<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Rayyan,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You shouldn’t use the curly braces in your ontologies parameter that you send to BioPortal. The REST URL should look like:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/annotator?text=eye injury&ontologies=MEDDRA&longest_only=false&exclude_numbers=false&whole_word_only=true&exclude_synonyms=false&expand_class_hierarchy=true&class_hierarchy_max_level=3" class="">http://data.bioontology.org/annotator?text=eye%20injury&ontologies=MEDDRA&longest_only=false&exclude_numbers=false&whole_word_only=true&exclude_synonyms=false&expand_class_hierarchy=true&class_hierarchy_max_level=3</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You can simulate your query in our UI by pasting your text into the text field and selecting the other parameters you are interested in. Once your get the results back, you can see the REST API link at the bottom of the page under "<span style="color: rgb(33, 37, 41); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Roboto, "Helvetica Neue", Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: 13.3333px; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">To
 reproduce these results:"</span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/annotator" class="">http://bioportal.bioontology.org/annotator</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hope this helps!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 26, 2019, at 3:12 AM, Rayyan Aziz Ansari <<a href="mailto:r.ansari@se17.qmul.ac.uk" class="">r.ansari@se17.qmul.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class=""><span class="">Hi! With regard to my previous mail for the python api; This works:</span></span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class=""><span class=""><br class="">
</span></span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class=""><span class="">annotations = get_json(REST_URL + "/annotator?max_level=3&text=" + urllib.parse.quote(text_to_annotate))<br class="">
</span><span class=""></span><br class="">
</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class="">This line below does NOT (when i try to specify a particular ontology, for example: MEDDRA, I'm not sure if I'm putting the ontology id </span>correctly, or even where to find it):</div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class=""><br class="">
</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class="">annotations = get_json(REST_URL + "/annotator?max_level=3&ontologies={MEDDRA}&text=" + urllib.parse.quote(text_to_annotate))</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class=""><br class="">
</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class="">Please help, thanks,</span></div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span class="">Rayyan<br class="">
</span><span class=""></span><br class="">
</div>
<div id="appendonsend" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
</div>
<hr tabindex="-1" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; display: inline-block; width: 2249.09375px;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""></span>
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<font face="Calibri, sans-serif" style="font-size: 11pt;" class=""><b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Monday, March 25, 2019 10:27 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Rayyan Aziz Ansari<br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Python API - Specifying ontology ID</font>
<div class=""> </div>
</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
Just a quick tip (all I can manage this morning!): This 'line' is inserted as a segment of the original API query (generally this attributes are separated by &, as I recall. So whatever query you issued would have "&ontologies={...}" added to it.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If that doesn't unlock the problem for you, send the exact query you are using and someone will likely offer a more explicit answer.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 25, 2019, at 7:53 AM, Rayyan Aziz Ansari <<a href="mailto:r.ansari@se17.qmul.ac.uk" class="">r.ansari@se17.qmul.ac.uk</a>> wrote:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
P.S. Just as a follow up, I am trying to get a piece of text annotated, and am looking for particular (3 ontologies) ontologies only. I went through the API documentation where it describes ontology selection as follows:  </div>
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
ontologies={ontology_id1,ontology_id2..,ontology_idN}</div>
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
But I do not know where to put the above line in the sample python code. Can someone please help?</div>
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Thanks,</div>
<div class="" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Rayyan</div>
<div id="x_appendonsend" class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none;">
</div>
<hr tabindex="-1" class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; display: inline-block; width: 778.109375px;">
<span class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;"></span>
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none;">
<font face="Calibri, sans-serif" class="" style="font-size: 11pt;"><b class="">From:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>Rayyan Aziz Ansari<br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>Monday, March 25, 2019 4:02 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>;<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="x_Apple-converted-space"> </span>Python API - Specifying ontology ID<span class="x_Apple-converted-space"> </span></font>
<div class=""> </div>
</div>
<div dir="ltr" class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none;">
<div class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Hi, I am getting very long results when I do not specify the ontology ID (the sample python code does not specify the ID). I have tried to find a way to specify <span class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">a particular
 ontology id in the sample python code available on the website. But I could not figure it out successfully.</span></div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Could someone please help me with this? I've spent a lot of time on this.</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Thanks,</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Rayyan </div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
 </div>
</div>
<span class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">_______________________________________________</span><br class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none;">
<span class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">bioontology-support
 mailing list</span><br class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none;">
<span class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;"><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a></span><br class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none;">
<span class="" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;"><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a></span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>