<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Sergiu,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The <a href="http://data.bioontology.org/submissions" class="">data.bioontology.org/submissions</a> endpoint is undocumented in our public facing REST API documentation [1] because we don’t recommend its usage. BioPortal has over 1,000 ontologies,
 some of which have large numbers of submission objects, e.g., the GO ontology is up to 1,469 submissions. The endpoint isn’t performant, and is only used for internal debugging purposes.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">To access a complete list of the ontologies in BioPortal, please use the ontologies endpoint: <a href="http://data.bioontology.org/ontologies" class="">http://data.bioontology.org/ontologies</a>. If you want to retrieve all of the submissions
 for a particular ontology, you would use the pattern /ontologies/:acronym/submissions, e.g.: <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/BRO/submissions" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/BRO/submissions</a>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">There are some ontologies in BioPortal that have licensing restrictions imposed by the authors / maintainers that disallow downloads of the ontology source files. For example, you can access the classes for the SNOMEDCT ontology using the /classes
 endpoint (<span style="color: rgb(80, 80, 80); font-family: OpenSans, Helvetica, Arial, sans-serif; orphans: 2; white-space: pre-wrap; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/classes</a></span>),
 but the /download endpoint (<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/download" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT/download</a>) results in a 403 Forbidden error. There are no properties on a submission object that would
 allow you to check whether or not it’s downloadable - in these cases you would need to handle the 403 error in your code.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">[1] <a href="http://data.bioontology.org/documentation#nav_home" class="">http://data.bioontology.org/documentation#nav_home</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 12, 2019, at 12:29 PM, Sergiu Dumitriu <<a href="mailto:sergiu@phenotips.org" class="">sergiu@phenotips.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">Although they are listed in <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/" class="">
http://data.bioontology.org/ontologies/</a> and<br class="">
<a href="http://data.bioontology.org/submissions/" class="">http://data.bioontology.org/submissions/</a>, some ontologies return a 403<br class="">
Frobidden status when trying to access them directly, such as FC, SBRO,<br class="">
VICRA and I'm sure many others.<br class="">
<br class="">
- Is there a reason for this denial?<br class="">
- Is there a way to gain access to them?<br class="">
- Is there a way to identify which ontologies are accessible from other<br class="">
resources listing them, such as the list of ontologies or the list of<br class="">
submissions?<br class="">
<br class="">
Thank you,<br class="">
Sergiu Dumitriu<br class="">
<a href="http://purl.org/net/sergiu" class="">http://purl.org/net/sergiu</a><br class="">
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
bioontology-support@lists.stanford.edu<br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>