<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Manuel, I'm seeing 5 countries as the classes and 5 properties, and several class mappings for each class.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you use the Developer view on your browser (CMD-OPTION-I for MacOS Chrome) you can hold down the reload button to clear your local cache, that may do the trick.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">john<br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 4, 2020, at 3:49 PM, Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" class="">manuel.fiorelli@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<div class="">Hi Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I made a new submission this afternoon, which should contain the triples with the predicate<span class="Apple-converted-space"> </span><i class="">hasTopConcept</i>.<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I can fetch roots with the REST API:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots" class="">https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">but still the user interfaces produces an error. I hope that this is an issue with caching. I will try again in the next few days.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Regards</div>
<div class="">Manuel<br class="">
</div>
</div>
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<div class="gmail_quote" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mer 4 mar 2020 alle ore 00:57 Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> ha scritto:<br class="">
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div style="overflow-wrap: break-word;" class="">Hello Manuel,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 3, 2020, at 8:25 AM, Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" target="_blank" class="">manuel.fiorelli@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">Hi Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">thank you very much for the time that you spent on my request for support. I was aware of the limitation regarding the assignment of SKOS concepts to schemes; consequently, I added the "inverse" statements, which unfortunately were written at
 the end of the submission in a separate<span class="Apple-converted-space"> </span><i class="">rdf:Description</i>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span style="font-family: monospace;" class=""><rdf:Description rdf:about="<a href="http://example.org/conceptScheme_07199b34" target="_blank" class="">http://example.org/conceptScheme_07199b34</a>"><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_48989b6a" target="_blank" class="">http://example.org/c_48989b6a</a>"/><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_e17f8367" target="_blank" class="">http://example.org/c_e17f8367</a>"/><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4b2068df" target="_blank" class="">http://example.org/c_4b2068df</a>"/><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4e52523a" target="_blank" class="">http://example.org/c_4e52523a</a>"/><br class="">
  <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_968694e7" target="_blank" class="">http://example.org/c_968694e7</a>"/><br class="">
</rdf:Description></span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The motivation of this "strange" serialization is that it was generated automatically without enabling the pretty print routines. Do you think that this might explain why root classes aren't found.<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">When I investigated your problem report, I downloaded the file that was associated with your latest submission (the 6th file that you uploaded that is marked as version “1000” in the user interface). That source file doesn’t contain any of the
 hasTopConcept properties that you list above.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">After reading this follow-up message from you, I downloaded one of your previous submissions (the 5th file that you uploaded). In that source file, I do see these hasTopConcept properties. It shouldn’t matter that they are listed at the end of
 your file in a separate rdf:Description. I went ahead and uploaded this source file to our staging environment (this is a private instance that we use internally for testing), and I can confirm that BioPortal properly detected the root classes and the 404
 error no longer appears in the user interface:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:170a7f174ba1d916d701"><Screenshot 2020-03-03 15.46.09.png></span> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Here is the REST call to retrieve the roots that no longer returns an empty set:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:170a7f174bb82ba90ef2"><Screenshot 2020-03-03 15.53.59.png></span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you would like to upload a new version of your source file with these hasTopConcept properties, you should be able to successfully see the class tree in the user interface. One thing to note is that BioPortal has several caches in place for
 performance reasons. When you upload a new submission, the new data may not appear immediately.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">--<span class="Apple-converted-space"> </span></span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<div dir="ltr" class="gmail_signature" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
Manuel Fiorelli</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">bioontology-support
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Begin forwarded message:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite" class="">
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 35.7px; text-indent: -35.7px" class=""><font face="Helvetica Neue" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px 'Helvetica Neue'; color: #000000" class="">From: Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" class="">manuel.fiorelli@gmail.com</a>></font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 50.0px; text-indent: -50.0px" class=""><font face="Helvetica Neue" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px 'Helvetica Neue'; color: #000000" class="">Subject: Re: [bioontology-support] Problems with root concepts in
