<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
building upon an earlier query from today "term mapping experience in BioPortal appliance"</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
I have an AWS Bioportal Appliance, with 1) <span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">LOINC  loaded, parsed, indexed, etc. 2) </span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">the
 cell ontology uploaded (but nothing else has happened in 5 hours)</span></div>
<div style="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
I have been able to p<span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">ull keys from Redis and </span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">browse
 Solr</span></div>
<div style="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br>
</div>
<div style=""><font color="#000000" face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12pt;">HOWEVER: 1) </span></font><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">Although I can
 connect to MySQL, the </span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: inherit; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-caps: inherit; font-weight: inherit;">bioportal_ui</span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
 database doesn't seem to have any tables 2) Although </span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">I can submit a query to 4store via the web interface</span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> at </span><a href="http://52.87.183.221:8081/test/" id="LPlnk925560" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">http://server.address:8081/test/</a><font color="#000000" face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12pt;">, 
 I can't figure how to submit queries programatically. I would like to use R's SPARQL </span>library<span style="font-size: 12pt;"> or CURL, but even the built in query command
</span>gives<span style="font-size: 12pt;"> an error. Is there some kind of </span>
client<span style="font-size: 12pt;"> locking? I have years of experience with Virtuoso, GraphDB, Stardog and Blazegraph, but I know nothing about 4store.</span></font></div>
<div style=""><font color="#000000" face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12pt;"><span><br>
</span></span></font></div>
<div style=""><font color="#000000" face="Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif"><span style="font-size: 12pt;"><span>$ 4s-query ontologies_api
<br>
</span>
<div>4s-client.c:309 kb=ontologies_api waiting for lock on segment 0 on 127.0.0.1 port 6734<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>thanks!</div>
<div>Mark</div>
<div><br>
</div>
<span></span></span></font></div>
</div>
</div>
</body>
</html>