<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Sina,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Yes, that wiki page is still valid. I looked at another installation of the virtual appliance, and the issues you reported below with the visualization software are present there as well. We’ve entered a couple of issues in our tracker so that
 we can look into it:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/virtual_appliance/issues/6" class="">https://github.com/ncbo/virtual_appliance/issues/6</a></div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/virtual_appliance/issues/7" class="">https://github.com/ncbo/virtual_appliance/issues/7</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 4, 2019, at 9:45 AM, John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
<div class=""><br class="">
<div class=""><b class="" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;"><span class="">From: </span></b><span class="" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;">"Madani, Sina" </span></div>
<div class=""><b class="" style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;">Date: </b><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">Tuesday, April 2, 2019 at 11:45 AM</span></div>
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class=""><b class="">Subject:<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Re: OntoPortal visualization module<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;">Hi, </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;">Is the content in this wiki page still valid for OntoPortal 2.5 and/or do we need to activate visualization module in our local version of OntoPortal? The “Menu” icon in visualization context that is mentioned in the
 page doesn’t seem to exist in the frame and “mapping neighborhood” always remain in the “connecting” mode without any result (for two very small local ontologies).  </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;"><a href="https://www.bioontology.org/wiki/Visualizing_Concepts_and_Mappings" class="" style="color: rgb(149, 79, 114);">https://www.bioontology.org/wiki/Visualizing_Concepts_and_Mappings</a></span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;">Thanks!</span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span class="" style="font-size: 11pt;">Sina</span></div>
<div class=""><span class="" style="font-size: 11pt;"><br class="">
</span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""><span id="cid:image001.png@01D4EADB.0357A540"><image001.png></span></span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
Apr 02, 2019 9:10:18 AM org.thechiselgroup.biomixer.client.core.util.task.LogErrorTaskExecutor execute<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
SEVERE: null<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
java.lang.NullPointerException<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at com.google.appengine.api.users.UserServiceImpl.isUserLoggedIn(UserServiceImpl.java:89)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.server.workbench.authentication.DefaultAuthenticationService.getAuthentication(DefaultAuthenticationService.java:39)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.server.workbench.authentication.AuthenticationServiceServlet$1.execute(AuthenticationServiceServlet.java:38)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.server.workbench.authentication.AuthenticationServiceServlet$1.execute(AuthenticationServiceServlet.java:1)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.client.core.util.task.DirectTaskExecutor.execute(DirectTaskExecutor.java:22)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.client.core.util.task.DelegatingTaskExecutor.execute(DelegatingTaskExecutor.java:29)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.client.core.util.task.LogErrorTaskExecutor.execute(LogErrorTaskExecutor.java:35)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.server.workbench.server.ChooselServiceServlet.execute(ChooselServiceServlet.java:37)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.thechiselgroup.biomixer.server.workbench.authentication.AuthenticationServiceServlet.getAuthentication(AuthenticationServiceServlet.java:35)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at com.google.gwt.user.server.rpc.RPC.invokeAndEncodeResponse(RPC.java:561)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at com.google.gwt.user.server.rpc.RemoteServiceServlet.processCall(RemoteServiceServlet.java:208)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at com.google.gwt.user.server.rpc.RemoteServiceServlet.processPost(RemoteServiceServlet.java:248)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at com.google.gwt.user.server.rpc.AbstractRemoteServiceServlet.doPost(AbstractRemoteServiceServlet.java:62)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:643)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:723)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:290)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:206)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:233)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:191)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:127)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke(ErrorReportValve.java:102)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 7.5pt; font-family: Helvetica;" class="">
<span class="apple-tab-span">               <span class="Apple-converted-space"> </span></span>at org.apache.catalina.core.StandardEngineVal<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>