<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
One more thing to note here - I went ahead and entered an issue in their GitHub tracker to see if they can give us an updated pull URL:
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/FlyBase/flybase-controlled-vocabulary/issues/98" class="">https://github.com/FlyBase/flybase-controlled-vocabulary/issues/98</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 7, 2020, at 3:48 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Jahoon,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I looked at the ontology you mentioned below (FB-CV). It appears that it's configured in our production system to pull new versions from this URL:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/fbcv/dpo.owl" class="">http://purl.obolibrary.org/obo/fbcv/dpo.owl</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">However, this URL is no longer valid (results in a 404 error). This is why you see an error message in the parsing log file about “no file in the upload file path”. You could try contacting the ontology author to see if they have an updated URL
 for pulling new versions. Their contact information is available on the ontology summary page: <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/FB-CV" class="">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/FB-CV</a>. Alternatively, if you want to get this
 ontology into your appliance quickly, you could manually download the OWL file from our production site and upload it via your appliance UI.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I also noticed a GitHub repository that appears to be related:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/FlyBase/flybase-controlled-vocabulary" class="">https://github.com/FlyBase/flybase-controlled-vocabulary</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It’s unclear to me which of their ontology entries maps to the dpo.owl file they originally entered in BioPortal.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you can provide more specifics about the other ontologies you’re having trouble with, we can try to help further.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 7, 2020, at 3:02 PM, Koo, Jahoon <<a href="mailto:JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU" class="">JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi BioPortal,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
This is Jahoon, a student worker from Health Data Compass.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have installed the virtual appliance and tried to migrate ontologies from BioPortal to the VM using the Ruby script provided.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
It seems like many ontologies migrated have missing classes. On the UI, they have “no submission available”.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have checked if my ontologies have fully parsed in the virtual appliance by following the instruction on your wiki:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<a href="https://www.bioontology.org/wiki/Virtual_Appliance_FAQ#How_do_I_know_if_an_ontology_has_parsed.3F" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline;" class="">https://www.bioontology.org/wiki/Virtual_Appliance_FAQ#How_do_I_know_if_an_ontology_has_parsed.3F</a><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am currently using this URL:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://{your_appliance_ip_or_domain_name}:8080/ontologies/%7bontology_acronym%7d/latest_submission?include=all" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline;" class="">http://{your_appliance_ip_or_domain_name}:8080/ontologies/{ontology_acronym}/latest_submission?include=all</a><span class="Apple-converted-space"> </span>to
 check parsing status.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have migrated FB-CV ontology, and the submission status of FB-CV ontology is “Uploaded” at the REST service. However, when I click any other links, such as properties, classes, single class, etc, it has an error below.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 24pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -0.25in;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;" class=""><span class="">·<span style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-stretch: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: "Times New Roman";" class="">       <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><b class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">errors"</span></b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">:
 [<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 48pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -0.25in;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span class="">o<span style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-stretch: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: "Times New Roman";" class="">  <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New"; color: green;" class="">"Ontology
 FB-CV submission not found."</span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 24pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">],<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt 24pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -0.25in;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;" class=""><span class="">·<span style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-stretch: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: "Times New Roman";" class="">       <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span></span><b class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">"status"</span></b><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class="">:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New"; color: blue;" class="">404</span><span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Courier New";" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have cleared the memcached-based UI cache, but it wasn’t helpful.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I also have checked parsing.log file in /srv/ncbo/repository/{ontology acronym}. It says,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
“Starting to process<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://data.bioontology.org/" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline;" class="">http://data.bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>/ontologies/FB-CV/submissions/8”<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
“Pull location found, but no file in the upload file path”<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
What should I do to fix this migration issue?<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Respectfully,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Jahoon<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>