<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
hi Krys,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">As we discussed offline, we know we can't upload ontologies above a certain size (not yet quantified, but for sure above 2 GB). </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Let's continue to discuss a strategy for troubleshooting this off-line—I think a test with BiblioPortal may be useful.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 7, 2020, at 12:51 PM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: kkochut </p>
<p class=""><a href="mailto:kkochut@uga.edu" class="">Email: kkochut@uga.edu</a> </p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Faccount
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">Hello,</p>
<p class="">I created a summary page for a new ontology submission without any problems. It is a Protein Kinase Ontology (PROKINO). However, I am having problems uploading the OWL file. The ontology includes many individuals and the serialized OWL file is quite
 large (about 2.9 GB). </p>
<p class="">After failing a couple of times while using the Web browser-based submission form, I tried a command line on a Linux system using the cURL command. It also failed with the following result:</p>
<p class="">413 Request Entity Too Large</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<h1 class="">413 Request Entity Too Large</h1>
<br class="">
<hr class="">
nginx/1.16.1
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<p class="">I was executing a POST request (using curl) on the resource /ontologies/PROKINO/submissions, using the -T option and I specified the "chunked" encoding. However, the upload failed after uploading nearly 37% of the file.
<br class="">
Is there an alternative way to upload this ontology? <br class="">
Thank you. </p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>