<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Yuki,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I was able to reproduce the problem (“We’re sorry…”), and I know the exact cause. Unfortunately, this isn’t a trivial one, and deleting your ontology and simply re-creating it isn’t going to address it. All I can say at this point is we are looking
 for possible solutions. I’ll keep you posted. Thank you so much for your patience!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 11, 2019, at 2:06 AM, y-yamagata <<a href="mailto:y-yamagata@nibiohn.go.jp" class="">y-yamagata@nibiohn.go.jp</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Dear John and Michael,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for the correspondence.</div>
<div class=""><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/TXPO?p=classes" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/TXPO?p=classes</a></div>
<div class="">The display always shows  ’Problem retrieving classes’ or ‘We’re sorry, but something has gone wrong...', regardless of how much the cache is cleared. I tried it on Chrome and Opera or FireFox.</div>
<div class="">It has not changed since several months ago.</div>
<div class="">If possible, can you delete the acronym TXPO and all data of TXPO from the BioPortal server and can I register the acronym TXPO again?</div>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div class="">Best regards, </div>
<div class="">
<div class="">Yuki</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">2019/04/11 13:45、John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> のメール:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Yuki,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sorry for your remaining problems, thank you for providing those details. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">When I tried your first example (classes of TXPO), the first time I tried it I got a failure indicator. But when I refreshed the browser the problem went away. Perhaps there is a timeout before this succeeds; you may find clearing your cache helps. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Re the second question, I only see 5 ontologies, not including BAO, go-plus, Uber Anatomy. Since the log looks OK, this suggests an issue with one of the other ontologies may be interfering with the display, or possibly something else has happened.
 I'll have to let Misha dig into that for you. (@Misha, the API endpoint seems consistent with the following list; but did not let me view info for the TXPO ontology as a whole.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="zebra" id="mapping_count_table" width="100%" style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-collapse: collapse; color: rgb(33, 37, 41); font-family: -apple-system, system-ui, "Segoe UI", Roboto, "Helvetica Neue", Arial, sans-serif, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", "Segoe UI Symbol", "Noto Color Emoji"; font-size: 16px; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<tbody style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box;" class="">
<tr style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<td style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<a class="facebox" href="https://bioportal.bioontology.org/mappings/show/TXPO?target=http://data.bioontology.org/ontologies/GENO&height=600&width=800" title="Mappings for Toxic Process Ontology to Genotype Ontology" style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; color: rgb(0, 86, 179); background-color: transparent;">Genotype
 Ontology</a></td>
<td class="last" style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215); text-align: right;">
23</td>
</tr>
<tr style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<td style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<a class="facebox" href="https://bioportal.bioontology.org/mappings/show/TXPO?target=http://data.bioontology.org/ontologies/FLU&height=600&width=800" title="Mappings for Toxic Process Ontology to Influenza Ontology" style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; color: rgb(0, 123, 255); text-decoration: none; background-color: transparent;">Influenza
 Ontology</a></td>
<td class="last" style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215); text-align: right;">
60</td>
</tr>
<tr style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<td style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<a class="facebox" href="https://bioportal.bioontology.org/mappings/show/TXPO?target=http://data.bioontology.org/ontologies/ODNAE&height=600&width=800" title="Mappings for Toxic Process Ontology to Ontology of Drug Neuropathy Adverse Events" style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; color: rgb(0, 123, 255); text-decoration: none; background-color: transparent;">Ontology
 of Drug Neuropathy Adverse Events</a></td>
<td class="last" style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215); text-align: right;">
70</td>
</tr>
<tr style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<td style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<a class="facebox" href="https://bioportal.bioontology.org/mappings/show/TXPO?target=http://data.bioontology.org/ontologies/OGG&height=600&width=800" title="Mappings for Toxic Process Ontology to Ontology of Genes and Genomes" style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; color: rgb(0, 123, 255); text-decoration: none; background-color: transparent;">Ontology
 of Genes and Genomes</a></td>
<td class="last" style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215); text-align: right;">
1,246</td>
</tr>
<tr style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<td style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215);" class="">
<a class="facebox" href="https://bioportal.bioontology.org/mappings/show/TXPO?target=http://data.bioontology.org/ontologies/OHMI&height=600&width=800" title="Mappings for Toxic Process Ontology to Ontology of Host-Microbe Interactions" style="padding: 0px; margin: 0px; box-sizing: border-box; color: rgb(0, 123, 255); text-decoration: none; background-color: transparent;">Ontology
 of Host-Microbe Interactions</a></td>
<td class="last" style="padding: 6px 6px 6px 12px; margin: 0px; box-sizing: border-box; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(193, 218, 215); border-bottom-width: 1px; border-bottom-style: solid; border-bottom-color: rgb(193, 218, 215); text-align: right;">
33</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 10, 2019, at 7:07 PM, y-yamagata <<a href="mailto:y-yamagata@nibiohn.go.jp" class="">y-yamagata@nibiohn.go.jp</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word;">
<div class="">
<div class="">
<div class=""><br class="Apple-interchange-newline">
Hi Micahel,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sorry, but there are still problems.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">1. Class tab with the display.</div>
<div class="">I tried to clear my browser cache, log in again, and then I entered a URI<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/TXPO/?p=classes" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/TXPO/?p=classes</a>.
