<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Pan,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’ve re-submitted your ontology under the correct acronym, LUNGMAP-HUMAN. I’ve also deleted all the extraneous records (LUNGMAP-, LUNGMAP-HUMAN1, LUNGMAP_HUMAN, LUNGMAP_HUMAN2, LUNGMAP--HUMAN). Your ontology is now browsable here:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/LUNGMAP-HUMAN" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/LUNGMAP-HUMAN</a> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Please contact us if you run into further issues.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for using BioPortal!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
----------------------------------------------------<br class="">
Michael Dorf<br class="">
Chief Software Architect<br class="">
The National Center for Biomedical Ontology<br class="">
Stanford Biomedical Informatics Research<br class="">
<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a><br class="">
O: 650-723-0357<br class="">
M: 650-995-4374<br class="">
----------------------------------------------------</div>
</div>
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 28, 2018, at 7:32 AM, Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org" class="">hpan@rti.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi John,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you for helping me creating the<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://purl.bioontology.org/ontology/LUNGMAP-HUMAN1" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Helvetica Neue", serif; color: rgb(35, 82, 124); background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/LUNGMAP-HUMAN1</span></a>.
 It looks good and I can access it!<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I can find the 5 other “unsuccessful” attempts (highlighted below) when I search for “lungmap” at the public site, but I can’t delete them before I login in, and I can’t find them after I log in. would you please help me delete these 5, and change the name
 of the successful submission you did above by removing the “1” at the end?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span id="cid:image002.jpg@01D3C680.049DF290"><image002.jpg></span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I greatly appreciate your help!<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Helen<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">mailto:jgraybeal@stanford.edu</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Saturday, March 24, 2018 5:51 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org" class="">hpan@rti.org</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] problem with ontology submission - please help!<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Helen,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have submitted your OWL file under the LUNGMAP-HUMAN1 acronym, and got the results below [1]. I did not get any error messages.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Note that you probably will want to redo your submission under the same acronym but leaving off the '1'. Once that is successful, we can delete this ontology.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am wondering when you attempted your submissions. If you submitted it before late Thursday, we were having problems with the system up until that point, and these were likely interfering with your efforts.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
When you try to submit under LUNGMAP-HUMAN, please keep track of the Add Submission process as you go, and let us know if there are any issues.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
John<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
[1]  Results of submission:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 7.5pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; background-color: white; box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Helvetica Neue", serif; color: rgb(51, 51, 51);" class="">Thank you for submitting your ontology to BioPortal.<o:p class=""></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 7.5pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; background-color: white; box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Helvetica Neue", serif; color: rgb(51, 51, 51);" class="">We will now put your ontology in the queue to be processed. Please keep in mind that it may take up to several hours before BioPortal users will be able
 to explore and search your ontology.<o:p class=""></o:p></span></p>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; background-color: white; box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Helvetica Neue", serif; color: rgb(51, 51, 51);" class="">When your ontology is ready for viewing, it will be available here: <br class="">
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/LUNGMAP-HUMAN1" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(51, 122, 183); text-decoration: none;" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/LUNGMAP-HUMAN1</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; background-color: white; box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Helvetica Neue", serif; color: rgb(51, 51, 51);" class="">If you have any questions or problems, please email the BioPortal support team at <a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(51, 122, 183); text-decoration: none;" class="">support@bioontology.org</span></a><o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</blockquote>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On Mar 24, 2018, at 7:38 PM, Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">hpan@rti.org</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello, I tried several times to submit an ontology:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
initial submission always got<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<image002.jpg><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Another try always got<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<image004.jpg><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
It repeats that when I tried different name/acronyms on different web browsers.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Would you please help me create the ontology?<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Name:<span class="apple-converted-space"> </span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Anatomic Ontology for Alveolar
 Development and Maturation in the Mouse Lung</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Acronym: LUNGMAP-HUMAN</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Public</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Anatomy</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Owl is attached.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Thanks!</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">Helen</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
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<Human_bioportal.owl><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="" class="">========================<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></div>
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<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></div>
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<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<o:p class=""></o:p></span></p>
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<o:p class=""> </o:p></div>
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<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
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<span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span></div>
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