<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Chen,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I see your email from September 19th with three questions. To be honest, I’m not sure why it fell through our radar, but I’ll do my best to address it here. Please see my answers inline in
<font color="#006d8f" class="">BLUE</font><font color="#008cb4" class="">:</font></div>
<div class=""> </div>
<div class="">1) I was going to get the permanent link of class "Case studies" in ONE, then I clicked the icon next to "class mappings"but get the ID of "Case studies": "<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/ONE/standards#caseStudies" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/ONE/standards#caseStudies</a>".
 I cannot reach the class by the link. Could you please check? </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><font color="#006d8f" class="">The correct permanent link should be: <a href="http://purl.bioontology.org/ontology/ONE?conceptid=http://purl.bioontology.org/ontology/ONE/standards#caseStudies" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/ONE?conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FONE%2Fstandards%23caseStudies</a></font></div>
<div class=""><font color="#006d8f" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font color="#006d8f" class="">It’s a bug in our system that results in a wrong link whenever the default classes view is loaded. Once you click on another class and come back to the original one, the permanent link will be correct. I’ve logged
 this behavior here:</font></div>
<div class=""><font color="#006d8f" class=""><br class="">
</font></div>
<div class=""><font color="#006d8f" class=""><a href="https://github.com/ncbo/bioportal_web_ui/issues/84" class="">https://github.com/ncbo/bioportal_web_ui/issues/84</a> </font></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">2) But is it possible to set the ID as permanent link? For MeSH ontology, it works (e.g. "<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D000602" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D000602</a>" can be used to reach the class
 on BioPortal). The IDs of my Classes also start with "<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/</a>“.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><font color="#006d8f" class="">MeSH is part of a group of UMLS ontologies that we import periodically into our system from a publicly available relational database. The import process generates our own permalinks and handles them accordingly for
 each ontology in this set. The rest of the ontologies use their original class IDs that are found in the ontology source file. Our uniform permalink structure for ALL ontologies is in the format: </font></div>
<div class=""><font color="#006d8f" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 109, 143);" class=""><br class="">
</span></font></div>
<div class=""><font color="#006d8f" class=""><span style="caret-color: rgb(0, 109, 143);" class=""><a href="http://purl.bioontology.org/ontology/<ONTOLOGY_ACRONYM>?conceptid=<URL_ENCODED_CONCEPT_ID>" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/<ONTOLOGY_ACRONYM>?conceptid=<URL_ENCODED_CONCEPT_ID></a></span></font></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">3) For ONE, the mappings are still a problem. I reported it before. <a href="https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/50" class="">https://github.com/ncbo/ontologies_api/issues/50</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><font color="#006d8f" class="">This remains an open issue.  We’re a small team, so our development schedule is highly selective. Unfortunately, fixing this issue hasn’t hit the top of our priority list to date.</font></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks again for contacting us and sorry about the delay in responding.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
----------------------------------------------------<br class="">
Michael Dorf<br class="">
Chief Software Architect<br class="">
The National Center for Biomedical Ontology<br class="">
Stanford Biomedical Informatics Research<br class="">
<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a><br class="">
O: 650-723-0357<br class="">
M: 650-995-4374<br class="">
----------------------------------------------------</div>
</div>
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Oct 3, 2018, at 1:54 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: <a href="mailto:chen.yang@ugent.be" class="">chen.yang@ugent.be</a>
</p>
<p class=""><a href="mailto:chen.yang@ugent.be" class="">Email: chen.yang@ugent.be</a>
</p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2F
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">Dear, <br class="">
I sent my questions 2 weeks ago (17 September, 2018). However, I have not got your answer yet.
<br class="">
Regards, <br class="">
Chen </p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>