<div dir="ltr">Hi Jennifer,<div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>As long as the reproducible error can be fixed, we will be able to move forward with our project. I will follow the progress on Github.</div><div><br></div><div>Thanks again.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xindi</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font color="#999999"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:15px;line-height:21.3px"><b>--</b></span></font></div><div dir="ltr"><font color="#999999"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:15px;line-height:21.3px"><b>Xindi (Cindy) Guo</b></span><br style="line-height:21.3px;font-family:Calibri,sans-serif;font-size:15px"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:15px;line-height:21.3px">Research Associate, Computational Oncology</span></font><div><font color="#999999"><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:15px;line-height:21.3px">Sage Bionetworks</span></font><br></div><div><font color="#999999" face="Calibri, sans-serif"><span style="font-size:15px"><a href="http://sagebionetworks.org" target="_blank">sagebionetworks.org</a></span></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, May 2, 2018 at 11:19 AM, Jennifer Leigh Vendetti <span dir="ltr"><<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Hi Xindi,
<div><br>
</div>
<div>
<div><span class=""><br>
<blockquote type="cite">
<div>On May 1, 2018, at 12:21 PM, Xindi Guo <<a href="mailto:xindi.guo@sagebase.org" target="_blank">xindi.guo@sagebase.org</a>> wrote:</div>
<br class="m_-3489369780371578920Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div>I was trying to add the <a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT" target="_blank">
NCIT</a> ontology to my custom ontology set. However, it went to the error page (image attached) when I clicked on "Save Custom Ontologies". Also, my colleague has tried to add it as well in her account.
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</span><div>As of yet, I haven’t been able to reproduce this error where clicking the “Save Custom Ontologies” button results in a 404 error.</div><span class="">
<div><br>
</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>She saw the same error page when trying to access the NCIT link (<a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT" target="_blank">https://bioportal.<wbr>bioontology.org/ontologies/<wbr>NCIT</a>) and she was not even able to find NCIT in the list of
 the custom ontology set.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</span><div>I modified my personal account to use a custom ontology set of NCIT, and I was able to reproduce this secondary error where trying to view the NCIT ontology results in a 500 error. There appears to be a bug in the BioPortal software that prevents users
 with custom ontology sets from accessing certain ontologies. I’ve entered an issue in our tracker with more detail:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/47" target="_blank">https://github.com/ncbo/<wbr>ontologies_api/issues/47</a></div>
<div><br>
</div>
<div>You can follow our progress there in terms of when we’re able to release a fix.</div>
<div><br>
</div>
<div>Apologies that I’m not aware of any workaround at the moment other than removing your custom ontology set. If you navigate to the Account Settings page for your account, you should be able to click “clear selection” link in the Custom Ontology Set section
 and click the “Save Custom Ontologies” button to clear the set of custom ontologies. This restores your account to the previous state in BioPortal where all public ontologies are visible / accessible.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>