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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Thank you John for getting back to me so quickly.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Our browser is indeed behind a firewall. My issue is that I cannot find the specific URL that my IT department has to whitelist. My
 IT department conducted many tests to monitor traffic and where exactly the firewall was blocking access, but couldn’t find anything. They suggested I get in contact with someone like yourself, who may know exactly what URL address redcap is trying to access
 when you first try to enable the bioontology feature in redcap.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Does that make more sense? Unfortunately I am not from an IT background so I can’t be more specific.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US">Much appreciated – I look forward to using your ontologies!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:6.0pt"><b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Monica O'Neill<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#44546A">Data Manager |Clinical Cancer Research Network<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#777888">Email:</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">
<a href="mailto:monica.o'neill@calvarymater.org.au" target="_blank">monica.o'neill@calvarymater.org.au</a></span><u><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:blue"><o:p></o:p></span></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#00B050">Please note I work a 7 day fortnight<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Monday, Tuesday and Wednesday</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Calvary Mater Newcastle</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#777888">Due to hot-desking arrangements, please contact via email</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Every second Friday</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#002060"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#002060">John Hunter Hospital</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#002060"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#777888">Tel 02 4923 6397 | Fax 02 4921 4274</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D;mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> John Graybeal [mailto:jgraybeal@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 6 February 2018 5:30 AM<br>
<b>To:</b> O'Neill, Monica<br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org; Alberto.varas@hnehealth.nsw.gov.au<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Using biomedical ontology feature in REDCap<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Monica, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for doing most of this investigation for us! I will confirm what you have already found, but can give you one more test you can perform.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If you look at the URL for any query from the <a href="http://data.bioontology.org/documentation">http://data.bioontology.org/documentation</a>, for example something like <a href="http://data.bioontology.org/search?q=melanoma">http://data.bioontology.org/search?q=melanoma</a>,
 you can try it in your browser. Probably it won't work, assuming you haven't entered your API key in a query before. To do so, complete the query like so:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <a href="http://data.bioontology.org/search?q=melanoma">http://data.bioontology.org/search?q=melanoma</a>&apikey=YOUR_API_KEY_HERE<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If that still doesn't work, your browser is probably also behind some firewall that has to be opened to allow access to BioPortal. But if it *does* work, then you have confirmed your API key works, and now you have to get the firewall opened
 that is in front of the REDCap machine.)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This step of 'whitelisting' the BioPortal site is something that your IT department has to do—we can not help with that, sorry. Please have your IT person contact us if he or she is having some difficulty.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Feb 4, 2018, at 6:51 PM, O'Neill, Monica <<a href="mailto:Monica.O'Neill@calvarymater.org.au">Monica.O'Neill@calvarymater.org.au</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Hello,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I am an administrator of REDCap for my institution. I am very keen to employ the biomedical ontology functionality within REDCap for use in our clinical trials, but I am having
 some technical issues.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">When I copy-paste the API token from my account with NCBO (username: monicaoneill), REDCap tells me this is not a valid token. I searched the online REDCap community and found
 others experienced the same error (see image below), which turned out to be because of security settings at their institution. I contacted Yelena Fridgant to ask for more details but she was unable to assist any further other than remembering she asked her
 IT Department to “whitelist” the website.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I have been in contact with Alberto Varas (cc’d) from my institutions IT department, who made every attempt to figure out which URL specifically needed “whitelisting”. Are
 you able to help in this regard? I would be happy to provide you with more information if you need it, just let Alberto and myself know.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><image001.png><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Many thanks in advance,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:6.0pt"><b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Monica O'Neill</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#44546A">Data Manager |Clinical Cancer Research Network</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:monica.o'neill@calvarymater.org.au" target="_blank">monica.o'neill@calvarymater.org.au</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Monday, Tuesday and Wednesday</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Calvary Mater Newcastle</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#777888">Due to hot-desking arrangements, please contact via email</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#003366">Thursday and Friday</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#002060">John Hunter Hospital</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#777888">Tel 02 4923 6397 | Fax 02 4921 4274</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">This message is intended for the addressee and may contain confidential information. If you are not the intended recipient, please delete it and notify the sender. Views expressed
 in this message are those of the individual sender, and are not necessarily the views of the Calvary Mater Newcastle or NSW Health. _______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
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This message is intended for the addressee and may contain confidential information. If you are not the intended recipient, please delete it and notify the sender. Views expressed in this message are those of the individual sender, and are not necessarily the
 views of the Calvary Mater Newcastle or NSW Health.
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