<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
David, 
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If I may add a few thoughts.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Note that the older version you add would have to have a different acronym than CTCAE (so your REDCAP system and/or users would have to know to use that ontology acronym, not the CTCAE one).  
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Something else that might be useful: if you make the ontology private, you could give access privileges to the BioPortal users that need to use it. (For example, if it's all served by a single REDCap installation, just the user that owns that
 API. If it is multiple installations with different user API, that would be harder.)  Then you and your users would be the only ones seeing the older ontology.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It appears that the identifiers in the CTCAE ontology are defined in the ontology. This is good—it means that REDCap is likely to use the same identifiers from your version of the ontology, as the ones originally provided by CTCAE (then the previous
 version) to your users. So the data would likely be annotated exactly the same way.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">One other thought, before you go to that trouble: Have you compared the two versions? It may turn out that the ontology does varies little between them, and you might be able to get away with using the new one.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I hope our contributions have been helpful, I know this is an annoying situation.  If I could wave the wand I would love versions to be configurable in BioPortal, but that would require way more magic than any wand I can wave, sorry!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 10, 2018, at 5:17 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi David,
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On May 10, 2018, at 3:40 PM, Rogers, David W <<a href="mailto:drogers@fredhutch.org" class="">drogers@fredhutch.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="color: rgb(68, 84, 106); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">We have numerous projects which use REDCap to select CTCAE ontologies provided through BioPortal. Much like ICD codes, one doesn’t normally switch to a different
 version (e.g., ICD9 –> ICD10) in the middle of a research study. My request is for you guys to do the same thing with CTCAE as you have done with ICD codes – provide multiple versions – at least the most recent prior version as well as the current version
 in the api. </span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I wanted to offer some clarification with regard to ICD. Roughly 5 years ago, we started doing twice annual imports of the ontologies that are part of the National Library of Medicine’s UMLS [1]. The UMLS includes copies of both ICD9 and ICD10,
 which is why you see both in BioPortal. In other words, there was no internal decision to offer multiple versions of ICD. This is simply a product of what’s available to import from the UMLS.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Generally speaking, we provide the software infrastructure for publishing biomedical ontologies into our repository. In most cases, we aren’t the authors, and/or maintainers of these ontologies and don’t put restrictions on when ontology authors
 are allowed to publish new versions. The contact information for CTCAE in BioPortal indicates that it’s maintained by NCI.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="color: rgb(68, 84, 106); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">So I would see CTCAE and CTCAE4 in the list of available ontologies.</span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
If you’re doing a research study that requires access to a particular version of an ontology, you’re welcome to create a new entry in BioPortal. As the owner/administrator of that entry, you’d be able to ensure that no modifications are made for the duration
 of your study. To add an entry for an older version of CTCAE in BioPortal, you would need to create an account [2], then navigate to the Tools -> Ontology Browser page, and click the Submit New Ontology button.</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">[1] <a href="https://www.nlm.nih.gov/research/umls/knowledge_sources/metathesaurus/" class="">https://www.nlm.nih.gov/research/umls/knowledge_sources/metathesaurus/</a></div>
<div class="">[2] <a href="https://bioportal.bioontology.org/accounts/new" class="">https://bioportal.bioontology.org/accounts/new</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>