<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Krishna,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Not sure that I can provide more detail than the error itself, but you do need to add a sting "&apikey=yourapikey” to my links below in order to see the results. The API key can be obtained by logging in at <a href="http://bioportal.bioontology.org/account" class="" style="font-family: "Courier New"; font-size: 10.5pt; text-indent: -0.25in; color: purple;">bioportal.bioontology.org/account</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Copy the API Key from that page and tack it onto the end of the links that I sent as “&apikey=11a1a11a-11e1-11a1-1a1a-111111aa1111”, where the latter part is your actual API Key.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hope this clarifies it.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael </div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 21, 2019, at 12:09 PM, <a href="mailto:juluruk@mskcc.org" class="">
juluruk@mskcc.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Michael,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks for the quick reply. Unfortunately, I’m not understanding the explanation (probably because I’m still a novice in this tool).<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have an account on the bioportal site, and I’ve logged in. However, when I follow the links below, I’m getting an error message:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 6pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">{</span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 30pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -0.25in;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;" class=""><span class="">·<span style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-stretch: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: "Times New Roman";" class="">        <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><b class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">"status"</span></b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New"; color: blue;" class="">401</span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 30pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -0.25in;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;" class=""><span class="">·<span style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-stretch: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: "Times New Roman";" class="">        <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><b class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">"error"</span></b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New"; color: green;" class="">"You
 must provide an API Key either using the query-string parameter `apikey` or the `Authorization` header: `Authorization: apikey token=my_apikey`. Your API Key can be obtained by logging in at<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/account" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">bioportal.bioontology.org/account</a>"</span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 6pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">}</span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Something I’m doing wrong?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Krishna<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class=""><span style="font-size: 12pt;" class="">From:<span class="Apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size: 12pt;" class="">Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">mdorf@stanford.edu</a>><br class="">
<b class="">Date:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Thursday, March 21, 2019 at 11:56 AM<br class="">
<b class="">To:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>"<a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a>" <<a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a>><br class="">
<b class="">Cc:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>"Juluru, Krishna/Radiology" <<a href="mailto:juluruk@mskcc.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">juluruk@mskcc.org</a>><br class="">
<b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>[EXTERNAL] Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from KRISHNA JULURU<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Krishna,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you for contacting us. Our logic for annotating semantic types looks for a property of the class that contains the semantic type code (T191 in this case). Once found, the value is used to set a custom top-level property of the class called “semanticType”.
 The value of the “semanticType” property is then used when we process classes for the Annotator repository. Looking at the class you provided, there is no property in the class that references the semantic type code. There is one that states the name of the
 semantic type, “Neoplastic Process”, but that isn’t sufficient for us to classify this as a class belonging to the T191 semantic type:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT/classes/http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C9245?display=all&no_links=true&no_context=true" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/NCIT/classes/http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C9245?display=all&no_links=true&no_context=true</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Here is a sample of a different class from SNOMEDCT that does set the semantic type property and thus appears in your annotation query (if you remove the NCIT ontology filter):<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FSNOMEDCT%2F68453008?display=all&no_links=true&no_context=true" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FSNOMEDCT%2F68453008?display=all&no_links=true&no_context=true</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
This logic probably could be improved to better recognize the semantic type affiliation, but at this point our small team of two simply doesn’t have the bandwidth to look into this matter more in-depth. I’ve created a bug in our Github issue tracking system
 that will track this report. Hopefully, we’ll be able to address it in the near future:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="https://github.com/ncbo/ncbo_annotator/issues/5" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://github.com/ncbo/ncbo_annotator/issues/5</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks again for your report.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Michael<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<br class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On Mar 20, 2019, at 7:24 PM,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Name: KRISHNA JULURU<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="mailto:juluruk@mskcc.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">Email: juluruk@mskcc.org</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Location: https%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fannotator<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<strong class=""><span style="font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Feedback:</span></strong><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have been experimenting with the annotator found here:<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<a href="https://bioportal.bioontology.org/annotator" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://bioportal.bioontology.org/annotator</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Settings:<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
Text entered into annotator: invasive mammary carcinoma<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
Select ontology: National Cancer Institute Thesaurus (NCIT)<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
Select UMLS semantic type: neoplastic process<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Result: no annotations found<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am not understanding why the result is 'No annotations found'. The term 'invasive mammary carcinoma' does exist in the NCIT, with semantic_type 'Neoplastic process'.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C9245" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C9245</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Can someone please explain what I might be doing wrong?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you.<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; color: red;" class=""><br class="">
<br class="">
*** Only open attachments or links from trusted senders. Report phishing to<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:infosec@mskcc.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">infosec@mskcc.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>***<o:p class=""></o:p></span></div>
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