<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Rob,
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 18, 2018, at 12:52 PM, Wynne, Robert (NIH/NCI) [C] <<a href="mailto:wynner@mail.nih.gov" class="">wynner@mail.nih.gov</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Jennifer,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Yes.  I took a look at the documentation and have tried the following calls using my key.  Neither seem to return what I’m looking for, so maybe I’m doing something wrong.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(80, 80, 80); background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class=""><a href="http://data.bioontology.org/property_search?q=P90&ontologies=NCIT" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/property_search?q=P90&ontologies=NCIT</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(80, 80, 80); background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class=""><a href="http://data.bioontology.org/property_search?q=P90&ontologies=NCIT/search?q=Malignant" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/property_search?q=P90&ontologies=NCIT/search?q=Malignant</a><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I’d like to restrict my search to just synonyms, and have classes returned that match the search value (a contains or exact match).</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>You can use the “include” parameter to limit what’s returned by the API. That parameter is documented in the Common Parameters section of our API documentation:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_usage" class="">http://data.bioontology.org/documentation#nav_usage</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>You can also set the display_links parameter to false to eliminate the hypermedia links that are returned by default. </div>
<div><br class="">
</div>
<div>For example (this is the /search endpoint, not the /property_search endpoint):</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/search?q=Malignant&ontologies=NCIT&include=prefLabel,synonym&display_links=false" class="">http://data.bioontology.org/search?q=Malignant&ontologies=NCIT&include=prefLabel,synonym&display_links=false</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div>… the above call retrieves all classes from the NCIT ontology where the class name contains “Malignant”. For each class in the resulting JSON, only the preferred label and synonyms are returned:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="D431CA65-C77B-4917-85B2-243F2D77E864" src="cid:90B15C92-ED30-4239-9D4A-D0CFB90AC09F@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>For an exact match search, you would add the require_exact_match parameter:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/search?q=Malignant&ontologies=NCIT&include=prefLabel,synonym&require_exact_match=true&display_links=false" class="">http://data.bioontology.org/search?q=Malignant&ontologies=NCIT&include=prefLabel,synonym&require_exact_match=true&display_links=false</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div><img apple-inline="yes" id="FDACCFBA-7797-4B98-8779-78EBDB742ACF" src="cid:5924C97D-D5F4-479D-AD3C-B5CBA0CDD9A6@stanford.edu" class=""></div>
<div><br class="">
</div>
<div>Is this the type of search you’re trying to accomplish?</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Can this be done through BioPortal instead?  If I go to the Advanced Search there is an option to select all properties, but is there a way to search by a single property?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks!<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Rob<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Thursday, August 16, 2018 7:57 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Wynne, Robert (NIH/NCI) [C] <<a href="mailto:wynner@mail.nih.gov" class="">wynner@mail.nih.gov</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>; De Coronado, Sherri (NIH/NCI) [E] <<a href="mailto:decorons@mail.nih.gov" class="">decorons@mail.nih.gov</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] searching by synonyms<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Rob,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Apologies, but I’m not sure I followed your question.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
We do have a search endpoint in the REST API for searching by ontology properties. It’s documented here:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_prop_search" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/documentation#nav_prop_search</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Is this what you meant?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Jennifer<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<br class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On Aug 16, 2018, at 4:35 PM, Wynne, Robert (NIH/NCI) [C] <<a href="mailto:wynner@mail.nih.gov" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">wynner@mail.nih.gov</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi all,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
How would I use BioPortal or the BioPortal RESTAPI to search by synonyms that can be found on classes?  I guess this would go for any one specific text property.  If I do this search using REST, could I specify my property?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Rob<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a></div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>