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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Dear John, <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<ul style="margin-top:0cm" type="disc">
<li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l0 level1 lfo2"><span lang="EN-GB">If you want to provide production-level services based on BioPortal…</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></li></ul>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">We use Bioportal in combination with REDCap which we use for electronic data capture for academic studies.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<ul style="margin-top:0cm" type="disc">
<li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l0 level1 lfo2"><span lang="EN-GB">Alternatively, Bioportal is available as a stand-alone service (the Virtual Appliance) that you can install yourself, or arrange for us to install and maintain as
 a dedicated service for your needs.</span><span lang="EN-GB" style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black;background:white">To obtain the VMWare Virtual Appliance, contact </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-GB" style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#663366;background:white;text-decoration:none">NCBO
 Support</span></a><span lang="EN-GB" style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black;background:white"> to initiate your request.</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></li></ul>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I would like to initiate a request for a virtual machine.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Do you also have installation instructions? We can setup most popular Linux distributions in our institution datacenter but importing virtual machines is not allowed/supported. They suggest installing it the ‘classic
 way’.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Thanks in advance,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:0cm 0cm 0cm 0cm"></td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:0cm 0cm 18.75pt 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-GB" style="font-size:10.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#1E64C8">LIEVEN VANEECKHAUTE</span></b><span lang="EN-GB" style="color:black">
<br>
</span><span lang="EN-GB" style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">Project advisor Big Data
<br>
Bimetra</span><span lang="EN-GB" style="color:black"> <o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="border:none;border-top:solid #1E64C8 2.25pt;padding:15.0pt 0cm 11.25pt 0cm">
<p class="MsoNormal"><a href="https://www.uzgent.be/"><span style="text-decoration:none"><img border="0" width="235" height="50" style="width:2.4479in;height:.5208in" id="_x0000_i1028" src="https://webresources.uzgent.be/signature/2018/logo_UZ_Gent_mailhandtekening.png" alt="UZ Gent"></span></a><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:0cm 0cm 3.75pt 0cm">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">Universitair Ziekenhuis Gent | C. Heymanslaan 10 | 9000 Gent</span><span style="color:black">
<br>
</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">T</span><span style="color:black">
</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">+32 9 332 08 00
</span><span style="color:black"><br>
</span><b><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"><a href="mailto:lieven.vaneeckhaute@uzgent.be"><span style="color:#1E64C8;text-decoration:none">lieven.vaneeckhaute@uzgent.be</span></a></span></b><span style="color:black">
<br>
</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">Ingang 81 | Route 812 |
<a href="http://www.uzgent.be"><b><span style="color:#1E64C8;text-decoration:none">uzgent.be</span></b></a> |
</span><a href="https://www.facebook.com/uzgent"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;text-decoration:none"><img border="0" width="13" height="13" style="width:.1354in;height:.1354in" id="_x0000_i1027" src="https://webresources.uzgent.be/signature/2018/fb.png" alt="Facebook UZ Gent"></span></a><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black">|
</span><a href="https://twitter.com/UZGent"><span style="font-size:9.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;text-decoration:none"><img border="0" width="13" height="13" style="width:.1354in;height:.1354in" id="_x0000_i1026" src="https://webresources.uzgent.be/signature/2018/tw.png" alt="Twitter UZ Gent"></span></a><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:0cm 0cm 0cm 0cm">
<div style="border:none;border-bottom:solid black 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 0cm;margin-bottom:15.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">  <o:p></o:p></span></p>
</div>
</td>
</tr>
<tr>
<td style="padding:0cm 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.5pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"><img border="0" width="128" height="38" style="width:1.3333in;height:.3958in" id="_x0000_i1025" src="https://webresources.uzgent.be/signature/2018/banner.png" alt="Banner UZ Gent"></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> John Graybeal [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">mailto:jgraybeal@stanford.edu</a>]
<br>
<b>Sent:</b> woensdag 7 maart 2018 17:01<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Cc:</b> Joachim Geeraert <<a href="mailto:Joachim.Geeraert@UGent.be">Joachim.Geeraert@UGent.be</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from Joachim Geeraert<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Joachim, Zjamed, other users, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">We are aware of the recent frequent failures of BioPortal, typically late at night Pacific Time and lasting through much of the night. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">As near as we can tell so far, these failures have been caused by extremely heavy and consistent load to our Recommender service. We are evaluating today how to respond to the situation. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In addition to attempting to find the source of the load, and contacting (or failing that, restricting) that source, we will evaluate transferring the Recommender service to a separate machine, or restricting the number of calls allowed
 to it. Obviously, if you have recently been making a lot of automated calls to BioPortal's API, we would appreciate hearing from you.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">With regard to using BioPortal for production services, we have always provided BIoPortal as a research service. We do not have resources—neither computing nor funding—to provide production-level operations. All of our BioPortal staff are
 filling multiple roles for the Center in a regular day job, so 24x7 monitoring is simply not feasible.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If you want to provide production-level services based on BioPortal, we invite you to contact us to discuss a contracting arrangement that would allow us to offer you that service with a negotiated Service Level Agreement. Alternatively,
 Bioportal is available as a stand-alone service (the Virtual Appliance) that you can install yourself, or arrange for us to install and maintain as a dedicated service for your needs.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">We will be responding to this list with further information as soon as we have further addressed these concerns.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Mar 7, 2018, at 4:58 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org">
support@bioontology.org</a> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Name: Joachim Geeraert
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Email:
<a href="mailto:joachim.geeraert@ugent.be">joachim.geeraert@ugent.be</a> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Location: http%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2F500
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><br>
<strong><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">Feedback:</span></strong> <o:p>
</o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi,
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">We're very happy Bioportal exists and advice all our REDCap user to explore the ontologies you offer and use the ontologies in their REDCap projects.
<br>
However lately bioportal is often unavailable "We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error."; not just the webpage, but also the feature in REDCap projects.
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<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">The problem is that some of these projects are in production status and have continuous active inclusions of patients which becomes impossible if ontology fields can't be used.
<br>
Are you aware of the downtime of bioportal? Are we doing something wrong? Are you aware of solutions in use by other institutions to avoid downtime in projects using the ontologies?
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Sincerely,
<br>
Joachim Geeraert <br>
+32 9 332 05 33<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">John Graybeal<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Technical Program Manager<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="color:black">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632<o:p></o:p></span></p>
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