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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Worked like a charm. Thank you, Pete!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Helen<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> Pete Rivett <pete.rivett@adaptive.com> <br>
<b>Sent:</b> Thursday, March 14, 2019 6:02 AM<br>
<b>To:</b> Pan, Huaqin (Helen) <hpan@rti.org>; John Graybeal <jgraybeal@stanford.edu><br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] metadata treeview error message<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<table class="MsoNormalTable" border="1" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td width="75%" style="width:75.0%;padding:1.2pt 1.2pt 1.2pt 1.2pt">
<p class="MsoNormal"><strong><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;color:red">EXTERNAL:</span></strong>  This email originated from outside of the organization.  Do not click links or open attachments unless you recognize the sender and know the content
 is safe.<o:p></o:p></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E">Helen,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E">The message means you’ve used a namespace prefix “metadata:” without defining it. For example at line 253 you have:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">        <metadata:treeView rdf:resource="<a href="http://www.lungmap.net/ontologies/human_anatomy#LMHA0000000211">http://www.lungmap.net/ontologies/human_anatomy#LMHA0000000211</a>"/><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E">To fix it, add the following line in the block of namespace definitions, e.g. line 14:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">     xmlns:metadata="<a href="http://data.bioontology.org/metadata/">http://data.bioontology.org/metadata/</a>"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E">It then seemed to load OK into Protégé (I’m on 5.2).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E">Pete<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040">Pete  Rivett (</span><a href="mailto:pete.rivett@adaptive.com"><span lang="EN-GB">pete.rivett@adaptive.com</span></a><span lang="EN-GB" style="color:#008040">)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040">CTO, Adaptive Inc<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040">65 Enterprise, Aliso Viejo, CA 92656<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040">cell: +1 949 338 3794
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040">Follow me on Twitter @rivettp or
</span><a href="http://twitter.com/rivettp"><span lang="EN-GB">http://twitter.com/rivettp</span></a><span lang="EN-GB" style="color:#008040"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:#008040"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:green"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#008A3E"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> bioontology-support <<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>>
<b>On Behalf Of </b>Pan, Huaqin (Helen)<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, March 13, 2019 8:40 PM<br>
<b>To:</b> John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">jgraybeal@stanford.edu</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b> [bioontology-support] metadata treeview error message<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi John,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I got an error message “The prefix "metadata" for element "metadata:treeView" is not bound” when I load the .xrdf file in Protege. I attached the code. Would you please help me figure out the issue?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank you for your help!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Helen<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">jgraybeal@stanford.edu</a>>
<br>
<b>Sent:</b> Saturday, March 24, 2018 5:51 PM<br>
<b>To:</b> Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org">hpan@rti.org</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] problem with ontology submission - please help!<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Helen, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have submitted your OWL file under the LUNGMAP-HUMAN1 acronym, and got the results below [1]. I did not get any error messages.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Note that you probably will want to redo your submission under the same acronym but leaving off the '1'. Once that is successful, we can delete this ontology.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am wondering when you attempted your submissions. If you submitted it before late Thursday, we were having problems with the system up until that point, and these were likely interfering with your efforts.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">When you try to submit under LUNGMAP-HUMAN, please keep track of the Add Submission process as you go, and let us know if there are any issues.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[1]  Results of submission:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:7.5pt;background:white;box-sizing: border-box;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2">
<span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#333333">Thank you for submitting your ontology to BioPortal.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:7.5pt;background:white;box-sizing: border-box;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2">
<span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#333333">We will now put your ontology in the queue to be processed. Please keep in mind that it may take up to several hours before BioPortal users will be able to explore and search your ontology.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white;box-sizing: border-box;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2">
<span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#333333">When your ontology is ready for viewing, it will be available here: <br>
</span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/LUNGMAP-HUMAN1"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#337AB7;text-decoration:none">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/LUNGMAP-HUMAN1</span></a><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="background:white;box-sizing: border-box;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2">
<span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#333333">If you have any questions or problems, please email the BioPortal support team at </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#337AB7;text-decoration:none">support@bioontology.org</span></a><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica Neue";color:#333333"><o:p></o:p></span></p>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Mar 24, 2018, at 7:38 PM, Pan, Huaqin (Helen) <<a href="mailto:hpan@rti.org">hpan@rti.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hello, I tried several times to submit an ontology:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">initial submission always got<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><image002.jpg><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Another try always got<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><image004.jpg><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">It repeats that when I tried different name/acronyms on different web browsers.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Would you please help me create the ontology?<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Name:<span class="apple-converted-space"> </span><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Anatomic Ontology for Alveolar Development and Maturation in the Mouse Lung</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Acronym: LUNGMAP-HUMAN</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Public</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Anatomy</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Owl is attached.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Thanks!</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;background:white">Helen</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><Human_bioportal.owl><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">======================== <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">John Graybeal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Technical Program Manager<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="color:black">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>