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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi Jennifer,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am working on another project that developed an ontology that I will submit soon. It’s currently available at our project site,
<a href="https://lungmap.net/breath-ontology-browser/">https://lungmap.net/breath-ontology-browser/</a>.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Here is my questions. Due to the fact that owl/Protégé display the hierarchical relation only for “subclass-of”, not “part-of”, I have developed 2 versions of the ontology in .owl for each ontology, and I need your guidance on which version
 to submit. I have seen both on BioPortal. <o:p></o:p></p>
<ul style="margin-top:0in" type="disc">
<li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0in;mso-list:l0 level1 lfo1">Version 1 with exclusive “subclass_of” –
<b>Pros:</b> display the hierarchical relationships among the classes, <b>Cons:</b> lacks the biological distinction of “part-of” and “subclass_of”<o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0in;mso-list:l0 level1 lfo1">Version 2 with mix of “part-of” and “subclass_of” –
<b>Cons:</b> lacks the display of hierarchical relationships among the classes, <b>
Pros:</b> captures the biological distinction of “part-of” and “subclass_of”<o:p></o:p></li></ul>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">We used version 2 (part-of and subclass-of) for the project site, with some rules to enable the display properly for “part-of”.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best regards,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Helen<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> Jennifer Leigh Vendetti [mailto:vendetti@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 29, 2016 3:17 PM<br>
<b>To:</b> Pan, Huaqin (Helen) <hpan@rti.org><br>
<b>Cc:</b> Qin, Ying <yingqin@rti.org>; NCBO User Support <support@bioontology.org><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Help with Submission<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Helen, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I uploaded the new version of the ontology that you attached.  It’s now available in BioPortal:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/PHENX">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/PHENX</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Mar 29, 2016, at 6:55 AM, Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org">hpan@rti.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Hi Jennifer,</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I reviewed the current version at bioportal and found a handful of classes missing subclass relation. I attached an updated owl. Would you please help loading this version to replace the existing one?</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Many thanks!</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Helen</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<div>
<p class="MsoNormal"><b>From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Pan, Huaqin (Helen)<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, March 29, 2016 9:31 AM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu"><span style="color:purple">vendetti@stanford.edu</span></a>><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Qin, Ying <<a href="mailto:yingqin@rti.org"><span style="color:purple">yingqin@rti.org</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>RE: [bioontology-support] Help with Submission<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Hi Jennifer,</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I replied too soon<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-family:Wingdings;color:#1F497D">J</span><span class="apple-converted-space"><span style="color:#1F497D"> </span></span><span style="color:#1F497D">As
 I read through the end of email, I realized that you have already fixed the syntax errors and uploaded the file for us. I appreciate your help!<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Best regards,</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Helen</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<div>
<p class="MsoNormal"><b>From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Pan, Huaqin (Helen)<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, March 29, 2016 9:01 AM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu"><span style="color:purple">vendetti@stanford.edu</span></a>><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Qin, Ying <<a href="mailto:yingqin@rti.org"><span style="color:purple">yingqin@rti.org</span></a>>; Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org"><span style="color:purple">hpan@rti.org</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>RE: [bioontology-support] Help with Submission<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Hi Jennifer,</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I will look into the error messages you summarized, update and test in Protégé, and upload.</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Thank you for your help!</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Best,</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Helen</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<div>
<p class="MsoNormal"><b>From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Jennifer Leigh Vendetti [<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><a href="mailto:vendetti@stanford.edu"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:purple">mailto:vendetti@stanford.edu</span></a></span>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, March 28, 2016 7:57 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Qin, Ying <<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><a href="mailto:yingqin@rti.org"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:purple">yingqin@rti.org</span></a></span>>;
 Pan, Huaqin (Helen) <<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><a href="mailto:hpan@rti.org"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:purple">hpan@rti.org</span></a></span>><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:purple">support@bioontology.org</span></a></span><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Help with Submission<span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">Hello Ying Qin,<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">I’ve had a chance to look at your ontology in detail and have some information for you about why it didn’t load in BioPortal.  There were a number of syntax errors in your
 ontology, i.e.:<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">1).  Unescaped embedded HTML.  If you want to embed HTML in your ontology, you need to either escape the HTML, or use the XML Literal parse type.  For example, the following
 is valid because the parse type is Literal:<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><Definition rdf:parseType="Literal"><a href="<a href="http://www.phenxtoolkit.org/toolkit_content/supplemental_info/anthropometrics/additional_info/Body_Composition_Guidance.doc"><span style="color:purple">http://www.phenxtoolkit.org/toolkit_content/supplemental_info/anthropometrics/additional_info/Body_Composition_Guidance.doc</span></a>">Body
 Composition Guidance</a></Definition><o:p></o:p></span></p>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">… and the following is also valid because the parse type is string, but the HTML is properly escaped:<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><Definition rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"><span style="color:purple">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</span></a>">&lt;a href=&quot;<a href="http://www.phenxtoolkit.org/toolkit_content/supplemental_info/anthropometrics/additional_info/Body_Composition_Guidance.doc&quot;&gt;Body"><span style="color:purple">http://www.phenxtoolkit.org/toolkit_content/supplemental_info/anthropometrics/additional_info/Body_Composition_Guidance.doc&quot;&gt;Body</span></a> Composition
 Guidance&lt;/a&gt;</Definition><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">2).  The &reg; and &mdash; entities were undeclared.<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">3).  There were unescaped ampersands.<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">I took the liberty of fixing these errors and re-submitted your ontology to BioPortal, which uploaded and parsed successfully:<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/PHENX"><span style="color:purple">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/PHENX</span></a><o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">If you want to see the exact edits I made to the OWL file, I’ve attached a diff (generated by the git version control system).<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">For future submissions of your ontology to be successful, you’ll need to incorporate these fixes.  On a related note, I’m wondering how you are generating your ontology
 file?  These sorts of syntax errors generally aren’t present if you’re using one of the popular ontology editing tools like Protege to maintain your ontology.<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">Best,<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">Jennifer<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"> <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><phenXOnto_v1_0.owl><o:p></o:p></p>
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</blockquote>
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<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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</html>