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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">As I just commented in response to Samson, I think we’ve probably hot one of those places where OWL processors have made some assumptions
 inconsistent with the original RDFS definitions. The RDFS Spec is quite explicit on this [1]: “Each instance of rdfs:Datatype is a subclass of rdfs:Literal.” so while the subclass axiom is arguably redundant, there should not be an error thrown.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">However, I can suggest that it is removed from the official ontology.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Simon
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Jennifer Leigh Vendetti [mailto:vendetti@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Saturday, 10 February, 2018 06:23<br>
<b>To:</b> bioontology-support@lists.stanford.edu<br>
<b>Cc:</b> Cox, Simon (L&W, Clayton) <Simon.Cox@csiro.au>; John Graybeal <jgraybeal@stanford.edu>; Samson Tu <swt@stanford.edu><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] labels for Time ontology<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello All,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">It was my suspicion as well that this particular axiom might be causing the issue. Here’s a screenshot in the Protege ontology editor that shows rdfs:Literal appearing in the class tree:
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="969" height="892" id="_x0036_D3405D1-138E-428E-BA7B-93AD2E9643B5" src="cid:image001.png@01D3A35B.E5890530"><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I removed this axiom and uploaded the modified version of the ontology to our private staging environment. Without that axiom, the ontology is processed without errors in BioPortal:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="1396" height="726" id="_x0039_3691524-FCB2-48F8-8939-C4578F603F8B" src="cid:image002.png@01D3A35B.E5890530"><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Simon - any chance an updated version of the ontology could be provided to us?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Kind regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Feb 9, 2018, at 10:59 AM, Samson Tu <<a href="mailto:swt@stanford.edu">swt@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am not sure this is the reason for the failure to render the Time class hierarchy in Bioportal. The ontology includes a (xsd:dateTimeStamp rdfs:subClassOf rdfs:Literal) axiom. This mixing of datatype and class is not right.  <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>With best regards,</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>Samson</i><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Feb 8, 2018, at 9:49 PM, <a href="mailto:simon.cox@csiro.au">
simon.cox@csiro.au</a> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">John – there are rdfs:label annotations on every class and property …<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://www.w3.org/2006/time"><span style="color:purple">https://www.w3.org/2006/time</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>...
 So I’m not sure what the issue is? – Simon</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">John
 Graybeal [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu"><span style="color:purple">mailto:jgraybeal@stanford.edu</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Friday, 9 February, 2018 16:35<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Cox, Simon (L&W, Clayton) <<a href="mailto:Simon.Cox@csiro.au"><span style="color:purple">Simon.Cox@csiro.au</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>labels for Time ontology</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Simon,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">(not sure if you got copied on that first response, which is below)<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Is it reasonable to think the Time ontology might get labels any time soon, which would save us from having to troubleshoot this?  (Just a shot in the dark, in case there are plans.)<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Feb 8, 2018, at 5:54 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu"><span style="color:purple">vendetti@stanford.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">Hello Simon,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
<br>
<br>
</span><o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">On Feb 8, 2018, at 4:18 PM,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="color:purple">support@bioontology.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">Name: Simon Cox</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><a href="mailto:simon.cox@csiro.au"><span style="color:purple">Email: simon.cox@csiro.au</span></a></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">Location: http%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/"><span style="color:purple">2Fbioportal.bioontology.org</span></a>%2Fontologies%2FTIME</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
<strong><span style="font-family:"Helvetica",sans-serif">Feedback:</span></strong></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">I tried to register the W3C OWL-Time ontology last year.<span class="apple-converted-space"> </span><br>
Its listed here<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/TIME"><span style="color:purple">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/TIME</span></a><span class="apple-converted-space"> </span><br>
Something went wrong, but I do not understand the error message.<span class="apple-converted-space"> </span><br>
In particular the class tree does not render properly.<span class="apple-converted-space"> </span><br>
This is now a W3C 'Recommendation' so I think merits listing in BioPortal.<span class="apple-converted-space"> </span><br>
Any comments?<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">I looked at the latest submission for the TIME ontology. During the parsing process in BioPortal, we have some code that generates labels for any classes don’t have labels
 declared. After generating that data, an error occurs when the system attempts to load it into the triplestore. The error is rather deep in the stack, and it wasn’t immediately obvious to me what the problem is. I’ve entered an issue in our tracker:</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><a href="https://github.com/ncbo/bioportal-project/issues/66"><span style="color:purple">https://github.com/ncbo/bioportal-project/issues/66</span></a></span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">… so that we can spend some time debugging.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">Kind regards,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">Jennifer</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:purple">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">========================<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">John Graybeal<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Technical Program Manager<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:purple">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p>
</div>
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