<div dir="ltr">I am a volunteer research member of the Systems Engineering Dept. and the Applied Computational Intelligence Lab at the Missouri University of Science and Technology (MST).<div><br></div><div>I am investigating entity recognition methods, and wish to perform comparisons of existing methods against an innovative approach we have developed biomedical text. We use an ontology-based approach, principally SNOMED-CT.</div><div><br></div><div>I'm contacting you for technical information regarding use of the annotator REST-full service. </div><div><br></div><div>As I understand it, this service is the Open Biomedical Annotator as described in Jonquet C, Shah NH, Musen MA. The Open Biomedical Annotator. Summit on Translational Bioinformatics. 2009;2009:56-60.  This papers notes use of the MGrep method for identifying medical entities in text.</div><div><br></div><div>Would you mind helping me in three area: 1) confirm use of the MGrep entity recognizer, 2) can I obtain an API key for use of the annotator via the REST interface, and 3) does a parameter exist in the API for limiting results to a particular ontology?</div><div><br></div><div>I would greatly appreciate your help.</div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>George</div><div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">George J. Shannon, PhD SE<div><span style="font-size:12.8px">Missouri University of Science and Technology</span><br></div><div>(314) 550-5589 (cell)</div><div><a href="mailto:gjscnc@mst.edu" target="_blank">gjscnc@mst.edu<br></a></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>