<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Maria,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I looked at one example in BioPortal from the list of fields that you gave below. I chose the "alpha-1-acid glycoprotein 1” class from your DINTO ontology:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/DINTO/?p=classes&conceptid=http://purl.obolibrary.org/obo/dinto_3582&jump_to_nav=true" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/DINTO/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2Fdinto_3582&jump_to_nav=true</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">… that uses “has substrate”. The “has substrate” field is populated with 14 values in the BioPortal user interface:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""> </div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="FAB355BC-5FE7-41E1-B880-4DC7BC520421" src="cid:76E891F5-138D-4632-99ED-49565669E836@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I double checked this against the contents of the CSV file that we generated. To follow is a screen shot from Excel where the line for the above class is shown. The column for has_substrate does contain all 14 values (separated by the pipe character)
 of class IDs that were used to populate this field:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="E95DD4C6-FAC2-4DD9-8EB4-4EE16E516F84" src="cid:1EF08DC2-6F0C-4283-B8AE-97F3B30EAD55@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It appears in this case the the CSV content matches what BioPortal serves, both in the user interface and via our REST API [1]. Could you provide us with a specific example of a class where you’ve detected empty fields that you think are incorrect?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">[1] <a href="http://data.bioontology.org/ontologies/DINTO/classes/http://purl.obolibrary.org/obo/dinto_3582?include=prefLabel,properties&display_links=false&display_context=false" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/DINTO/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2Fdinto_3582?include=prefLabel,properties&display_links=false&display_context=false</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 30, 2019, at 7:13 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: Maria Herrero </p>
<p class=""><a href="mailto:maria@ebi.ac.uk" class="">Email: maria@ebi.ac.uk</a> </p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fontologies%2FDINTO
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">Dear colleagues, <br class="">
<br class="">
Thank you very much for publishing our ontology DINTO on your website and making it available for the public.
<br class="">
We have been recently using the CSV file that you published in BioPortal for our latest version DINTO 1.3. to load a graph database, in which we have also implemented some rules for the inference of new relationships (unknown DDIs) between entities.
<br class="">
This CSV version of the ontology is very useful, however, during the process we observed that some fields in the CSV are empty. They are very important for our project and we would like to know if it would be possible for you to look into the reason for these
 fields to be missing. In particular, we really need the following fields: </p>
<p class="">carries <br class="">
facilitates <br class="">
has DDI effect <br class="">
has participant <br class="">
has substrate <br class="">
impairs <br class="">
is carried by <br class="">
is DDI effect of <br class="">
is facilitated by <br class="">
is impaired by <br class="">
is participant in</p>
<p class="">We would really appreciate if you could help us with this by creating a new CSV from DINTO 1.3 with values for these fields.</p>
<p class="">Kind regards, <br class="">
Maria Herrero <br class="">
<a href="mailto:maria@ebi.ac.uk" class="">maria@ebi.ac.uk</a> <br class="">
<a href="mailto:maria.herrero@kcl.ac.uk" class="">maria.herrero@kcl.ac.uk</a> </p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>