<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Sabrina,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I fixed the problem in the BioPortal code that resulted in missing class data in the RDF / XML serialization, and performed a new release of our software today. The HIV ontology is now fully parsed and available to browse in BioPortal.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks for your patience, and apologies that it took us some time to track this one down.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="5895FF83-A931-4605-98E0-64D04382BAF3" src="cid:1AA118DC-06CE-4A11-86AD-1B2382FBC6F5@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 12, 2017, at 4:54 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Sabrina,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m writing with an update on the status of the HIV ontology in BioPortal.  We’ve made some progress, but aren’t all the way there yet.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We upgraded the BioPortal software to use the latest version of OWL API 4 series (version 4.3.1).  With this newer version of the API, our software successfully loads your ontology into memory without errors (this is the first step in our parsing
 process).  The second step of the parsing process involves serializing your ontology into triples that can be stored in BioPortal’s triplestore.  This second step initially failed due to some errors in your ontology file.  There are some OBO tags that are
 missing underscores.  On line 296, the “preceded_by” tag is missing an underscore, i.e.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">preceded by: HIV:36 ! viral maturation</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Also, on lines 944, 963, 972, and 981, the “property_value” tag is missing underscores, e.g.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">property value: host_range human</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We fixed these errors in the version of the ontology file on our server by adding the necessary underscores.  If you submit new versions to BioPortal in the future, you’ll need to add these underscores in your copy.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The second step in the parsing process now completes without errors.  Unfortunately though, we’ve encountered yet another issue where the serialization is missing the class data.  So, we’ll need to look into this further.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 6, 2017, at 4:57 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Hi
 Sabrina,</span>
<div class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 6, 2017, at 2:50 PM, Sabrina Falcon <<a href="mailto:falcos2@unlv.nevada.edu" class="">falcos2@unlv.nevada.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
Yes, I think that was what we meant to do, thank you. I changed the version tags to correctly reflect that. From now on we will be using OBO format 1.4.</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">OK, thanks for the clarification.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">After several exchanges with the OWL API developers, the conclusion is that we either need to include an OWL API compatibility module, or upgrade to a more recent version of the OWL API in order to parse your ontology.  I’m going to try the route
 of upgrading to a newer version of the API, and I’ve entered an issue in our tracker for this:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/owlapi_wrapper/issues/5" class="">https://github.com/ncbo/owlapi_wrapper/issues/5</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We’ll try to get this completed as soon as we’re able.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">In case anyone is interested in the exchange with the OWL API developers, their mailing list archives are public:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://sourceforge.net/p/owlapi/mailman/owlapi-developer/?viewmonth=201704" class="">https://sourceforge.net/p/owlapi/mailman/owlapi-developer/?viewmonth=201704</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">Also, I noticed in the link you sent me that in sections 8.1.2 and 8.2.2 the “part_of” tags used not as a stand-alone tag, but as something to be referenced:</div>
<div class=""><span class="" style="color: rgb(0, 90, 156); font-family: sans-serif; font-size: 19.2px; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br class="">
</span></div>
<div class=""><span class="" style="color: rgb(0, 90, 156); font-family: sans-serif; font-size: 19.2px; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);">8.1.2 File Comments</span></div>
<ul class="" style="font-family: sans-serif; font-size: inherit; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;">
<li class="">If a frame references an identifier, and that identifier is opaque (i.e. it conforms to the Canonical-Prefixed-ID production rule), then the generator should add commments, adding a label for every opaque identifier. For example:
<pre class="" style="margin-left: 2em; background-color: rgb(249, 249, 249); border: 1px dashed rgb(47, 111, 171); line-height: 1.1em; padding: 1em;">relationship: part_of ABC:1234567 ! hand
relationship: R:9999999 ABC:1234567 ! part_of hand
                    </pre>
</li><li class="">All file comments should be preceded by a tag-value pair, and there should be exactly one space character on either side of the '!' character</li></ul>
<div class=""><span class="" style="color: rgb(0, 90, 156); font-family: sans-serif; font-size: 19.2px; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br class="">
</span></div>
<div class=""><span class="" style="color: rgb(0, 90, 156); font-family: sans-serif; font-size: 19.2px; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);">8.2.2 Relation (Property) Identifiers</span></div>
<div class="">
<p class="" style="font-family: sans-serif; font-size: inherit; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;">
Relation identifiers should in follow the same guidelines as class identifiers. Note however that the use of symbolic identifiers such as 'part_of' is common in almost all OBO format ontologies, and has a precedent stretching back over ten years. A large body
 of software now expects symbolic identifiers for relations, and ontology maintainers are understandably reluctant to change these to numeric identifiers.</p>
<p class="" style="font-family: sans-serif; font-size: inherit; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;">
This specification provides a means of using numeric identifiers globally whilst retaining symbolic identifiers within the context of a single file. Refer to section <a href="http://owlcollab.github.io/oboformat/doc/obo-syntax.html#5.9.3" class="" style="color: rgb(102, 0, 153);">5.9.3</a> for
 details.</p>
<ul class="" style="font-family: sans-serif; font-size: inherit; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;">
<li class="">Every symbolic relation identifier (e.g. 'part_of') should have an xref tag to a formal relation identifier. E.g.
<pre class="" style="margin-left: 2em; background-color: rgb(249, 249, 249); border: 1px dashed rgb(47, 111, 171); line-height: 1.1em; padding: 1em;">[Typedef]
id: has_part
name: has_part
xref: BFO:0000051
</pre>
</li><li class="">This xref should refer to either BFO (<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl" class="" style="color: rgb(102, 0, 153);">http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl</a>) or to RO (<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/ro.owl" class="" style="color: rgb(102, 0, 153);">http://purl.obolibrary.org/obo/ro.owl</a>).
 Xrefs to the old RO can be provided for historic purposes, but are otherwise discouraged.</li><li class="">According to the rules in section <a href="http://owlcollab.github.io/oboformat/doc/obo-syntax.html#5.9.3" class="" style="color: rgb(102, 0, 153);">5.9.3</a>, the symbolic relation identifier can be used as a shorthand for the formal relation
 identifier.</li><li class="">When roundtripping the OBO file, the symbolic identifiers should be preserved.</li></ul>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div class="">It was also not listed in the OBO2OWL mappings <a href="https://docs.google.com/spreadsheets/d/1VaERPs9EubExHRlU37fcBDzGRHgCrnoS28ZhDKRrX34/edit#gid=6" class="">https://docs.google.com/spreadsheets/d/1VaERPs9EubExHRlU37fcBDzGRHgCrnoS28ZhDKRrX34/edit#gid=6</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Although it is on the Relations Ontology <a href="http://obofoundry.org/ontology/ro.html" class="">http://obofoundry.org/ontology/ro.html</a> (<span class="" style="orphans: 2; white-space: pre-wrap; widows: 2;">id: BFO:0000050)</span></div>
<div class="">
<div class="" style="orphans: 2; widows: 2;"><br class="">
</div>
<div class="" style="orphans: 2; widows: 2;">Is the there a possibility the tag is obsolete or is there a problem with the way we integrated it? </div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m not an expert in OBO syntax.  I would suggest posting your question about the use of part_of tags on the “OBO Discuss” support list.  You can subscribe to that list here: <a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-discuss" class="">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-discuss</a>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Jennifer</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>