<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">14 months is never too late… <div class="">Benjamin, if you want to know what we have done for storing « Inter-portal » and « external » mappings check out: </div><div class=""><a href="https://github.com/agroportal/documentation/wiki/Mappings" class="">https://github.com/agroportal/documentation/wiki/Mappings</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Or contact me if needed. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Clement</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">-------------------------------------------------------------------------------------------<br class="">Dr. Clement JONQUET  -  PhD in Informatics  -  Assistant Professor<br class="">University of Montpellier (LIRMM)<br class="">-------------------------------------------------------------------------------------------</div></div></div>
</div>

<div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Le 23 nov. 2017 à 03:54, John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
The AgroPortal group, led by Clement Jonquet, has customized a virtual appliance instance of BioPortal to handle external mappings. Unfortunately, it appears to incur a significant performance hit, that has prevented us from doing the same with BioPortal, at
 least without a lot of work.</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">Another question I had is about mapping to outside ontologies. In this ontology xrefs, inverse_is_a and has_part relationships often link to outside ontologies such as HGNC, UniProt, InterPro, Pfam, Reactome, etc. What is the preferred way to
 add links to such outside ontologies in the OBO file I upload? Currently, I encode them as, for instance "has_part: HGNC:PRKAA1" and "xref: NCIT:C94701", but it would be nice if these could be linked out to the given outside resources via the web interface.</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
When you say 'outside ontologies', do you mean outside OBO or outside BioPortal? We should be able to process mappings to other terms in BioPortal (NCIT for example). </div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
With regard to OBO references to terms of ontologies in BioPortal, I am not sure how BioPortal processes the CURIE format for those mappings. (Perhaps a full IRI would be better?)  I'll see if we can dig up any additional answers in that regard. (There might
 be some information in the OBO support lists also.)</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
John</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 22, 2017, at 12:52 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Ben,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 20, 2017, at 8:19 PM, Benjamin Gyori <<a href="mailto:benjamin_gyori@hms.harvard.edu" class="">benjamin_gyori@hms.harvard.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">I modified the root node to be part of the BE ontology, and now the classes are loaded correctly.
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">OK, good to hear.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">I also really like the visualization on some of the other ontologies and would like to make it work for this one. But for some reason I get this blank view when I click on the Visualization tab: Could you help figure out what I need to change
 to make visualization work?</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The visualization software you’re referring to is 3rd party, developed by the University of Victoria for BioPortal a few years ago. There’s a known issue that’s cropped up where the software doesn’t work over HTTPS [1]. As of yet, we haven’t been
 able to secure the resources to take over development and maintenance of their code. There’s a simple workaround in the mean time though. If you modify the URL in the address bar to use HTTP, you’ll be able to see the visualizations:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:2200C37A-6487-49C2-8BD0-D5A2F8011ABC@stanford.edu" class=""><Screenshot 2017-11-22 12.42.07.png></span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Another question I had is about mapping to outside ontologies. In this ontology xrefs, inverse_is_a and has_part relationships often link to outside ontologies such as HGNC, UniProt, InterPro, Pfam, Reactome, etc. What is the preferred way to
 add links to such outside ontologies in the OBO file I upload? Currently, I encode them as, for instance "has_part: HGNC:PRKAA1" and "xref: NCIT:C94701", but it would be nice if these could be linked out to the given outside resources via the web interface.</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If I understood your question correctly, we don’t offer this kind of functionality. The mappings we generate are between ontology classes from the set of ontologies that exist in BioPortal. I did a quick search and the ontologies you mentioned
 above don’t appear to have been uploaded into our application, although they could be if they are published in a format we can handle. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I vaguely recall a research group that may have customized a virtual appliance instance of BioPortal to handle external mappings. Let me see if I can track that information down.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">[1] <a href="https://github.com/ncbo/biomixer/issues/2" class="">https://github.com/ncbo/biomixer/issues/2</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br class="">bioontology-support mailing list<br class=""><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>