<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I have ran into a rather large issue: I attempted to delete an ontology but at some point the delete failed, but was halfway complete. Let me give a bit of further background. </div><div><br></div><div>Currently my submissions API page returns a 500 Internal Server Error. Through further investigation I have determined that the error stems from an uncaught exception produced in the /srv/ncbo/ontologies_api/current/helpers/application_helper.rb file in the retrieve_latest_submissions function on line 350. Within this function there is a loop "submission.each do |sub|". After a few iterations of the loop an error is thrown. The error is as follows :</div><div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div>class: Goo::Base::AttributeNotLoaded</div></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div>message: Persistent object with `acronym` not loaded</div></div><div><br></div></blockquote></blockquote>For a while I was unable to determine which ontology this statement was referring to because, as it states, there is no acronym loaded for that particular ontology. But, I was able to print out the Description associated with the ontology and I have determined which ontology I am struggling with. (Which one it is does not necessarily matter, lets call it Ontology XYZ). I Continued to search my local bioportal instance for Ontology XYZ but it is nowhere to be found, not even in the API. I tried to re-delete Ontology XYZ but, an ontology with that acronym can not be found.<div><br></div><div>To summarize, while attempting to delete Ontology XYZ the delete failed, and I am now left with an ontology in my system that has no acronym associated with it. </div><div><br></div><div>Now to my question, Is there any other way to delete an ontology without using their acronym? (Perhaps with some other piece of data about the ontology?)</div><div><br></div><div>Thank you for your help!<br><div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><font color="#000000" face="times new roman, serif"><span style="font-size:12px"><b>Sydney Hoppe</b></span></font><br><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;line-height:normal"><font face="times new roman, serif">University of Michigan, Ann Arbor</font></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;line-height:normal"><font face="times new roman, serif">B.S.E. in Engineering, 2019</font></div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;line-height:normal"><div style="line-height:normal"><font face="times new roman, serif"><a href="mailto:hoppesyd@umich.edu" target="_blank">hoppesyd@umich.edu</a> </font><span style="font-family:"times new roman",serif">| 614.282.1314</span></div></div></div></div>
</div></div></div>