<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
On the perhaps-broader subject of how to put mappings for an ontology into BioPortal, the answer is 'via the API'. (If you have just a few, you can do so via the UI at <a href="https://bioportal.bioontology.org/help#Viewing_and_editing_mappings" class="">https://bioportal.bioontology.org/help#Viewing_and_editing_mappings</a> .)
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">Example code for creating API mappings is at </div>
<div class="">  <a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/java/src/CreateMapping.java" class="">
https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/java/src/CreateMapping.java</a> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">A past thread on how to do this is at </div>
<div class="">  <a href="http://ncbo-support.2288202.n4.nabble.com/Uploading-a-Mapping-td4653220.html#a4653222" class="">http://ncbo-support.2288202.n4.nabble.com/Uploading-a-Mapping-td4653220.html#a4653222</a></div>
<div class="">It mentions the general info on running the above sample code:</div>
<div class="">  <a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/tree/master/java" class="">https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/tree/master/java</a> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Links that might be useful:</div>
<div class="">  <a href="https://www.bioontology.org/wiki/index.php/BioPortal_Mappings" class="">https://www.bioontology.org/wiki/index.php/BioPortal_Mappings</a></div>
<div class="">  <a href="http://data.bioontology.org/documentation#Mapping" class="">http://data.bioontology.org/documentation#Mapping</a>    -- the actual API documentation</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sorry we do not have more better documentation!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 13, 2018, at 11:00 AM, Clement Jonquet <<a href="mailto:jonquet.lirmm@gmail.com" class="">jonquet.lirmm@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Michel, 
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">NCBO and us do not have a lot of documentation about mappings. A small technical explanation is here: </div>
<div class=""><a href="https://github.com/agroportal/documentation/wiki/Mappings" class="">https://github.com/agroportal/documentation/wiki/Mappings</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">On the "recognized’’ point: </div>
<div class=""><span style="color: rgb(36, 41, 46); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol"; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">BioPortal
 does not automatically extract/recognize mappings that would be in described inside the ontologies. Except if the class explicitly uses the same URI or has a CUI property described properly (as documented in the link). </span></div>
<div class=""><span style="color: rgb(36, 41, 46); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol"; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="color: rgb(36, 41, 46); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol"; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">If
 an ontology file contains "mappings" represented with SKOS matching properties or owl:sameAs or any other specific property (e.g., OBO-XREF), those mappings will not be extracted by AgroPortal. </span></div>
<div class=""><span style="color: rgb(36, 41, 46); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol"; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class="">
</span></div>
<div class=""><span style="color: rgb(36, 41, 46); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol"; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">It
 sounds weird, but there are multiple historical reasons for this including the fact that at the beginning of the NCBO project, one would not always expect the mapped ontologies to be « already » in BioPortal. This situation is not always true, but now there
 is a strong chance  the mapped ontologies are already on BioPortal. </span></div>
<div class=""><span style="color: rgb(36, 41, 46); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Helvetica, Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol"; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Within
 AgroPortal we removed that constraint a couple of years ago (external mappings) and will start soon working (again) on mappings with Elcio (CC) who just join us at LIRMM.</span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">As of now, I would recommend to use SKOS properties inside you SIO file to represent mappings. Those would be considered by the new parser for sure.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Bye</div>
<div class="">Clement</div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">Le 13 févr. 2018 à 00:59, Michel Dumontier <<a href="mailto:michel.dumontier@gmail.com" class="">michel.dumontier@gmail.com</a>> a écrit :</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hi!
<div class="">  Can you point me to public documentation that describes how my ontology (SIO) can be annotated with mappings that can be recognized by the BioPortal system?</div>
<div class="">  thanks!</div>
<div class="">m.<br clear="all" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
-- <br class="">
<div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">Michel Dumontier<br class="">
Distinguished Professor of Data Science</div>
<div class="">Maastricht University<br class="">
<a href="http://dumontierlab.com/" target="_blank" class="">http://dumontierlab.com</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>