<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Ah, sorry, I misunderstood what you had done earlier. I'm guessing we are likely to run into the same issue, we will keep you apprised.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">john</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 2, 2018, at 5:25 AM, Madani, Sina <<a href="mailto:Sina.Madani@vumc.org" class="">Sina.Madani@vumc.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you, John for the response.<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I will contact Agroportal regarding the sparql endpoint. For my problem with loading SNOMED, I am using the same process (umls2rdf) that I use to generate other UMLS terminologies (like RxNomr, LOINC, ICDx, etc.), per Bioportal instruction. The default output
 of umls2rdf script is ttl (load on code). ICD9/10, RxNomr, and LOINC ttl files were successfully loaded and parsed in Bioportal though.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks again for looking into this<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Sina  <o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class=""><span style="font-size: 12pt;" class="">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size: 12pt;" class="">John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><br class="">
<b class="">Date:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Friday, February 2, 2018 at 2:28 AM<br class="">
<b class="">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>"Madani, Sina" <<a href="mailto:Sina.Madani@vumc.org" class="">Sina.Madani@vumc.org</a>><br class="">
<b class="">Cc:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>"<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>" <<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>><br class="">
<b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Re: [bioontology-support] search by id in a subtree -> sparql service in VA similar to BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a name="_MailOriginalBody" class="">Hi Sina,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></a></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Yes, the 4store backend essentially is a sparql endpoint, used by the rest of the Virtual Appliance. But it could be configured to be accessed also by other query originators. I suggest you contact the Agroportal folks to learn about their process
 and experience.<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">I think we haven't managed to answer your question, though I may have missed it. (We are a little time-constrained this week, sorry!)  <o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">But at a quick guess (only partially informed, apologies in advance if I get something wrong here), I would not expect loading the TTL file to work that way, and I would not expect the size to be an issue, since we've loaded big ontologies a
 lot without an issue related to their size. Naively perhaps, I would consider converting your ontologies of interest to OWL and loading them through the normal process, unless you want to execute the whole UMLS load software (not recommended, very complex!).<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">I think we'll be able to come back to you with more thoughts soon, hopefully by the weekend.<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">John<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">On Feb 1, 2018, at 11:51 AM, Madani, Sina <</span><a href="mailto:Sina.Madani@vumc.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class="">Sina.Madani@vumc.org</span><span class=""></span></a><span class="">> wrote:<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hi John,</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you for getting back to me. Yes, I meant similar functionality like the sparql end point at the Stanford instance.</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">I understand that many (if not all) of the queries perhaps can be done via APIs but I was just curious to see if the appliance can be configured as an sparql end point for incoming sparql queries,
 like for extracting and validating the mappings that is done automatically by the appliance or regular queries.   </span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">We are evaluating your appliance for search/browse and visualization purposes for our order sets catalogue, with mappings to standard terminologies, at this point.<span class="apple-converted-space"> </span></span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thanks!</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class="">Sina</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><b class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">From:</span></b></span><span class=""><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class=""> </span></span></span><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">John
 Graybeal [</span></span><a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">mailto:jgraybeal@stanford.edu</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">]<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Wednesday, January 31, 2018 6:50 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Michael Dorf<br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span></span></span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">support@bioontology.org</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;" class="">;
 Madani, Sina<br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] search by id in a subtree -> sparql service in VA similar to BioPortal</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Sina,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">(Changing the topic line to focus on the SPARQL question that I'm addressing here.)  <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">The exact answer to your last question may depend on what you mean by "similar to the BioPortal web site".<o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">On BioPortal we have the 'front-end beta SPARQL query UI' set up at </span></span><a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fsparql.bioontology.org&data=02%7C01%7CSina.Madani%40vumc.org%7C3434890b2cca46bf04eb08d5690dbdf8%7Cef57503014244ed8b83c12c533d879ab%7C0%7C1%7C636530430119439315&sdata=t2pxaHHIGDvX7Bvy7%2FCud0e0xT0h%2F7BRD6B4ctOgX%2Fs%3D&reserved=0" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: purple;" class="">http://sparql.bioontology.org</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">.
