<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Vinod,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for contacting us. Please see my answers inline below:</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 23, 2019, at 1:49 PM, Vinod Himatsinghani <<a href="mailto:vh@jade-biz.com" class="">vh@jade-biz.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I wanted help on the following items. A quick response would be appreciated:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
1. I found following API to get the data specific to CPT ontology class information.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
             <span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FCPT%2F59850" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FCPT%2F59850</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="http://purl.bioontology.org/ontology/CPT/59850" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">http://purl.bioontology.org/ontology/CPT/59850</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
              Here 59950 is the CPT code (or "notation" as shown in the data)<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
              When I use header "Accept" as application/json I do not see the data that we see in Bioportal.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
              When I use remove the header "Accept, I get the data in HTML form that has all data shown in Bioportal.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
              Is there any other API to get the complete information in JSON form? Am I missing anything? How can I get the data in following form?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div>Trying using the parameter “display=all” in your API call. You should be able to see the full term info:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes/http://purl.bioontology.org/ontology/CPT/59850?display=all" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes/http%3A%2F%2Fpurl.bioontology.org%2Fontology%2FCPT%2F59850?display=all</a></div>
<div><br class="">
</div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
2. I am accessing CPT ontology, for different codes the data I get has different number of fields. In some cases some fields are missing. Is there a way to find the superset of the possible fields for the CPT ontology.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div>You should be able to get that info using the Properties service. This will give you a list of all possible properties that the ontology contains. Some terms, as you noticed, have don’t have ALL properties populated:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/properties?display=all" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/properties?display=all</a></div>
<div><br class="">
</div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
3. Is there a way to know the cardinality of specific field. for example "CUI", "Inverse of SIB" fields may have multiple items. Though the JSON example shown has "Citation" field with one item, for some other CPT code "Citation" field may have more items,
 etc, Is there any documentation that has information on the info structure?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div>The short answer is: it’s safe to assume that all these fields are arrays. They may contain a single or multiple values depending on the term, but the cardinality is always >= 1.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>A bit longer answer is BioPortal accepts ontologies in multiple different formats including OBO, OWL, and SKOS. When the system consumes an ontology, we have a set of eight “BioPortal standard properties" that we attempt to populate for each class, regardless
 of ontology format. The set of standard properties are:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>ID</div>
<div>Preferred Name</div>
<div>Synonyms</div>
<div>Definitions</div>
<div>CUI</div>
<div>Semantic Types</div>
<div>Obsolete</div>
<div>Parents</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Some of these, like ID,  Preferred Name and Obsolete have a single value. All others are multiples. So are the individual properties defined within the ontology.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Hope this helps!</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Michael</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>----------------------------------------------------<br class="">
Michael Dorf<br class="">
Chief Software Architect<br class="">
The National Center for Biomedical Ontology<br class="">
Stanford Biomedical Informatics Research<br class="">
<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a><br class="">
O: 650-723-0357<br class="">
M: 650-995-4374<br class="">
----------------------------------------------------</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Vinod Himatsinghani<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
(848) 250-9195<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
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