<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Dawid,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If what you already have is a list of terms and definitions, there are a few paths that could turn that into SKOS or OWL, which in theory could be imported into BioPortal. But there are no trivial paths guaranteed to get you what you need—really
 an understanding of RDF at least, and probably SKOS or OWL, is important for you to go forward.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">A tool that can be used to import tables into OWL form is CELLFIE (<a href="https://github.com/protegeproject/cellfie-plugin/wiki/Grocery-Tutorial" class="">https://github.com/protegeproject/cellfie-plugin/wiki/Grocery-Tutorial</a>), which is
 capable of doing the transformation when run as part of Protege (<a href="https://protegewiki.stanford.edu/wiki/Main_Page" class="">https://protegewiki.stanford.edu/wiki/Main_Page</a>). But it really expects you to understand OWL in order to follow the instructions.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Another tool that I know about offhand is MMI's ORR (<a href="https://mmisw.org" class="">https://mmisw.org</a>), which was built to let people manage their vocabuaries in a way that aligns with the semantic web. The ORR takes a tab-delimited
 text file and turns it into SKOS, which I have verified can be imported into BioPortal in a way that is useful. I would not expect full interoperability with CPT, as that's not based on SKOS, but the BioPortal features will be usable. You might want to keep
 your vocabulary private on that system, as it's not (Conflict alert, I volunteer as manager of ORR in my spare time.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">A quick search found the answer <a href="https://stackoverflow.com/questions/13147864/how-to-create-an-ontology-from-raw-data-csv?rq=1" class="">https://stackoverflow.com/questions/13147864/how-to-create-an-ontology-from-raw-data-csv?rq=1</a>,
 which helps you appreciate the options a little more perhaps.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">And while I find the W3C specifications _and related documents_ of OWL and related standards very readable (see in particular <a href="https://www.w3.org/TR/owl2-overview/#Documentation_Roadmap" class="">https://www.w3.org/TR/owl2-overview/#Documentation_Roadmap</a>),
 if you want a well-written guide to this whole technology, I'd recommend Semantic Web for the Working Ontologist by Dean Allemang and Jim Hendler, it's very approachable.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best of luck.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jun 6, 2017, at 11:20 AM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Dawid,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">BioPortal allows for uploads of ontologies developed in OWL, OBO, or SKOS format.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You can submit a new ontology via the BioPortal user interface, by clicking the “Submit New Ontology” button on the Browse page (<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/</a>).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The CPT ontology currently in BioPortal (<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/CPT" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/CPT</a>) was imported from the UMLS (<a href="https://www.nlm.nih.gov/research/umls/" class="">https://www.nlm.nih.gov/research/umls/</a>).
 The UMLS publishes releases twice per year, and we have a special process for importing their data. We convert from UMLS format to RDF using our own custom scripts (available in our GitHub repository: <a href="https://github.com/ncbo/umls2rdf" class="">https://github.com/ncbo/umls2rdf</a>).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Not sure if that information helps?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""> </div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jun 6, 2017, at 12:19 AM, VAN STRAATEN D E A <<a href="mailto:36313327@mylife.unisa.ac.za" class="">36313327@mylife.unisa.ac.za</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
To whom it may concern,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I want to find out how do you submit an ontology? We are currently talking to SAMA (South African Medical Association) about submitting the CPT codes we are using in South Africa. They are different from the CPTs used in America. Would we need to encode the
 codes into XML or JSON and then submit them? What are the technical requirements from our side?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Regards,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<table class="MsoTableGrid" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse: collapse; border: none;">
<tbody class="">
<tr class="">
<td width="204" valign="top" style="width: 153.3pt; padding: 0in 5.4pt;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span id="cid:image001.png@01D2DEA6.0DAFAD00" class=""><image001.png></span><o:p class=""></o:p></div>
</td>
<td width="246" valign="top" style="width: 184.5pt; padding: 0in 5.4pt;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class=""><span style="font-size: 12pt;" class="">Dawid van Straaten<o:p class=""></o:p></span></b></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">ANSA administrative assistant<o:p class=""></o:p></b></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Tel: +27 73 197 1024<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Email:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:dawid@ansa.org.za" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">dawid@ansa.org.za</a><o:p class=""></o:p></div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
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<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
</div>
</div>
</div>
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</div>
</div>
</div>
</div>
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