<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Simon,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks! BioPortal picked up the new version overnight. Initially it failed to parse in our production environment due to a subtlety that I didn’t account for the other day when I was doing some testing in our staging environment. It looks like
 when the ontology was originally submitted to us, there were some property overrides specified in the add/edit submission form:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">Preferred Name Property: local:OWL-Time</div>
<div class="">Synonym Property: local:Time ontology in OWL</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div class="">BioPortal doesn’t recognize the “local:” syntax for property overrides - instead, a full URL is required. Apologies that this isn’t evident from the placeholder text on the form. We have an open issue in our tracker to add better validation for
 these fields.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I looked at the ontology content and it seems that it already adheres to standard practices for specifying preferred names (rdfs:label). BioPortal checks this property for preferred names, so the override doesn’t seem necessary. Also, it wasn’t
 clear to me what the override was meant to be for the synonym property. At any rate, I removed these overrides and reprocessed the ontology, which is now fully available in BioPortal, and via the REST API (<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/TIME" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/TIME</a>).
 The appearance of the class tree mimics what I see when I load the OWL file in the Protege ontology editing application. Let me know if you see anything awry.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 13, 2018, at 2:24 PM, <a href="mailto:Simon.Cox@csiro.au" class="">
Simon.Cox@csiro.au</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">The RDF representation of the OWL-Time ontology has been updated, removing the declaration of xsd:DateTimeStamp.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">See<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://www.w3.org/2006/time" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://www.w3.org/2006/time</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal
 [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">mailto:jgraybeal@stanford.edu</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Monday, 12 February, 2018 08:41<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Cox, Simon (L&W, Clayton) <<a href="mailto:Simon.Cox@csiro.au" class="">Simon.Cox@csiro.au</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Samson Tu <<a href="mailto:swt@stanford.edu" class="">swt@stanford.edu</a>>;
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] labels for Time ontology<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
perhaps we should do a quick test with that change in BioPortal, to see if it behaves better.<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
john<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
On Feb 11, 2018, at 1:09 PM,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:Simon.Cox@csiro.au" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">Simon.Cox@csiro.au</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif;" class="">> The OWL 2 spec makes a distinction between datatype and class:<br class="">
<br class="">
Yes. And that's also partly why owl:Class != rdfs:Class.<br class="">
But I don't think that's the issue here.<br class="">
It's about how a datatype is formally defined.<br class="">
<br class="">
RDFS says that all datatypes are subclasses of rdfs:Literal which makes complete sense.<br class="">
I think there may be a question whether that should be captured using the rdfs:subClassOf axiom.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
Else this is where Bioportal might be too fierce.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<br class="">
Anyway, the inclusion of a definition of xsd:dateTimeStamp in this ontology is not necessary since it is defined elsewhere (in the xsd spec) so I will see if we can get it removed from the RDF sources.<br class="">
<br class="">
Simon</span><o:p class=""></o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif; text-align: center;">
<hr size="2" width="98%" align="center" class="">
</div>
<div id="divRplyFwdMsg" class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>Samson Tu <<a href="mailto:swt@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">swt@stanford.edu</a>><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Sunday, 11 February 2018 4:43:18 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Cox, Simon (L&W, Clayton)<br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Samson Tu; John Graybeal;<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] labels for Time ontology</span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
The OWL 2 spec makes a distinction between datatype and class:<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
"<i class=""><span style="font-family: Arial, sans-serif;" class="">Datatypes</span></i><span style="font-family: Arial, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class=""> are entities that
 refer to sets of data values. </span>Thus, datatypes are analogous to classes, the main difference being that the former contain data values such as strings and numbers, rather than individuals.” [1]<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Maybe the issue is whether the Time ontology is meant to be an RDF schema or an OWL ontology. These are two different specifications.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
The OWL API loads the ontology didn’t throw an error. It’s the Bioportal hierarchy display code that had problem. I agree that the Bioportal hierarchy display code should be more forgiving. Maybe that should be an issue  tracker item.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<i class="">With best regards,</i><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<i class="">Samson</i><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt;" class="">[1] <a href="https://www.w3.org/TR/owl2-syntax/#Datatypes" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://www.w3.org/TR/owl2-syntax/#Datatypes</a></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
On Feb 10, 2018, at 10:10 PM,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:simon.cox@csiro.au" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">simon.cox@csiro.au</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">I don’t think you are correct.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">The RDFS Spec is quite explicit on this [1]: “Each instance of rdfs:Datatype is a subclass of rdfs:Literal.”</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">                                                                                                                                                                                                         </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">The offending lines in the OWL-Time rdf are</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">xsd:dateTimeStamp</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">  rdf:type rdfs:Datatype ;              #i.e xsd:dateTimeStamp is an instance of rdfs:Datatype</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">  rdfs:label "dateTimeStamp" ;</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">  rdfs:subClassOf rdfs:Literal ;     #... and is a subclass of rdfs:Literal</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">I guess the explanation in the RDFS spec means that the sub-class axiom is strictly not needed, since it is an entailment of typing axiom anyway, but it should
