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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Dear Jennifer and John,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I am really sorry for what I said before. Yes, BioPortal did mappings automatically.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Could you please inform me once you solve the issue? It is also possible that I uploaded an file with errors, but I am not able to detect by myself.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I would be more than happy to hear from you, it would be a good opportunity for me to improve my understanding of ontology.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thank you in advance.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Best regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Chen<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Jennifer Leigh Vendetti [mailto:vendetti@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> 13 August 2018 20:42<br>
<b>To:</b> Chen Yang <Chen.Yang@UGent.be><br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from chen.yang@ugent.be<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hello Chen, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">BioPortal did generate the mapping that John mentioned below. You can see that mapping by selecting the Administration class in the ONE ontology, then clicking the Class Mappings link on the right-hand side. I’ve included a screenshot below
 of the LOOM and SAME_URI mappings that were generated for that term in the NCIT ontology:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="1711" height="953" id="_x0033_5962EDA-F9E4-4791-A0EC-95E02F42711F" src="cid:image001.png@01D43368.E178E940"><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">What’s not clear to me is why the ontology-level mappings pane is empty (i.e., the tab that you navigate to by clicking the top-level “Mappings” link):<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="1201" height="340" id="A1918633-9A6A-4481-ACDD-024050313B89" src="cid:image002.png@01D43368.E178E940"><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The same issue was reported for another ontology in BioPortal a couple of weeks ago. We have an existing issue in our tracker for this, so I’ve added a comment indicating that it’s happening with the ONE ontology:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/50">https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/50</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Apologies for this inconvenience.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Kind regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Aug 13, 2018, at 12:12 AM, Chen Yang <<a href="mailto:chen.yang@ugent.be">chen.yang@ugent.be</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Hi John, thanks. However, there is no mapping automatically created by BioPortal. Chen</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">John
 Graybeal [<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">mailto:jgraybeal@stanford.edu</a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>13 August 2018 07:06<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Chen Yang <<a href="mailto:Chen.Yang@UGent.be">Chen.Yang@UGent.be</a>><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu">vendetti@stanford.edu</a>>;
<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from
<a href="mailto:chen.yang@ugent.be">chen.yang@ugent.be</a></span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Chen, a quick note to consider. Because the identifiers are the same, the concepts are already considered the same, and BioPortal will automatically create a mapping between the two entries. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">This does not respond directly to your question, or and it does not prevent you from creating your own mapping. I just wanted to explain how BioPortal treats this situation.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Aug 11, 2018, at 2:45 AM, Chen Yang <<a href="mailto:Chen.Yang@UGent.be"><span style="color:purple">Chen.Yang@UGent.be</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Hi Jennifer,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Source class: Administration</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Target ontology: NCIT</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Target class: Administration</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I import NCIT class “Administration” (<a href="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25409"><span style="color:#1F497D;text-decoration:none">http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C25409</span></a>)
 into ONE.<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I want to indicate the “Administration” is the same as the “Administration” in NCIT.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">In a word, those two “Administration” classes share the same identifier (NCIT identifier) but are in ONE and NCIT respectively.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Best regards,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Chen</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Jennifer
 Leigh Vendetti [<a href="mailto:vendetti@stanford.edu"><span style="color:purple">mailto:vendetti@stanford.edu</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>11 August 2018 03:09<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="color:purple">support@bioontology.org</span></a><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Chen Yang <<a href="mailto:Chen.Yang@UGent.be"><span style="color:purple">Chen.Yang@UGent.be</span></a>><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:chen.yang@ugent.be"><span style="color:purple">chen.yang@ugent.be</span></a></span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello Chen,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Could you please tell us which two classes you’re trying to create a mapping between? I assume you’re using ONE as the source ontology. What is the source class, target ontology, and target class?<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you,<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Aug 10, 2018, at 2:35 AM,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="color:purple">support@bioontology.org</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Name:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:chen.yang@ugent.be"><span style="color:purple">chen.yang@ugent.be</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:chen.yang@ugent.be"><span style="color:purple">Email: chen.yang@ugent.be</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Location: http%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/"><span style="color:purple">2Fbioportal.bioontology.org</span></a>%2Fontologies%2FONE%3Fp%3Dclasses%26conceptid%3Droot<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<strong>Feedback:</strong><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear Jennifer and John,<span class="apple-converted-space"> </span><br>
For class mappings, now I can choose the target class, however, when I click "create mapping" in the bottom of the page, an error was reported and 1 sentence appeared:<span class="apple-converted-space"> </span><br>
"There was a problem creating the mapping, please try again."<span class="apple-converted-space"> </span><br>
I modified url (from https to http), and used different browsers (IE, chrome, etc.). and tried again and again. The problem was still reported.<span class="apple-converted-space"> </span><br>
Greetings from Gent, Belgium, Chen<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="color:purple">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="color:purple">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a></span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">John Graybeal<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Technical Program Manager<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632<o:p></o:p></p>
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