<div dir="ltr"><div>Hi John</div><div><br></div><div>I logged in BioPortal and now I can see my thesaurus. However, I don't know whether it was a server-side or client-side cache.</div><div><br></div><div>I would like to thank you and Jennifer for the support.</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Manuel</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno gio 5 mar 2020 alle ore 02:37 John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">jgraybeal@stanford.edu</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Manuel, I'm seeing 5 countries as the classes and 5 properties, and several class mappings for each class.
<div><br>
</div>
<div>If you use the Developer view on your browser (CMD-OPTION-I for MacOS Chrome) you can hold down the reload button to clear your local cache, that may do the trick.</div>
<div><br>
</div>
<div>john<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Mar 4, 2020, at 3:49 PM, Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" target="_blank">manuel.fiorelli@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div>Hi Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div>I made a new submission this afternoon, which should contain the triples with the predicate<span> </span><i>hasTopConcept</i>.<span> </span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I can fetch roots with the REST API:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots" target="_blank">https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots</a></div>
<div><br>
</div>
<div>but still the user interfaces produces an error. I hope that this is an issue with caching. I will try again in the next few days.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards</div>
<div>Manuel<br>
</div>
</div>
<br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div class="gmail_quote" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mer 4 mar 2020 alle ore 00:57 Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>> ha scritto:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hello Manuel,
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Mar 3, 2020, at 8:25 AM, Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" target="_blank">manuel.fiorelli@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Hi Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div>thank you very much for the time that you spent on my request for support. I was aware of the limitation regarding the assignment of SKOS concepts to schemes; consequently, I added the "inverse" statements, which unfortunately were written at
 the end of the submission in a separate<span> </span><i>rdf:Description</i>.</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="font-family:monospace"><rdf:Description rdf:about="<a href="http://example.org/conceptScheme_07199b34" target="_blank">http://example.org/conceptScheme_07199b34</a>"><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_48989b6a" target="_blank">http://example.org/c_48989b6a</a>"/><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_e17f8367" target="_blank">http://example.org/c_e17f8367</a>"/><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4b2068df" target="_blank">http://example.org/c_4b2068df</a>"/><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4e52523a" target="_blank">http://example.org/c_4e52523a</a>"/><br>
  <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_968694e7" target="_blank">http://example.org/c_968694e7</a>"/><br>
</rdf:Description></span></div>
<div><br>
</div>
<div>The motivation of this "strange" serialization is that it was generated automatically without enabling the pretty print routines. Do you think that this might explain why root classes aren't found.<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>When I investigated your problem report, I downloaded the file that was associated with your latest submission (the 6th file that you uploaded that is marked as version “1000” in the user interface). That source file doesn’t contain any of the
 hasTopConcept properties that you list above.</div>
<div><br>
</div>
<div>After reading this follow-up message from you, I downloaded one of your previous submissions (the 5th file that you uploaded). In that source file, I do see these hasTopConcept properties. It shouldn’t matter that they are listed at the end of
 your file in a separate rdf:Description. I went ahead and uploaded this source file to our staging environment (this is a private instance that we use internally for testing), and I can confirm that BioPortal properly detected the root classes and the 404
 error no longer appears in the user interface:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><span id="gmail-m_-1989204963166618190cid:170a7f174ba1d916d701"><Screenshot 2020-03-03 15.46.09.png></span> </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Here is the REST call to retrieve the roots that no longer returns an empty set:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><span id="gmail-m_-1989204963166618190cid:170a7f174bb82ba90ef2"><Screenshot 2020-03-03 15.53.59.png></span></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>If you would like to upload a new version of your source file with these hasTopConcept properties, you should be able to successfully see the class tree in the user interface. One thing to note is that BioPortal has several caches in place for
 performance reasons. When you upload a new submission, the new data may not appear immediately.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none" clear="all">
<br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline">--<span> </span></span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div dir="ltr" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
Manuel Fiorelli</div>
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline">_______________________________________________</span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline">bioontology-support
 mailing list</span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