 However, my screen always shows ‘We ‘re sorry but something has gone wrong’</div>
<div class="">How is it displayed on your screen?</div>
<div class="">How can I display it correctly?</div>
<div class="">Curiously, it appears when I type in the URL of the term directly.</div>
<div class=""><a href="https://bioportal.bioontology.org/" class="">https://bioportal.bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>/ontologies/TXPO/?p=classes&conceptid=<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/txpo/TXPO_0001731" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/txpo/TXPO_0001731</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">2. Mapping</div>
<div class="">I reuse the term 'anatomical entity' in the UBERON ontology.</div>
<div class=""><a href="https://bioportal.bioontology.org/" class="">https://bioportal.bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>/ontologies/TXPO/?p=classes&conceptid=http://<a href="http://2fpurl.obolibrary.org%2fobo%2fuberon_0001062/" class="">purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0001062</a></div>
<div class="">The display shows: </div>
<div class="">Number of class mappings are 378.</div>
<div class="">Ontology mapping to Bio assay ontology, go-plus, Uber Anatomy Ontology etc.</div>
<div class="">However, in the mapping tab,  why is it not included UBERON, ?</div>
<div class="">Also, go-plus, Cell ontology, and so on, are not listed.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best regards, </div>
<div class="">Yuki</div>
</div>
<div class=""></div>
</div>
</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word;">
<div class="">
<div class=""></div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">2019/04/11 7:23、Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a>> のメール:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">Hi Yuki,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for contacting us again. This is no bother at all. Feel free to reach out to us anytime you have an issue or question related to BioPortal.  As far as TXPO, please accept our apologies, our ontology processing engine had been disabled
 for the last few days due to an issue, which is why your new version hasn’t gotten processed.  It has now been re-enabled, and your ontology has been re-processed. It is now correctly displayed in BioPortal. Hopefully, fixing this issue has addressed all of
 the problems below. If this is not the case, please let us know.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/TXPO?p=classes" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/TXPO?p=classes</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 9, 2019, at 7:13 PM, y-yamagata <<a href="mailto:y-yamagata@nibiohn.go.jp" class="">y-yamagata@nibiohn.go.jp</a>> wrote:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap: break-word;">
<div class=""><br class="">
<div class="">Hi, Michel,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I apologize for bothering you over and over again. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I prepared an English version of the TXPO ontology, and my colleague uploaded it (2019/04/08).</div>
<div class="">However, there are problems.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">1. Class tab</div>
<div class="">I tried to clear my browser (Chrome) cache, log in again, and see my page. </div>
<div class="">However, when I click the Classes tab, nothing is displayed except for the message "Problem retrieving classes.”</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Next, to try out a class (TXPO_1171) that I could see before, I entered the following address into the chrome address bar:</div>
<div class=""><a href="https://bioportal.bioontology.org/" class="">https://bioportal.bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>/ontologies/TXPO/?p=classes&conceptid=<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/txpo/TXPO_0001731" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/txpo/TXPO_0001731</a></div>
<div class="">As a result, the Japanese mixed version, which is the old version, is displayed.</div>
<div class="">How can I see the latest version?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">2. Other tabs</div>
<div class="">Also, the displays of other tabs are not the latest version. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I uploaded TXPO many times before, but it seems that the cache on the BioPortal server side is not cleared every time.</div>
<div class="">In the mapping tab, there are too few mapped numbers. It reflects the numbers from the old Japanese version. Many terms should be mapped to Gene ontology.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">3. Summary tab</div>
<div class=""> I cannot download 'beta1 with our Japanese version' that was uploaded in 04/08/2019 as CVS, RDF/XML, or Diff.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">The contents of TXPO are updated frequently. Therefore, we try to upload many times.<br class="">
But I feel uncomfortable to post to the mailing list "the display is not the latest version" many times.<br class="">
Can you suggest solutions to these problems so that we can always view the latest trees and mappings for TXPO?</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sincerely, </div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">Yuki Yamagata, Ph.D.</div>
<div class=""></div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
<span id="cid:0BA72A60DE59EF47821A0139F6184438@namprd02.prod.outlook.com" class=""><TXPO20190411.pptx></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632<br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>