 There are a few complexities before the queries get to the backend service, which is a separate 4store service from the one used to serve BioPortal itself. (Which is why the backend data is not the same.)  We could tell you about all those details and provide
 code to make it all work, but you may not need things to be configured that way on your system.<o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
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<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">It is certainly possible to configure the primary backend store (4store) that your Virtual Appliance uses, so that it can accept queries from anywhere. If you are
 running a public service, you might not want to do that, because it is difficult to protect your back end from queries that can take the system down. (That's why we don't do it that way on BioPortal.)<o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">I think that Clement Jonquet may have found a way to do it that doesn't have many problems, for his AgroPortal installation. He reads this list and will likely weigh
 in, but if not we can make sure he gets this question too. <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">I know the technical folks are thinking about your other questions, I'm not going to try to guess at those answers!<o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">John<o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">On Jan 31, 2018, at 3:05 PM, Michael Dorf <</span></span><a href="mailto:mdorf@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: purple;" class="">mdorf@stanford.edu</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">>
 wrote:<o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Hi,</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""> </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">I am using a local version of Appliance 2.5 RC3 as well as UMLS2RDF script against UMLS2017AB database to generate and load SNOMED.ttl file (1.29Gb).</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">However, upon submitting a new ontology and after few seconds I get this error message in the web UI: “something went wrong”. Also,<span class="apple-converted-space"> </span></span><a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fontotoportal.admin%2F&data=02%7C01%7CSina.Madani%40vumc.org%7C3434890b2cca46bf04eb08d5690dbdf8%7Cef57503014244ed8b83c12c533d879ab%7C0%7C1%7C636530430119439315&sdata=UOXjV5Z7bctq%2Bh4r%2BhcKOS%2FIOZUDBJzynLRSFYUM7OU%3D&reserved=0" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="color: rgb(11, 76, 180);" class="">http://ontotoportal.admin</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="">report
 under issues section shows “ontology has no submission”.  Under /srv/ncbo/repository path no directory was created for SNOMED. Seems manually creating “1” submission directory and copying SNOMED ttl into that directory doesn’t have any effect even with manual
 parsing per instruction. Is it possible to manually load large ttl files and create submissions?</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Scheduler.log or appliance.log doesn’t show any error either.</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""> </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">I re-tried the submission with a compressed tar file (72 Mb) too. This time,  </span><a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fontotoportal.admin%2F&data=02%7C01%7CSina.Madani%40vumc.org%7C3434890b2cca46bf04eb08d5690dbdf8%7Cef57503014244ed8b83c12c533d879ab%7C0%7C1%7C636530430119439315&sdata=UOXjV5Z7bctq%2Bh4r%2BhcKOS%2FIOZUDBJzynLRSFYUM7OU%3D&reserved=0" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="color: rgb(11, 76, 180);" class="">http://ontotoportal.admin</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span class="apple-converted-space"> </span></span><span class="">showed
 ERROR_RDF under Error Status field. Also, on admin page, the log link under URL field shows below messages.  It seems manually unzipping the file and/or reprocessing it doesn’t have any effect either </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Is there a workaround for loading/parsing SNOMED (or similar large ontologies) into OntoPortal? Also, is it possible to access 4store directly in our local instance from a sparql endpoint similar to Bioportal website?</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""> </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Thanks!</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""> </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class="">Sina</span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""> </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: rgb(38, 38, 38);" class="">I, [2018-01-28T11:19:17.181176 #3910]  INFO -- : ["Starting to process<span class="apple-converted-space"> </span></span></span><a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fdata.bioontology.org%2Fontologies%2FSNOMED%2Fsubmissions%2F1%2522&data=02%7C01%7CSina.Madani%40vumc.org%7C3434890b2cca46bf04eb08d5690dbdf8%7Cef57503014244ed8b83c12c533d879ab%7C0%7C1%7C636530430119439315&sdata=C7B0qSamo%2BQz%2F1zW3G41kA3FzLCGJlKPYhMdXu7G8NU%3D&reserved=0" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: rgb(11, 76, 180);" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMED/submissions/1"</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: rgb(38, 38, 38);" class="">]</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: rgb(38, 38, 38);" class="">I, [2018-01-28T11:19:17.219473 #3910]  INFO -- : ["Starting to process SNOMED/submissions/1"]</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: rgb(38, 38, 38);" class="">I, [2018-01-28T11:19:17.338663 #3910]  INFO -- : ["Using UMLS turtle file found, skipping OWLAPI parse"]</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: rgb(38, 38, 38);" class="">E, [2018-01-28T11:19:17.338923 #3910] ERROR -- : ["ArgumentError: invalid byte sequence in UTF-8\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-ff5920539091/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:398:in
 `block in generate_umls_metrics_file'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-ff5920539091/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:397:in `foreach'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-ff5920539091/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:397:in
 `generate_umls_metrics_file'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-ff5920539091/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:414:in `generate_rdf'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-ff5920539091/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:903:in
 `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:47:in `block in process_queue_submissions'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:41:in
 `each'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:41:in `process_queue_submissions'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/bin/ncbo_cron:228:in `block (3 levels) in <main>'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/scheduler.rb:65:in `block (3 levels) in
 scheduled_locking_job'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/scheduler.rb:51:in `fork'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/scheduler.rb:51:in `block (2 levels) in scheduled_locking_job'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/gems/mlanett-redis-lock-0.2.7/lib/redis-lock.rb:43:in
 `lock'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/gems/mlanett-redis-lock-0.2.7/lib/redis-lock.rb:234:in `lock'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/scheduler.rb:50:in `block in scheduled_locking_job'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/gems/rufus-scheduler-2.0.24/lib/rufus/sc/jobs.rb:230:in
 `trigger_block'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/gems/rufus-scheduler-2.0.24/lib/rufus/sc/jobs.rb:204:in `block in trigger'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.3.0/gems/rufus-scheduler-2.0.24/lib/rufus/sc/scheduler.rb:430:in `block in
 trigger_job'"]</span></span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""> </span><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span></span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: purple;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><br class="">
</span></span><a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmailman.stanford.edu%2Fmailman%2Flistinfo%2Fbioontology-support&data=02%7C01%7CSina.Madani%40vumc.org%7Cff6db93c5608494ba5e908d56a0e8238%7Cef57503014244ed8b83c12c533d879ab%7C0%7C0%7C636531532933146046&sdata=JFjyDOXVhifeBqHTHXeb0UdQLlcFXmPU9It5aHW%2B%2BNU%3D&reserved=0" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; color: purple;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></span><span class=""></span></a><span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
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<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class=""> <o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">========================<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class=""><span style="font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<o:p class=""></o:p></span></span></p>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<span class=""><span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span class=""><span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></span></div>
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<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class=""><span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632</span></span></p>
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<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
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