<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Juliusz,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks again for you patience with this issue. It took some additional investigating and re-processing on our end, but DRON search index is now fully functional. If you now search for the term “prednisolone”, the expected plain result appears
 as the first hit. Again, appreciate your valuable report. Feel free to let us know if anything is still amiss.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Dec 4, 2019, at 4:24 PM, Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Juliusz,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for providing additional detail on your issue. I was able to reproduce this behavior on my end. The term “prednisolone” does exist in the ontology, but it has not been picked up by our search index.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/DRON/?p=classes&conceptid=http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_8378&jump_to_nav=true" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/DRON/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FCHEBI_8378&jump_to_nav=true</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am going to re-process DRON to allow the indexing job to complete fully. Unfortunately, this is a sizable ontology with over 1/2 a million terms, so the indexing may take some time. I’ll keep you posted on the results.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Appreciate your patience with this!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
----------------------------------------------------<br class="">
Michael Dorf<br class="">
Chief Software Architect<br class="">
The National Center for Biomedical Ontology<br class="">
Stanford Biomedical Informatics Research<br class="">
<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a><br class="">
O: 650-723-0357<br class="">
M: 650-995-4374<br class="">
----------------------------------------------------</div>
</div>
</div>
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Dec 4, 2019, at 12:02 PM, John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
forwarding to the list so the team can respond.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'll just briefly offer that we can't control how REDCap uses BioPortal, though we (or you) can raise questions with them. But this tip will help us appreciate possible avenues of investigation.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">Begin forwarded message:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">From:
</b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">Subject:
</b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">Re: [bioontology-support] Ontology Mappings Issue</b><br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">Date:
</b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class="">December 4, 2019 at 1:23:45 AM PST<br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;" class="">
<span style="font-family: -webkit-system-font, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;" class=""><b class="">To:
</b></span><span style="font-family: -webkit-system-font, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif;" class="">"John Graybeal" <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><br class="">
</span></div>
<br class="">
<div class="">
<div data-html-editor-font-wrapper="true" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px;" class="">
Hi John,<br class="">
<br class="">
Thank you for your email.<br class="">
When I go to:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/DRON/" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/DRON/</a><br class="">
click on the Classes and start looking for: prednisolone<br class="">
I will see list of results, see attached but none of them is plain prednisolone.<br class="">
<br class="">
We are using REDCap with BioPortal as a source for ontology and pulling the same results as from the above URL.<br class="">
That wasn't the case before, we had plain prednisolone as a result.<br class="">
I've checked DRON and mapped CHEBI ontologies and there was no change to prednisolone<br class="">
so my guess is that BioPortal must've changed something internally?<br class="">
<br class="">
Best Regardcs,<br class="">
Juliusz<br class="">
<br class="">
<br class="">
December 4, 2019 4:24 AM, "John Graybeal" <<a target="_blank" tabindex="-1" href="mailto:jgraybeal@stanford.edu?to=%22John%20Graybeal%22%20%3Cjgraybeal@stanford.edu%3E" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:<br class="">
<blockquote class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello,
<div class=""></div>
<div class="">Thank you for your inquiry. Can you tell us, how exactly are you (were you) performing the search?</div>
<div class=""></div>
<div class="">When I perform the search from the Search page and restrict it to the DRON ontology (see image), I see one primary match, and 51 other matches that have prednisolone in the name; they appear to be from the DRON ontology. This is what I would expect
 to see, but I may not fully understand your use case.</div>
<div class=""></div>
<div class="">We would need to see an example of your previous search and search results to have the best chance to diagnose the change in behavior. It may be that previous versions of the ontology contained an exact match (the 'plain result' to which you refer),
 but no long have it in the ontology.</div>
<div class=""></div>
<div class="">John</div>
<div class=""></div>
<div class=""></div>
<div class=""><span id="cid:C1C33EA7-759C-41E5-BA9A-1C790D1A5783@attlocal.net" class=""><Screen Shot 2019-12-03 at 8.14.42 PM.png></span>
<div class=""><br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Dec 3, 2019, at 8:14 AM,<span class="Apple-converted-space"> </span><a rel="external nofollow noopener noreferrer" target="_blank" tabindex="-1" href="mailto:filipowj@tchpc.tcd.ie" class="">filipowj@tchpc.tcd.ie</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px;" class="">Hi,<br class="">
<br class="">
We seem to have an issue with cross referenced ontologies, it appears that something has changed internally in Bioportal.<br class="">
When we search for: prednisolone in DRON ontology<br class="">
a plain result should appear (prednisolone), I believe that result was coming from mapped ontology called: Chemical Entities of Biological Interest Ontology (CHEBI)<br class="">
<br class="">
Bioportal used to bring back a plain result, that is: prednisolone, now this behaviour has changed, we can see other options like (e.g. enema, injectable solution etc.)<br class="">
.<br class="">
Could you please investigate that for us?<br class="">
<br class="">
Best regards,<br class="">
J.<br class="">
<br class="">
<signature class=""></signature></div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a rel="external nofollow noopener noreferrer" target="_blank" tabindex="-1" href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632 | ORCID 0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br class="">
<br class="">
<signature class=""></signature></div>
<span id="cid:CEEB87EE-7D03-4F47-8536-45D8B1601B62@stanford.edu" class=""><Screenshot 2019-12-04 at 09.16.15.png></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>