<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
If you have access to the version 4 ontology—I'm not sure if the version on BioPortal is the right format  but you could download it and look—getting it into BioPortal under a new acronym should be pretty straightforward. At least people do it fairly often,
 and you know the ontology should be working OK. Maybe under an hour, plus some waiting time for BioPortal to parse and all. (Plus also your REDCap setup time, and the training of the users if they have access to multiple ontologies.)
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you can ask the project owner, that's definitely the best way to learn about differences, plus it will help make sure they aren't unpleasantly surprised to find it there.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you do that, the custom ontology will definitely be accessible to your API key. If you set it to PRIVATE, only you and the administrators (and the REDHat that's using your API key) could access it, or even know it's in BioPortal.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 11, 2018, at 8:53 AM, Rogers, David W <<a href="mailto:drogers@fredhutch.org" class="">drogers@fredhutch.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">Thank you, John! I was thinking of using the old version number as a suffix, as in, “CTCAE_V4”. This would require all of the project owners who want to stay on that version to
 reconfigure, but presumably they would be happy to have this capability for such a small effort.<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">I have not compared the two versions. I think I will go back to the project owner and get their  take on the differences. Perhaps this is one of those cases where a knee-jerk
 reaction to a user request is the wrong way to go.<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">These ontologies are black boxes to me so I appreciate your analysis of my possible chances of success. Do you have any idea how much time it would take a neophyte to complete
 this approach? (I have to bill them for my time – a factor that usually increases their thoughtfulness quite a bit…)<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">As for a magic wand, you can’t be serious! A simple time-stretching device such as the “Give Me Just a Little More Time” model 1970 would suffice.<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-family: Wingdings; color: rgb(68, 84, 106);" class="">J</span><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">Thanks again for your thoughts!<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">David<o:p class=""></o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">--<br class="">
David W. Rogers<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
Software Developer / Collaborative Data Services / 206.667.7089 /<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:drogers@fredhutch.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">drogers</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><a href="mailto:drogers@fredhutch.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">@</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><a href="mailto:drogers@fredhutch.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">fredhutch.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>/
 Fred Hutch / Cures Start Here<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(18, 48, 84);" class="">General CDS help:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:CdsHelp@fredhutch.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">CdsHelp@fredhutch.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>or
 REDCap-specific help:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:REDCapHelp@fredhutch.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">REDCapHelp@fredhutch.org</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Thursday, May 10, 2018 7:17 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Rogers, David W <<a href="mailto:drogers@fredhutch.org" class="">drogers@fredhutch.org</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from David Rogers<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
David, <span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
If I may add a few thoughts.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Note that the older version you add would have to have a different acronym than CTCAE (so your REDCAP system and/or users would have to know to use that ontology acronym, not the CTCAE one).  <o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Something else that might be useful: if you make the ontology private, you could give access privileges to the BioPortal users that need to use it. (For example, if it's all served by a single REDCap installation, just the user that owns that API. If it is
 multiple installations with different user API, that would be harder.)  Then you and your users would be the only ones seeing the older ontology.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
It appears that the identifiers in the CTCAE ontology are defined in the ontology. This is good—it means that REDCap is likely to use the same identifiers from your version of the ontology, as the ones originally provided by CTCAE (then the previous version)
 to your users. So the data would likely be annotated exactly the same way.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
One other thought, before you go to that trouble: Have you compared the two versions? It may turn out that the ontology does varies little between them, and you might be able to get away with using the new one.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
I hope our contributions have been helpful, I know this is an annoying situation.  If I could wave the wand I would love versions to be configurable in BioPortal, but that would require way more magic than any wand I can wave, sorry!<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
John<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
On May 10, 2018, at 5:17 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Hi David,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<br class="">
<br class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
On May 10, 2018, at 3:40 PM, Rogers, David W <<a href="mailto:drogers@fredhutch.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">drogers@fredhutch.org</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">We have numerous projects which use REDCap to select CTCAE ontologies provided through BioPortal. Much like ICD codes, one doesn’t normally switch to a different version (e.g.,
 ICD9 –> ICD10) in the middle of a research study. My request is for you guys to do the same thing with CTCAE as you have done with ICD codes – provide multiple versions – at least the most recent prior version as well as the current version in the api.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
I wanted to offer some clarification with regard to ICD. Roughly 5 years ago, we started doing twice annual imports of the ontologies that are part of the National Library of Medicine’s UMLS [1]. The UMLS includes copies of both ICD9 and ICD10, which is why
 you see both in BioPortal. In other words, there was no internal decision to offer multiple versions of ICD. This is simply a product of what’s available to import from the UMLS.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Generally speaking, we provide the software infrastructure for publishing biomedical ontologies into our repository. In most cases, we aren’t the authors, and/or maintainers of these ontologies and don’t put restrictions on when ontology authors are allowed
 to publish new versions. The contact information for CTCAE in BioPortal indicates that it’s maintained by NCI.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 84, 106);" class="">So I would see CTCAE and CTCAE4 in the list of available ontologies.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
If you’re doing a research study that requires access to a particular version of an ontology, you’re welcome to create a new entry in BioPortal. As the owner/administrator of that entry, you’d be able to ensure that no modifications are made for the duration
 of your study. To add an entry for an older version of CTCAE in BioPortal, you would need to create an account [2], then navigate to the Tools -> Ontology Browser page, and click the Submit New Ontology button.<o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
Jennifer<o:p class=""></o:p></div>
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<o:p class=""> </o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
[1] <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__www.nlm.nih.gov_research_umls_knowledge-5Fsources_metathesaurus_&d=DwMGaQ&c=eRAMFD45gAfqt84VtBcfhQ&r=WgUuXEZxxnXFMyW7y9PgsrcZI3Wdrk7U4ztbdTbhVmo&m=O6dFQHEpJW9nMxkywjx7sUUR8ZT2h4NSohkny0LhWaA&s=FflCQa6uObbIK_Q80_Vmq_OpE7dBm0qB5QyUblgH-X0&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://www.nlm.nih.gov/research/umls/knowledge_sources/metathesaurus/</a><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
[2] <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__bioportal.bioontology.org_accounts_new&d=DwMGaQ&c=eRAMFD45gAfqt84VtBcfhQ&r=WgUuXEZxxnXFMyW7y9PgsrcZI3Wdrk7U4ztbdTbhVmo&m=O6dFQHEpJW9nMxkywjx7sUUR8ZT2h4NSohkny0LhWaA&s=K1H9YPFo3cHYkoWRuMeRWmyK_GwbAqL85f3R9i7MG1Y&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://bioportal.bioontology.org/accounts/new</a><o:p class=""></o:p></div>
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_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p class=""></o:p></div>
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</blockquote>
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<span style="" class="">========================<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></div>
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<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;" class="">
<span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif;">
<span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632</span></p>
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</blockquote>
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<br class="">
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<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
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<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
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<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
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