 not cause a conforming processor to throw an error.<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">[1]<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://www.w3.org/TR/rdf-schema/#ch_datatype" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">https://www.w3.org/TR/rdf-schema/#ch_datatype</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Samson
 Tu [<a href="mailto:swt@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">mailto:swt@stanford.edu</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Saturday, 10 February, 2018 05:59<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Cox, Simon (L&W, Clayton) <<a href="mailto:Simon.Cox@csiro.au" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Simon.Cox@csiro.au</span></a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Samson Tu <<a href="mailto:swt@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">swt@stanford.edu</span></a>>; John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">jgraybeal@stanford.edu</span></a>>;<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] labels for Time ontology</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Hi,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
I am not sure this is the reason for the failure to render the Time class hierarchy in Bioportal. The ontology includes a (xsd:dateTimeStamp rdfs:subClassOf rdfs:Literal) axiom. This mixing of datatype and class is not right.  <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<i class="">With best regards,</i><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<i class="">Samson</i><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
On Feb 8, 2018, at 9:49 PM,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:simon.cox@csiro.au" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">simon.cox@csiro.au</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">John – there are rdfs:label annotations on every class and property …<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://www.w3.org/2006/time" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">https://www.w3.org/2006/time</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>...
 So I’m not sure what the issue is? – Simon</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">John
 Graybeal [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">mailto:jgraybeal@stanford.edu</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Friday, 9 February, 2018 16:35<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Cox, Simon (L&W, Clayton) <<a href="mailto:Simon.Cox@csiro.au" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Simon.Cox@csiro.au</span></a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>labels for Time ontology</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
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<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Simon,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
(not sure if you got copied on that first response, which is below)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
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<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Is it reasonable to think the Time ontology might get labels any time soon, which would save us from having to troubleshoot this?  (Just a shot in the dark, in case there are plans.)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
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</div>
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<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
John<o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
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<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
On Feb 8, 2018, at 5:54 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">vendetti@stanford.edu</span></a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
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<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Hello Simon,</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
<br class="">
</span><o:p class=""></o:p></p>
</div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">On Feb 8, 2018, at 4:18 PM,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">support@bioontology.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Name: Simon Cox</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><a href="mailto:simon.cox@csiro.au" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Email: simon.cox@csiro.au</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Location: http%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">2Fbioportal.bioontology.org</span></a>%2Fontologies%2FTIME</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
<strong class=""><span style="font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Feedback:</span></strong></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
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<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">I tried to register the W3C OWL-Time ontology last year.<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
Its listed here<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/TIME" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/TIME</span></a><span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
Something went wrong, but I do not understand the error message.<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
In particular the class tree does not render properly.<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
This is now a W3C 'Recommendation' so I think merits listing in BioPortal.<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
Any comments?<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">I looked at the latest submission for the TIME ontology. During the parsing process in BioPortal, we have some code that generates labels for any classes don’t have labels declared.
 After generating that data, an error occurs when the system attempts to load it into the triplestore. The error is rather deep in the stack, and it wasn’t immediately obvious to me what the problem is. I’ve entered an issue in our tracker:</span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><a href="https://github.com/ncbo/bioportal-project/issues/66" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">https://github.com/ncbo/bioportal-project/issues/66</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">… so that we can spend some time debugging.</span><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Kind regards,</span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Jennifer</span><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: purple;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: purple;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
John Graybeal<o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></div>
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Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></div>
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<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">
Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<o:p class=""></o:p></p>
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<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: purple;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: purple;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="" class="">========================<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></div>
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<span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
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<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">
<span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<o:p class=""></o:p></span></p>
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<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a></span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span></div>
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