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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thanks, John. That’s a great response.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I guess my two follow-up questions at this point are:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><span style="mso-list:Ignore">1.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">      
</span></span></span><![endif]><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">How can I programmatically/remotely issue a SPARQL query to 4store? I posted a second email on the 19<sup>th</sup> that describes an error I’m experiencing.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><span style="mso-list:Ignore">2.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">      
</span></span></span><![endif]><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">What general diagnosing steps should I take when an ontology appears as uploaded but not parsed, indeed, etc. even after several days (with 0% CPU utilization
 most of that time)? Similarly, what should I do when I get the “there was a problem and we have been notified” message (roughly speaking). Are there any temp directories or logs that I should turn towards first?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thanks again, and happy holidays.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">-Mark<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> John Graybeal [mailto:jgraybeal@stanford.edu]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, December 19, 2019 1:58 AM<br>
<b>To:</b> Miller, Mark <markampa@pennmedicine.upenn.edu><br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> [External] Re: [bioontology-support] term mapping experience in BioPortal appliance<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Mark, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for this question. I believe this represents a complete answer, but our team might refine it once they see it.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The mapping process involves a number of intermediate steps, and the mapping information is preserved in the triple store using intermediate data. So you can not get "the mappings" in a directly downloadable way.  <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In BioPortal and the Virtual Appliance, the 'intermediate data' for mappings are generated as soon as the ontology is received and parsed, You can find the .ttl files containing intermediate triples in the ontology submission folder; these
 triples are submitted to 4store. 4store is then queried to satisfy user requests for mappings. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">So you can likewise access the mappings with the right queries to 4store, but before you do so, be aware of the reason for storing the data in an intermediate format. In BioPortal, there is a lot of re-use of ontologies and terms (particularly
 acute in Views (ontologies that are subsets of other ontologies), and in reference ontologies like NCIT).  So there are a very large number of combinations of mappings. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">For example, imagine there are 100 terms labelled "Heart Disease" (actually there are 174)—every term is mapped to 99 other terms (and for obscure reasons to itself), so there would be 10,000 mappings for that one term if all of them were
 explicitly stated. Instead we map all 100 terms to a string representation ("heartdisease"), and than instantiate the necessary mappings for users when they are requested. Considering BioPortal has 10 million terms, the number of opportunities for these to
 similarly multiply are significant. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I'll leave it there for now, we can provide more specific details if you need that after you've looked at the TTL files.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Dec 17, 2019, at 11:07 AM, Miller, Mark <<a href="mailto:markampa@pennmedicine.upenn.edu">markampa@pennmedicine.upenn.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I really like the BioPortal in general and especially the term mapper. I'd like to retrieve a large number of mappings on a frequent basis, so I was thinking of doing that
 in the AWS appliance.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I see that mappings were generated for two ontologies I loaded into an AWS instance some time ago, but I don’t think I could find the crontab entry that triggered it. I had
 poked around in /etc/crontab and /etc/anacrontab<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Once the mappings are created, can I retrieve them through any route other than the REST API, since I’ll be logged directly into the Bioportal Appliance? Like via Solr, Redis
 or 4store?<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Mark<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
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<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">======================== <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">John Graybeal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Technical Program Manager<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
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