<div dir="ltr">Can confirm it's working on my end.<br><br>Thanks for all the help,<br><br>Phil</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 27 April 2018 at 09:28, Michael Dorf <span dir="ltr"><<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank">mdorf@stanford.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Hi Phil,
<div><br>
</div>
<div>Just FYI, this problem has been fixed. Let me know if you experience further issues.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>Michael<div><div class="h5"><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Apr 17, 2018, at 4:11 PM, Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank">mdorf@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="m_7684370638742637453Apple-interchange-newline">
<div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Just FYI, the issue is tracked here:
<div><br>
</div>
<div><a href="https://github.com/ncbo/ncbo_ontology_recommender/issues/7" target="_blank">https://github.com/ncbo/ncbo_<wbr>ontology_recommender/issues/7</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Michael<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Apr 17, 2018, at 3:22 PM, Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank">mdorf@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="m_7684370638742637453Apple-interchange-newline">
<div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Hi Phil,
<div><br>
</div>
<div>Thanks for keeping in touch. This definitely appears to be a bug in our system. There is no reason for the Recommender to blow up when given the word “concept” (or any input for that matter). I am still hunting for the root cause. The fix will
 most likely require a code release. I’ll keep you posted when I have more details.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks!</div>
<div><br>
</div>
<div>Michael<br>
<div><br>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Apr 15, 2018, at 7:35 PM, Phil Kiossoglou <<a href="mailto:phil.kiossoglou@gmail.com" target="_blank">phil.kiossoglou@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="m_7684370638742637453Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">Hi John,<br>
<br>
Thanks for the insight.  Just ran again and still getting the error (related to the term "concept", deleting it manages to make it work in this particular instance).<br>
<br>
Just wondering if there's anything I can contribute to help with a fix?  (I'm aware the answer to this is probably "not really").<br>
<br>
Thanks and regards,<br>
<br>
Phil
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On 18 March 2018 at 03:41, John Graybeal <span dir="ltr">
<<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" target="_blank">jgraybeal@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Phil, thank you for sending your issue, sorry it was a pain for so long.
<div><br>
</div>
<div>After some trial and error, I found the problem word in your text is 'concept'. Delete that word and you can have recommendations for the rest of this text. </div>
<div><br>
</div>
<div>As a more permanent fix, we'll have to look in the index to see what has been corrupted. I think this will be straightforward, but it may be a few days before we can get to it. We'll send an email once fixed.</div>
<div><br>
</div>
<div>john</div>
<div><br>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div class="m_7684370638742637453h5">
<div>On Mar 16, 2018, at 11:42 PM, <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="m_7684370638742637453m_4515607912372980432Apple-interchange-newline">
</div>
</div>
<div>
<div>
<div class="m_7684370638742637453h5">
<div>
<p>Name: Phil Kiossoglou </p>
<p>Email: <a href="mailto:phil.kiossoglou@gmail.com" target="_blank">
phil.kiossoglou@gmail.com</a> </p>
<p>Location: https%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" target="_blank">2Fbioportal.bioont<wbr>ology.org</a>%2Frecommender
</p>
<p><br>
<strong>Feedback:</strong> </p>
<p>Attempting to use the NCBO recommender, both via the API and via the online web app is generating errors. In the case of the API, these are HTTP 500 errors.</p>
<p>This issue has been persisting for > 1 week.</p>
<p>The text I am supplying is (without quotes):</p>
<p>"Inflammatory bowel disease (IBD) including Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC), is an immunologically mediated chronic disease. The key underlying pathology is a deregulated immune response to commensal flora in a genetically susceptible
 host. Advances in genomics, epigenomics and understanding of the microbiome have brought forth the role of these spheres in the pathogenesis of IBD. Yet these factors explain only a small fraction of disease risk and our ability to predict relapses and response
 to treatment remains dismal. The external environment plays an important role in modifying the risk of IBD and in precipitating relapses in patients with established disease. The term 'exposome' was proposed to reflect a life-course of environmental influences
 beginning in-utero and proceeding right through childhood to adulthood. While the exposome is still a concept which needs practical perspective to enable better patient care, this review examines the gaps in our understanding that the IBD exposome helps explain.
 We further highlight the definition and parameters of this metric which can be incorporated for its application in research and clinical practice"</p>
<p>I have supplied this data to the recommender in the past and it has worked successfully. Can you please advise if there is a fault at the moment?</p>
<p>Thanks and regards,</p>
<p>Phil</p>
<div><br class="m_7684370638742637453m_4515607912372980432webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
</div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stan<wbr>ford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/m<wbr>ailman/listinfo/bioontology-su<wbr>pport</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word">
======================== <span class="m_7684370638742637453HOEnZb"><font color="#888888">
<div>John Graybeal</div>
<div>Technical Program Manager</div>
<div>Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632<br>
<br>
</div>
</font></span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.<wbr>stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/<wbr>mailman/listinfo/bioontology-<wbr>support</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.<wbr>stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/<wbr>mailman/listinfo/bioontology-<wbr>support</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.<wbr>stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/<wbr>mailman/listinfo/bioontology-<wbr>support</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br></div>