<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Andrey,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It’s unclear to me from your initial post if you’re specifically referring just to the DCM ontology. I downloaded / examined this ontology and it’s worth noting that it’s an unusual one due to the almost complete lack of any hierarchical structure
 in the class tree. There are 3,866 classes with only one SubClassOf axiom. In other words, this ontology appears to be a flat list of classes, with only one class appearing as a subclass of another. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It’s not particularly surprising that the initial page load time for this ontology is somewhat slow. In order to construct a class tree, BioPortal has to retrieve class data for 3,865 root level classes. However, after the initial page load, the
 class data is cached and subsequent navigation to other classes in the tree is fast. I clicked on several other classes in the tree and the Chrome developer console shows load times less than a second.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I compared the load times of the underlying REST call for constructing the initial class tree between DCM and a much larger ontology - SNOMEDCT at 327K classes. Chrome developer console shows a load time for SNOMEDCT of 456ms compared to 7.5s
 for DCM. This is again due to the lack of any hierarchy / very large number of root level classes in DCM.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If on the other hand, you’re referring to programmatic access to class data, the more expedient method is via the REST API. Issuing a REST call for the class information you listed below:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/DCM/classes/http://dicom.nema.org/resources/ontology/DCM/113206?apikey=32688b66-537e-45b7-badc-ce525bebca4d" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/DCM/classes/http%3A%2F%2Fdicom.nema.org%2Fresources%2Fontology%2FDCM%2F113206?apikey=32688b66-537e-45b7-badc-ce525bebca4d</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">...completes in roughly 743ms on the first uncached attempt, then roughly 75ms on subsequent cached retrievals. You can also retrieve all classes for DCM with the classes endpoint, which implements paging:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/DCM/classes" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/DCM/classes</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 12, 2018, at 1:32 PM, Andrey Fedorov <<a href="mailto:andrey.fedorov@gmail.com" class="">andrey.fedorov@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">John, thank you for the reply. I will see if I can do more<br class="">
comprehensive profiling.<br class="">
<br class="">
I also cc David Clunie, who has also always been mentioning how slow<br class="">
BioPortal is. Perhaps he can chime in.<br class="">
<br class="">
On Sun, Feb 11, 2018 at 5:53 PM, John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:<br class="">
<blockquote type="cite" class="">Andrey,<br class="">
<br class="">
To answer this question in a useful way (not just "yes"), we'd need to hear<br class="">
more details about your use case, including the exact queries you're trying<br class="">
to answer, and when and for how long it has seemed slow.<br class="">
<br class="">
Many of the queries can be expected to take seconds to tens of seconds,<br class="">
because they have to perform a lot of computations and/or transmit a lot of<br class="">
data. (When I look at the class list in DICOM, it seems to take a while, but<br class="">
it's sending information about more than 3000 terms over my slow DSL...)<br class="">
<br class="">
So if you can post some example queries (or indicate what web page you're<br class="">
trying to access), and tell us your expectations in terms of response time,<br class="">
we can tell whether we need to troubleshoot something, and if so, what.<br class="">
Thanks!<br class="">
<br class="">
John<br class="">
<br class="">
On Feb 10, 2018, at 9:43 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a> wrote:<br class="">
<br class="">
Name: Andrey Fedorov<br class="">
<br class="">
<a href="mailto:andrey.fedorov@gmail.com" class="">Email: andrey.fedorov@gmail.com</a><br class="">
<br class="">
Location:<br class="">
http%3A%2F%2Fbioportal.bioontology.org%2Fontologies%2FDCM%3Fp%3Dclasses%26conceptid%3Dhttp%253A%252F%252Fdicom.nema.org%252Fresources%252Fontology%252FDCM%252F113206<br class="">
<br class="">
<br class="">
Feedback:<br class="">
<br class="">
Can anything be done to make BioPortal queries faster? It literally takes<br class="">
seconds to get a response.<br class="">
<br class="">
<br class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
bioontology-support@lists.stanford.edu<br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
<br class="">
<br class="">
========================<br class="">
John Graybeal<br class="">
Technical Program Manager<br class="">
Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<br class="">
Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
<br class="">
<br class="">
</blockquote>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>