<span style="font-variant-numeric:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"" class=""> 
</span></span>Using the “Has_Ingredient” CUI, query ATC to get ATC LEVEL and NOTATION.<span class=""></span></p>
<p class="gmail-MsoListParagraphCxSpLast"><span style="font-family:Wingdings" class="">Ø<span style="font-variant-numeric:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"" class=""> 
</span></span>Using NDC code, query NDF-RT to navigate to ingredient level, and obtain May-Treat and May-prevent CUIs.</p>
<p class="gmail-MsoListParagraphCxSpLast"><br class="">
</p>
<p class="gmail-MsoListParagraphCxSpLast">Could you please let me know of the API terms or parameters we need to pass and If there is a more direct path to get from NDC to both May-Treat and ATC LEVEL.</p>
<div class=""><span class=""></span><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">Thank you for your assistance.<span class=""></span></p>
<div class=""><span class=""> </span><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="MsoNormal">Kind Regards,<span class=""></span></p>
<p class="MsoNormal">Jim<span class=""></span></p>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Wed, May 17, 2017 at 4:52 PM, Jim Van Dyke <span dir="ltr" class="">
<<a href="mailto:jvandyke1113@gmail.com" target="_blank" class="">jvandyke1113@gmail.com</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr" class="">Hello Jennifer - Thank you for the quick response.  I am totally embarrassed with my typo - should have been NDF-RT (National Drug File - Reference Terminology).
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You are correct with what we are trying to do.  We have NDC codes for which we need to look up certain properties such as, for example, Ingredient, and May-Treat/May-Prevent, as well as navigating to other ontologies such as ATC to retrieve ATC
 Level.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I will try your recommendation above, as I think that will get us on the correct path.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you again.</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Jim</div>
</font></span></div>
<div class="HOEnZb">
<div class="h5">
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Wed, May 17, 2017 at 4:09 PM, Jennifer Leigh Vendetti
<span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank" class="">vendetti@stanford.edu</a>></span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word" class="">Hi Jim,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m not sure I understood exactly what you want to do.  I’m also not familiar with NRF_RT (I couldn’t find an ontology with that acronym in BioPortal).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">With regard to NDDF, are you trying to find classes that have an NDC property with a particular value?  If so, you could do something like this:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/search?q=66336058120&also_search_properties=true&include=prefLabel,properties" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/se<wbr class="">arch?q=66336058120&also_search<wbr class="">_properties=true&include=<wbr class="">prefLabel,properties</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The “/search” portion refers to our term search endpoint.  I used an NDC code for the search term, and I added the “also_search_properties” parameter, which means that both classes and property values will be searched.  The “include” parameter
 at the end just specifies what data you want as part of the return value.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">This portion of our API is documented here:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_search" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/do<wbr class="">cumentation#nav_search</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="m_-2836662395033200770h5">
<div class="">On May 17, 2017, at 9:31 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="m_-2836662395033200770m_-8731232528735923696Apple-interchange-newline">
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="m_-2836662395033200770h5">
<div class="">
<p class="">Name: Jim Van Dyke </p>
<p class="">Email: <a href="mailto:jvandyke1113@gmail.com" target="_blank" class="">
jvandyke1113@gmail.com</a> </p>
<p class="">Location: http%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" target="_blank" class="">2Fbioportal.bioonto<wbr class="">logy.org</a>%2F
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">I am trying to use the API to query NDDF and NRF_RT data based on an NDC code, but I could not find a parameter to submit the NDC code.</p>
<p class="">Is there a paramater for passing NDC code?</p>
<p class="">Thank you <br class="">
Jim</p>
<div class=""><br class="m_-2836662395033200770m_-8731232528735923696webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
</div>
</div>
______________________________<wbr class="">_________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank" class="">bioontology-support@lists.stan<wbr class="">ford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank" class="">https://mailman.stanford.edu/m<wbr class="">ailman/listinfo/bioontology-su<wbr class="">pport</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  <br class="">
skype: graybealski<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>