<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Vincent,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Great feedback, thanks!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I had forgotten option 2 (Custom Ontology Set), good reminder of that feature! </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Unfortunately, numbers one through three all suffer from the problem that a new ontology will not automatically be included in the selected ontologies. Maybe someday we can add an "exclude ontologies" alternative there, to make this capability
 lower maintenance.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Also, just as a note to the list, in BioPortal users can't create or manage a slice's ontologies at this time, they must ask the BioPortal team to do so. The same for the 'ontologies group' feature.  I'll be writing a post about these features
 soon.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">And as we consider and move toward mutlidisciplinary and internationalized portal software, I think it would not be crazy-hard to index each of the languages represented in the portal separately. Another thought for a future day!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jun 21, 2017, at 1:37 AM, Vincent Emonet <<a href="mailto:vincent.emonet@lirmm.fr" class="">vincent.emonet@lirmm.fr</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF" class="">
<p class="">Hi Sara,</p>
<p class="">There are multiple options to do this:<br class="">
</p>
<ul class="">
<li class="">You can use the search ontology filter ( Advanced options > Ontologies ). The "Select from list" interface helps you filter the ontologies you want to use (by selecting a whole group or category)<br class="">
</li></ul>
<ul class="">
<li class="">If you are always using the same ontologies, you can filter them in the portal by setting a "Custom Ontology Set" on your account: the portal will only use the ontologies you selected and hide all others
</li></ul>
<ul class="">
<li class="">You also can create a slice, a subdomain of the BioPortal services where only a specific set of ontologies are used (i.e.:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://umls.bioportal.bioontology.org/">http://umls.bioportal.bioontology.org</a> )
</li></ul>
<ul class="">
<li class="">On our side we recently made some changes to better handle language in BioPortal. We only index properties from selected languages (so if the portal is set as "french", then it will not index properties that have the english language tag)
</li></ul>
<p class=""><br class="">
</p>
<p class="">Have a nice day,</p>
<p class="">Vincent<br class="">
</p>
<br class="">
<div class="moz-cite-prefix">On 20/06/2017 19:12, John Graybeal wrote:<br class="">
</div>
<blockquote type="cite" cite="mid:DC98F4C9-1F21-4399-AD2F-CDF73CB12C34@stanford.edu" class="">
Sara,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for asking. I'm sorry, the only way I know to do this right now is to explicitly name the ontologies you do want to search. 
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Our colleagues in France have considered this question for their BioPortal-based servers, which track the language of each ontology. But I don't know if they have implemented the necessary software to search by ontology language. If they have,
 it might provide an upgrade path for BioPortal, though not one in our immediate plans given available resources. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'll ask them to respond to this thread if they have anything to add.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jun 20, 2017, at 10:03 AM, Sara ArabYarmohammadi <<a href="mailto:s.yarmohammadi@icloud.com" class="" moz-do-not-send="true">s.yarmohammadi@icloud.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word;
                      -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break:
                      after-white-space;" class="">
<span style="background-color: rgb(255, 255,
                        255);" class=""><font class="" size="2" color="#222222" face="arial, sans-serif">Hi,</font></span>
<div class=""><span style="background-color:
                          rgb(255, 255, 255);" class=""><font class="" size="2" color="#222222" face="arial,
                            sans-serif">I know that I can consider some specific ontologies while performing
 term search but is there a way to <b class="">exclude</b> some ontologies while searching? Some ontologies are not in English and I don’t want to have their result in my output. Would you please help me with possible options?</font></span></div>
<div class=""><span style="background-color:
                          rgb(255, 255, 255);" class=""><font class="" size="2" color="#222222" face="arial,
                            sans-serif">Thank you,</font></span></div>
<div class=""><span style="background-color:
                          rgb(255, 255, 255);" class=""><font class="" size="2" color="#222222" face="arial,
                            sans-serif">Sara</font></span></div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="" moz-do-not-send="true">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br class="">
<pre wrap="" class="">_______________________________________________
bioontology-support mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a>
</pre>
</blockquote>
<br class="">
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  <br class="">
skype: graybealski<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>