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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thanks, Jennifer.  I understand.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I modified the python label-fetching example
<a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/python/python3/get_labels.py">
https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/python/python3/get_labels.py</a> to get mappings.  I also wrote an R script that gets terms from the search API.  I’m thinking of ways to make them more efficient, but in the absence of that, there may
 be times when I send queries that require a lot of paging.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">-Mark<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Jennifer Leigh Vendetti [mailto:vendetti@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Monday, July 30, 2018 12:09 PM<br>
<b>To:</b> Miller, Mark <markampa@pennmedicine.upenn.edu><br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] bulk download of mapping data?<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hello Mark, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Jul 27, 2018, at 12:45 PM, Miller, Mark <<a href="mailto:markampa@pennmedicine.upenn.edu">markampa@pennmedicine.upenn.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I’m user markampa<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I would like to download a large number of your high-quality term mappings.  I think I see how to do it thought the API, but would prefer downloading a static file or retrieving
 the mappings with a SPARQL query. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The open SPARQL endpoint is a beta service that we published a number of years ago, but haven’t had the resources to maintain. The data is entirely out of date. Current ontology data is only available via our REST API. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Apologies that we also don’t make the mappings available as static files.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If you let me know what mappings you’re trying to retrieve, I can help with which API calls to use.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Kind regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I see<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://www.bioontology.org/wiki/SPARQL_BioPortal"><span style="color:#954F72">https://www.bioontology.org/wiki/SPARQL_BioPortal</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>but
 can’t seem to get the sample queries to work. <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I created a query file like this<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:mark@office:~/apache-jena-3.8.0/bin$">mark@office:~/apache-jena-3.8.0/bin$</a> cat > ~/bpmap.rq<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">PREFIX map: <<a href="http://protege.stanford.edu/ontologies/mappings/mappings.rdfs"><span style="color:#954F72">http://protege.stanford.edu/ontologies/mappings/mappings.rdfs#</span></a>><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">PREFIX rdfs: <<a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema"><span style="color:#954F72">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#</span></a>><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">PREFIX skos: <<a href="http://www.w3.org/2004/02/skos/core"><span style="color:#954F72">http://www.w3.org/2004/02/skos/core#</span></a>><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">SELECT<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">*<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">WHERE {<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        ?mapping map:target <<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/CSP/0468-5952"><span style="color:#954F72">http://purl.bioontology.org/ontology/CSP/0468-5952</span></a>>
 .<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        ?mapping map:source ?source .<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">    }<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">And submitted it with Jena’s remote query command like this, but got an error.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:mark@office:~/apache-jena-3.8.0/bin$">mark@office:~/apache-jena-3.8.0/bin$</a> ./rsparql --service '<a href="http://sparql.bioontology.org/mappings/sparql/?apikey=9cf735c3-a44a-404f-8b2f-c49d48b2b8b2"><span style="color:#954F72">http://sparql.bioontology.org/mappings/sparql/?apikey=9cf735c3-a44a-404f-8b2f-c49d48b2b8b2</span></a>'
 --query  ~/bpmap.rq<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">HTTP Exeception<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">HttpException: 500 HTTP 500 error making the query: INTERNAL SERVER ERROR<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.engine.http.HttpQuery.rewrap(HttpQuery.java:370)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.engine.http.HttpQuery.execGet(HttpQuery.java:336)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.engine.http.HttpQuery.exec(HttpQuery.java:288)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.engine.http.QueryEngineHTTP.execResultSetInner(QueryEngineHTTP.java:352)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.engine.http.QueryEngineHTTP.execSelect(QueryEngineHTTP.java:344)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.util.QueryExecUtils.doSelectQuery(QueryExecUtils.java:196)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at org.apache.jena.sparql.util.QueryExecUtils.executeQuery(QueryExecUtils.java:79)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at arq.rsparql.exec(rsparql.java:76)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at jena.cmd.CmdMain.mainMethod(CmdMain.java:93)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at jena.cmd.CmdMain.mainRun(CmdMain.java:58)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at jena.cmd.CmdMain.mainRun(CmdMain.java:45)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">        at arq.rsparql.main(rsparql.java:44)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="mailto:mark@office:~/apache-jena-3.8.0/bin$">mark@office:~/apache-jena-3.8.0/bin$</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>