 a SKOS ontology</font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 33.4px; text-indent: -33.4px" class=""><font face="Helvetica Neue" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px 'Helvetica Neue'; color: #000000" class="">Date: March 4, 2020 at 3:49:46 PM PST</font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 20.5px; text-indent: -20.5px" class=""><font face="Helvetica Neue" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px 'Helvetica Neue'; color: #000000" class="">To: Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>></font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 22.3px; text-indent: -22.3px" class=""><font face="Helvetica Neue" size="3" color="#000000" style="font: 12.0px 'Helvetica Neue'; color: #000000" class="">Cc: "<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>"
 <<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>></font></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; min-height: 14.0px" class=""><br class="">
</p>
</blockquote>
<blockquote type="cite" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">Hi Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I made a new submission this afternoon, which should contain the triples with the predicate
<i class="">hasTopConcept</i>. <br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I can fetch roots with the REST API:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots" class="">https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">but still the user interfaces produces an error. I hope that this is an issue with caching. I will try again in the next few days.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Regards</div>
<div class="">Manuel<br class="">
</div>
</div>
<br class="">
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mer 4 mar 2020 alle ore 00:57 Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> ha scritto:<br class="">
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div style="overflow-wrap: break-word;" class="">Hello Manuel,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 3, 2020, at 8:25 AM, Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" target="_blank" class="">manuel.fiorelli@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">Hi Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">thank you very much for the time that you spent on my request for support. I was aware of the limitation regarding the assignment of SKOS concepts to schemes; consequently, I added the "inverse" statements, which unfortunately were written at
 the end of the submission in a separate <i class="">rdf:Description</i>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span style="font-family:monospace" class=""><rdf:Description rdf:about="<a href="http://example.org/conceptScheme_07199b34" target="_blank" class="">http://example.org/conceptScheme_07199b34</a>"><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_48989b6a" target="_blank" class="">http://example.org/c_48989b6a</a>"/><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_e17f8367" target="_blank" class="">http://example.org/c_e17f8367</a>"/><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4b2068df" target="_blank" class="">http://example.org/c_4b2068df</a>"/><br class="">
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4e52523a" target="_blank" class="">http://example.org/c_4e52523a</a>"/><br class="">
  <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_968694e7" target="_blank" class="">http://example.org/c_968694e7</a>"/><br class="">
</rdf:Description></span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The motivation of this "strange" serialization is that it was generated automatically without enabling the pretty print routines. Do you think that this might explain why root classes aren't found.<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">When I investigated your problem report, I downloaded the file that was associated with your latest submission (the 6th file that you uploaded that is marked as version “1000” in the user interface). That source file doesn’t contain any of the
 hasTopConcept properties that you list above.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">After reading this follow-up message from you, I downloaded one of your previous submissions (the 5th file that you uploaded). In that source file, I do see these hasTopConcept properties. It shouldn’t matter that they are listed at the end of
 your file in a separate rdf:Description. I went ahead and uploaded this source file to our staging environment (this is a private instance that we use internally for testing), and I can confirm that BioPortal properly detected the root classes and the 404
 error no longer appears in the user interface:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img id="gmail-m_19588109861423170574CEABB67-B6DF-42E9-9AE7-8486FD85385E" src="cid:170a7f174ba1d916d701" class=""> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Here is the REST call to retrieve the roots that no longer returns an empty set:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img id="gmail-m_19588109861423170575912DE3A-9302-4BD4-805E-42C4E202744E" src="cid:170a7f174bb82ba90ef2" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you would like to upload a new version of your source file with these hasTopConcept properties, you should be able to successfully see the class tree in the user interface. One thing to note is that BioPortal has several caches in place for
 performance reasons. When you upload a new submission, the new data may not appear immediately.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all" class="">
<br class="">
-- <br class="">
<div dir="ltr" class="gmail_signature">Manuel Fiorelli</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</blockquote>
</body>
</html>