========================
<div>John Graybeal</div>
<div>Technical Program Manager</div>
<div>Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Begin forwarded message:</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<p style="margin:0px 0px 0px 35.7px"><font style="font:12px "Helvetica Neue";color:rgb(0,0,0)" size="3" face="Helvetica Neue" color="#000000">From: Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" target="_blank">manuel.fiorelli@gmail.com</a>></font></p>
<p style="margin:0px 0px 0px 50px"><font style="font:12px "Helvetica Neue";color:rgb(0,0,0)" size="3" face="Helvetica Neue" color="#000000">Subject: Re: [bioontology-support] Problems with root concepts in
 a SKOS ontology</font></p>
<p style="margin:0px 0px 0px 33.4px"><font style="font:12px "Helvetica Neue";color:rgb(0,0,0)" size="3" face="Helvetica Neue" color="#000000">Date: March 4, 2020 at 3:49:46 PM PST</font></p>
<p style="margin:0px 0px 0px 20.5px"><font style="font:12px "Helvetica Neue";color:rgb(0,0,0)" size="3" face="Helvetica Neue" color="#000000">To: Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>></font></p>
<p style="margin:0px 0px 0px 22.3px"><font style="font:12px "Helvetica Neue";color:rgb(0,0,0)" size="3" face="Helvetica Neue" color="#000000">Cc: "<a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a>"
 <<a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a>></font></p>
<p style="margin:0px;min-height:14px"><br>
</p>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div>Hi Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div>I made a new submission this afternoon, which should contain the triples with the predicate
<i>hasTopConcept</i>. <br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I can fetch roots with the REST API:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots" target="_blank">https://data.bioontology.org/ontologies/TESTTES/classes/roots</a></div>
<div><br>
</div>
<div>but still the user interfaces produces an error. I hope that this is an issue with caching. I will try again in the next few days.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards</div>
<div>Manuel<br>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mer 4 mar 2020 alle ore 00:57 Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>> ha scritto:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hello Manuel,
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Mar 3, 2020, at 8:25 AM, Manuel Fiorelli <<a href="mailto:manuel.fiorelli@gmail.com" target="_blank">manuel.fiorelli@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Hi Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div>thank you very much for the time that you spent on my request for support. I was aware of the limitation regarding the assignment of SKOS concepts to schemes; consequently, I added the "inverse" statements, which unfortunately were written at
 the end of the submission in a separate <i>rdf:Description</i>.</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="font-family:monospace"><rdf:Description rdf:about="<a href="http://example.org/conceptScheme_07199b34" target="_blank">http://example.org/conceptScheme_07199b34</a>"><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_48989b6a" target="_blank">http://example.org/c_48989b6a</a>"/><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_e17f8367" target="_blank">http://example.org/c_e17f8367</a>"/><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4b2068df" target="_blank">http://example.org/c_4b2068df</a>"/><br>
   <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_4e52523a" target="_blank">http://example.org/c_4e52523a</a>"/><br>
  <skos:hasTopConcept rdf:resource="<a href="http://example.org/c_968694e7" target="_blank">http://example.org/c_968694e7</a>"/><br>
</rdf:Description></span></div>
<div><br>
</div>
<div>The motivation of this "strange" serialization is that it was generated automatically without enabling the pretty print routines. Do you think that this might explain why root classes aren't found.<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>When I investigated your problem report, I downloaded the file that was associated with your latest submission (the 6th file that you uploaded that is marked as version “1000” in the user interface). That source file doesn’t contain any of the
 hasTopConcept properties that you list above.</div>
<div><br>
</div>
<div>After reading this follow-up message from you, I downloaded one of your previous submissions (the 5th file that you uploaded). In that source file, I do see these hasTopConcept properties. It shouldn’t matter that they are listed at the end of
 your file in a separate rdf:Description. I went ahead and uploaded this source file to our staging environment (this is a private instance that we use internally for testing), and I can confirm that BioPortal properly detected the root classes and the 404
 error no longer appears in the user interface:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="gmail-m_-1989204963166618190gmail-m_19588109861423170574CEABB67-B6DF-42E9-9AE7-8486FD85385E"> </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Here is the REST call to retrieve the roots that no longer returns an empty set:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="gmail-m_-1989204963166618190gmail-m_19588109861423170575912DE3A-9302-4BD4-805E-42C4E202744E"></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>If you would like to upload a new version of your source file with these hasTopConcept properties, you should be able to successfully see the class tree in the user interface. One thing to note is that BioPortal has several caches in place for
 performance reasons. When you upload a new submission, the new data may not appear immediately.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div dir="ltr">Manuel Fiorelli</div>
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
</blockquote>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature">Manuel Fiorelli</div>