<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Trevor,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am assuming you mean iterate over classes for a given ontology (parsing an ontology is an internal process and isn’t available via the REST service). To iterate over an ontology, you can call the “classes endpoint”, paging through the classes
 as you perform your custom logic on them. For example:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes?page=1" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes?page=1</a></div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes?page=2" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/CPT/classes?page=2</a> </div>
<div class="">etc…until you get to the last page.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hope this helps.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 7, 2020, at 1:46 PM, Rempel, Trevor <<a href="mailto:Trevor.Rempel@Point72.com" class="">Trevor.Rempel@Point72.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello Michael,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks for getting back to me. I have been able to get an API key and have been looking through the API documentation, although I am having a bit of trouble trying to parse through a given ontology. Suppose I wanted to parse out the CPT ontology, how would
 I approach that?<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Best,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Trevor<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Friday, February 7, 2020 4:44 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Rempel, Trevor <<a href="mailto:Trevor.Rempel@Point72.com" class="">Trevor.Rempel@Point72.com</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>; Data Compliance <<a href="mailto:DataCompliance@Point72.com" class="">DataCompliance@Point72.com</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] API Access<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Trevor,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
To access our REST API, you’ll need an API key. The instructions for getting an API key are found on the BioPortal wiki:<o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="https://urldefense.com/v3/__https:/www.bioontology.org/wiki/index.php/BioPortal_Help*Getting_an_API_key__;Iw!!K_TC0FI_KA!_QR7XlL9X9UqOQa2mwnPELy0BUK6xEx2mVk2w6IrLOgljvURrx79Aowe0cbg0LFEbo76TQ$" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://www.bioontology.org/wiki/index.php/BioPortal_Help#Getting_an_API_key</a> <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Our REST API documentation is located here:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="https://urldefense.com/v3/__http:/data.bioontology.org/documentation__;!!K_TC0FI_KA!_QR7XlL9X9UqOQa2mwnPELy0BUK6xEx2mVk2w6IrLOgljvURrx79Aowe0cbg0LHkOxABzQ$" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org/documentation</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thanks,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Michael<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<br class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On Feb 6, 2020, at 3:43 PM, Rempel, Trevor <<a href="mailto:Trevor.Rempel@Point72.com" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">Trevor.Rempel@Point72.com</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hello,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I was wondering if I could get access to your REST API? Thanks!<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Best,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Trevor<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-align: center;">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">
<hr size="2" width="100%" align="center" class="">
</span></div>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Arial, sans-serif; color: gray;" class=""><br class="">
<br class="">
<br class="">
DISCLAIMER: This e-mail message and any attachments are intended solely for the use of the individual or entity to which it is addressed and may contain information that is confidential or legally privileged. If you are not the intended recipient, you are hereby
 notified that any dissemination, distribution, copying or other use of this message or its attachments is strictly prohibited. If you have received this message in error, please notify the sender immediately and permanently delete this message and any attachments.<br class="">
<br class="">
<br class="">
</span><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><o:p class=""></o:p></span></p>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://urldefense.com/v3/__https:/mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support__;!!K_TC0FI_KA!_QR7XlL9X9UqOQa2mwnPELy0BUK6xEx2mVk2w6IrLOgljvURrx79Aowe0cbg0LFOnkPH9g$" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a></div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
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