<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Chen,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">BioPortal did generate the mapping that John mentioned below. You can see that mapping by selecting the Administration class in the ONE ontology, then clicking the Class Mappings link on the right-hand side. I’ve included a screenshot below of
 the LOOM and SAME_URI mappings that were generated for that term in the NCIT ontology:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="35962EDA-F9E4-4791-A0EC-95E02F42711F" src="cid:B5EDCB4A-DF35-4D9D-A636-96B947E36CFA@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">What’s not clear to me is why the ontology-level mappings pane is empty (i.e., the tab that you navigate to by clicking the top-level “Mappings” link):</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="A1918633-9A6A-4481-ACDD-024050313B89" src="cid:A38B3AD5-2EA1-4265-8D65-01D60AEB71CC@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The same issue was reported for another ontology in BioPortal a couple of weeks ago. We have an existing issue in our tracker for this, so I’ve added a comment indicating that it’s happening with the ONE ontology:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/50" class="">https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/50</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Apologies for this inconvenience.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 13, 2018, at 12:12 AM, Chen Yang <<a href="mailto:chen.yang@ugent.be" class="">chen.yang@ugent.be</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hi John, thanks. However, there is no mapping automatically created by BioPortal. Chen<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal
 [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">mailto:jgraybeal@stanford.edu</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>13 August 2018 07:06<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Chen Yang <<a href="mailto:Chen.Yang@UGent.be" class="">Chen.Yang@UGent.be</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>>;
<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from
<a href="mailto:chen.yang@ugent.be" class="">chen.yang@ugent.be</a><o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Chen, a quick note to consider. Because the identifiers are the same, the concepts are already considered the same, and BioPortal will automatically create a mapping between the two entries. <o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
This does not respond directly to your question, or and it does not prevent you from creating your own mapping. I just wanted to explain how BioPortal treats this situation.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
John<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
On Aug 11, 2018, at 2:45 AM, Chen Yang <<a href="mailto:Chen.Yang@UGent.be" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">Chen.Yang@UGent.be</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hi Jennifer,</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Source class: Administration</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Target ontology: NCIT</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Target class: Administration</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">I import NCIT class “Administration” (<a href="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25409" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(31, 73, 125); text-decoration: none;" class="">http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25409</span></a>)
 into ONE.<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">I want to indicate the “Administration” is the same as the “Administration” in NCIT.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">In a word, those two “Administration” classes share the same identifier (NCIT identifier) but are in ONE and NCIT respectively.</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Best regards,</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Chen</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Jennifer
 Leigh Vendetti [<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">mailto:vendetti@stanford.edu</a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>11 August 2018 03:09<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Chen Yang <<a href="mailto:Chen.Yang@UGent.be" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">Chen.Yang@UGent.be</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:chen.yang@ugent.be" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">chen.yang@ugent.be</a></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Hello Chen,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Could you please tell us which two classes you’re trying to create a mapping between? I assume you’re using ONE as the source ontology. What is the source class, target ontology, and target class?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Thank you,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Jennifer<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<br class="">
<br class="">
<br class="">
<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
On Aug 10, 2018, at 2:35 AM,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">support@bioontology.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Name:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:chen.yang@ugent.be" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">chen.yang@ugent.be</span></a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<a href="mailto:chen.yang@ugent.be" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Email: chen.yang@ugent.be</span></a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Location: http%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">2Fbioportal.bioontology.org</span></a>%2Fontologies%2FONE%3Fp%3Dclasses%26conceptid%3Droot<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<br class="">
<strong class="">Feedback:</strong><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
Dear Jennifer and John,<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
For class mappings, now I can choose the target class, however, when I click "create mapping" in the bottom of the page, an error was reported and 1 sentence appeared:<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
"There was a problem creating the mapping, please try again."<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
I modified url (from https to http), and used different browsers (IE, chrome, etc.). and tried again and again. The problem was still reported.<span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
Greetings from Gent, Belgium, Chen<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="" class="">========================<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></div>
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<div class="">
<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></div>
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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">
<span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">
<span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632</span></p>
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