<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello Marci,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 16, 2017, at 4:12 PM, Marci Bowen <<a href="mailto:marcia.bowen@duke.edu" class="">marcia.bowen@duke.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
I use Firefox. I cleared the cache and that corrected the problem.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Now, how I can I download the SNOMED code and description of all the decedents that result from searching.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Due to licensing restrictions, we’re unable to provide the SNOMED ontology as a file download. You can however, access SNOMED data via our REST API.  For example, to retrieve the descendants of the “Seizure” term, you can use this call:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/91175000/descendants" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FSNOMEDCT%2F91175000/descendants</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>I don’t know what property you’re referring to when you say “code”. You can use the BioPortal user interface to look at the properties and their associated values for any class:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="AE84D8A7-14BD-464A-AA3E-348E2B60D24C" src="cid:4B1C4D28-57CB-49BD-87DC-713F36DFCF9A@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>I don’t see any properties on the right-hand side that are called code or definition. If you can’t find what you’re looking for in BioPortal, you might consider getting a UMLS license (free and easy), and try out the web-based browser that they offer for
 the set of UMLS ontologies (SNOMEDCT is one of them).</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="B469A7CA-88CC-4588-8922-E46275A0F7E7" src="cid:CA44E871-4794-4B2B-9549-178F9086A91F@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Can I also download the hierarchy? In this case, I searched seizure.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Yes, this is possible from the REST endpoint. You may want to look at the tree and/or paths_to_root calls:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/91175000/tree" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FSNOMEDCT%2F91175000/tree</a></div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http://purl.bioontology.org/ontology/SNOMEDCT/91175000/paths_to_root" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FSNOMEDCT%2F91175000/paths_to_root</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>The REST API documentation is here:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_home" class="">http://data.bioontology.org/documentation#nav_home</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Marci</div>
<div class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 16, 2017, at 19:01, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Marci,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m wondering if you could try clearing your browser cache? I’m not sure what browser you’re using. To clear the cache in Chrome, you’d select the menu item “Chrome” -> “Clear Browsing Data…” and follow the instructions in the resulting dialog.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 16, 2017, at 1:27 PM, Marci Bowen <<a href="mailto:marcia.bowen@duke.edu" class="">marcia.bowen@duke.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
This is what I am doing:
<div class="">after I log in, under tools, I select "Ontology Browser”. then I select blue highlighted "SNOMED CT”, I get this error:</div>
<div class="">
<h1 class="">We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error.</h1>
<div class="">So I then have to go back and select classes. I type in Seziure in the jump to: box.</div>
<div class="">Then I get :</div>
<div class="">
<h1 class="">We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error.</h1>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div class="">I just want to get a report of all the SNOMED codes and descriptions that a search for seizure gets.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Marci </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">PS My phone number is 828.408.2434 if you would prefer to call.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Marcia,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Could you give me an example of the term you’re searching for? Are you using any of the advanced search options? Which browser are you using?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Also, do you mean that search is only working for you when you’re logged out?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 16, 2017, at 1:09 PM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: marcibowen </p>
<p class="">Email: <a href="mailto:marcia.bowen@duke.edu" class="">marcia.bowen@duke.edu</a>
</p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__2Fbioportal.bioontology.org&d=DwMGaQ&c=imBPVzF25OnBgGmVOlcsiEgHoG1i6YHLR0Sj_gZ4adc&r=_XpVTJrtr0X0leljtIDRlyodLng6oKbmgmLrhWmENRA&m=tljDhJ_diA57oSMHRCNdxMYjIdUGsv8R7MxBMW0SJ4g&s=zfnSclPJVkTpgFBaRPSgf6oRmLB2h1Q1M7zotZd7TR0&e=" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2F500
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">I desperately need your help. I keep getting : <br class="">
We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error.</p>
<p class="">When I try to search after I log in. What do I need to do?</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__mailman.stanford.edu_mailman_listinfo_bioontology-2Dsupport&d=DwMGaQ&c=imBPVzF25OnBgGmVOlcsiEgHoG1i6YHLR0Sj_gZ4adc&r=_XpVTJrtr0X0leljtIDRlyodLng6oKbmgmLrhWmENRA&m=8NMhI6sblsWIE3h4bZgiGeceAy5nzefw8vQDvhcjmsI&s=M_1xWaY-ejZPElnjslRLljwldFbH9B_diZgGmPc3-oE&e=" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>