<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Matt,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for your inquiry. We don’t have a document that details the algorithm that we use for our class search. It is relatively straightforward, however. We index a the following fields from each class:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">1. Term id (resource_id) </div>
<div class="">2. Preferred Label (prefLabel)</div>
<div class="">3. Synonyms (synonym)</div>
<div class="">4. Definition (definition)<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">
</span></div>
<div class="">5. Ontology Acronym (submissionAcronym)</div>
<div class="">6. Notation (notation - last fragment of id)</div>
<div class="">7. CUI (cui - for UMLS ontologies)</div>
<div class="">8. Semantic types (semanticType)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The rest of the fields are indexed as a bulk in a field called “property”. You can view our index schema here:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/blob/master/config/solr/term_search/schema.xml#L131" class="">https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/blob/master/config/solr/term_search/schema.xml#L131</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The search is performed on the fields above, using match ranking in the following order or priority:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">id </div>
<div class="">prefLabelExact (match on the full pref label) </div>
<div class="">prefLabel (match on partial pref label)</div>
<div class="">synonymExact (match on the full synonym(s))</div>
<div class="">synonym (match on the partial synonym(s))</div>
<div class="">notation (last fragment of id)</div>
<div class="">cui (for UMLS ontologies)</div>
<div class="">semantic_types</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You can refer to this code for the exact algorithm:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/ncbo/ontologies_api/blob/master/helpers/search_helper.rb#L105" class="">https://github.com/ncbo/ontologies_api/blob/master/helpers/search_helper.rb#L105</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="">The instructions for getting a BioPortal API key are found on our Wiki:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://www.bioontology.org/wiki/BioPortal_Help#Getting_an_API_key" class="">https://www.bioontology.org/wiki/BioPortal_Help#Getting_an_API_key</a> </div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hope this helps! Feel free to reach out if you have further questions.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">----------------------------------------------------<br class="">
Michael Dorf<br class="">
Chief Software Architect<br class="">
The National Center for Biomedical Ontology<br class="">
Stanford Biomedical Informatics Research<br class="">
<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a><br class="">
O: 650-723-0357<br class="">
M: 650-995-4374<br class="">
----------------------------------------------------</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 3, 2019, at 6:17 PM, Matthew Johnson <<a href="mailto:johnsm21@rpi.edu" class="">johnsm21@rpi.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class="">Hello,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class="">I’m interested in learning a bit more about your class search algorithm, is there any documentation available that you could share. I’m also interested in potentially getting an api key to make direct calls, what’s the
 process involved in that?<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class="">Thank You,<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class="">Matt<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>