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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">John,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I was able to migrate some UMLS and non-UMLS ontologies through the UI without any problems and I can see everything normally in my virtual appliance.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I really appreciate the troubleshooting guide you provided. <o:p>
</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Currently, I am trying to upload SNOMEDCT_US.ttl file through the UI. However, when I upload the ttl file to my instance, I get “We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error” on the UI, and there is no log
 in the admin page. Also, I don’t see a SNOMEDCT directory in the /srv/ncbo/repository directory. I have attached a screenshot of the ontologies api log file to this email.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I tried to open the ttl file in Protégé to check if it was parsed properly, but it took too long to load and just froze.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Can you please help me migrating SNOMEDCT?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank you.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Jahoon<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> John Graybeal <jgraybeal@stanford.edu> <br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 10, 2020 9:28 PM<br>
<b>To:</b> Koo, Jahoon <JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU><br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Question about processing UMLS ontologies<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Jahoon, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Michael did a good job summarizing the challenges for us. As manager I have a bit of discretion, so I'll jump in where I can, but right now we can't provide direct support of your work. My apologies for that, but part of the reason for
 the list is that other people who have had similar issues may be able to help as well.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I appreciate the screen shot and additional details you have offered they are very important. It is very difficult to solve these problems remotely, and it is impossible if you only provide an error message without screenshots (of both
 the submission process you performed, and of the displays that result) and log data. The log data and screenshot you've offered have been a good start; more precise requests are in the steps below.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Congratulations on parsing the UMLS data into TTL files, I'm sure it took a while! I can confirm that uploading the TTL should work on these ontologies, it is compatible with the OWLAPI library we use and we have successfully loaded other
 TTL files. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">These are the things I would do if I were in your situation. If you do these things, it will help you at least narrow down the nature of the problem.  (Ideally this will become part of our on-line documentation soon!)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">1) Take a simple non-UMLS ontology (can use one from BioPortal) and load it. Confirm that you can see everything normally in the UI (look at the classes list in particular), and that you can see appropriate entries in the /srv/ncbo/ontologies_api/shared/log
 directory (mainly the 404 'not found' errors at the end of some lines should be replaced by 200 'status OK' values), and in the /srv/ncbo/repository directory.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">2) Take the smallest TTL file that you want to upload. Examine the text file, confirm that lines look reasonable and that the last line is not incomplete. Open this TTL file in Protege to confirm it will parse correctly. Verify that the
 expected classes (as seen in BioPortal) can be seen in Protege. If the TTL file can not be fully opened in Protege, then something in the UMLS translation did not work. We have no experience here, but someone else may. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">3) Assuming Protege opens the TTL file without issue, submit the TTL file manually to your system. This process should work the same as step 1 and you can verify it the same way. If the first file fails, go to step 4.  If the first file
 succeeds, proceed one file at a time to see which files succeed and which files fail. This will give you a clue where any problem lies (big files, many or few files, etc.—if it's just one file try submitting it to BioPortal to see if that passes). Try step
 2 with any files that fail—if they can not be opened with Protege, BioPortal can not open them either. If their last line is abruptly terminated, that would get us closer. Detailed information about that failure on the Bioportal list might elicit a clue from
 someone else who has gone through this process.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">4) Examine the logs of the submission process by using the Admin page of your BioPortal instance (be sure you are logged in as an administrator), the Ontology Administration page (see image; note the Filter field helps you see specific
 rows). The "Log" hyperlink shows logs of the submission processes that happens; below I've copied our log of this from BioPortal. See what looks the same and what looks different; the pattern is largely the same for all ontologies, and you can view the logs
 of your successful submissions for comparison. (Note the 'diff' command failed, and some indexing commands had issues, in our log; I'm not sure why but these will not be relevant to your problem.)  You can probably guess where the issue first occurred from
 close examination of that log, but if you send that log to us we can guess what might be happening, especially if you send us screen shots of the submission screen (before you click Submit), the directory listing of the submissions directory where the submission
 should appear (or the parent directory if the submission hasn't appeared) and the error log.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">5) Once you have isolated the problem to the exact thing that isn't working, and created an appropriate report with pictures and logs, we or others may be able to help relatively quickly with that problem. We appreciate your patience if
 we can not respond quickly, and in that case we encourage you to continue diving into the system from your side to understand what is going on.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">These are sophisticated and challenging systems that have shared community ownership, so I trust your persistence will be rewarded in due course. You may find revisiting all the <a href="https://www.bioontology.org/wiki/Category:NCBO_Virtual_Appliance">Virtual
 Appliance help pages</a> (see list at the end of that link) helps you put everything in context as you are continuing your troubleshooting. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="640" height="240" style="width:6.6666in;height:2.5in" id="_x0031_D5A0D76-5BCA-4554-A38C-CAE298645376" src="cid:image001.png@01D60449.A66244B0"><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<h1 style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;box-sizing: border-box;font-size:2.5rem;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2">
<span style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#212529;font-weight:normal">Parse Log for ICD9CM<o:p></o:p></span></h1>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#212529"><br style="box-sizing: border-box;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2">
<br>
</span><o:p></o:p></p>
<h2><span style="font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:#212529;font-weight:normal">Log file: ICD9CM/17/parsing.log<o:p></o:p></span></h2>
<pre style="margin-bottom:1rem;box-sizing: border-box;font-variant-ligatures: normal;orphans: 2;widows: 2;overflow:auto"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"># Logfile created on 2019-11-18 20:02:07 -0800 by logger.rb/v1.4.1<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:07.512450 #5869]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:07.535157 #5869]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:07.730390 #5869]  INFO -- : ["Using UMLS turtle file found, skipping OWLAPI parse"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:13.484800 #5869]  INFO -- : ["Triples /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/ICD9CM.ttl appended in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:14.320945 #5869]  INFO -- : ["17: page 1 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.69387213 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:15.824989 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 1."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:15.825102 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:16.038064 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.210233705 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:16.587712 #5869]  INFO -- : ["17: page 2 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.549526678 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:18.134307 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 2."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:18.134387 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:18.352864 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.215125578 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:18.855389 #5869]  INFO -- : ["17: page 3 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.502395089 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:20.464175 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 3."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:20.464284 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:20.678632 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.211600159 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:21.177049 #5869]  INFO -- : ["17: page 4 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.498294527 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:22.747688 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 4."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:22.747787 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:22.965751 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.214613798 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:23.549835 #5869]  INFO -- : ["17: page 5 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.583966778 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:25.106772 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 5."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:25.106862 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:25.417500 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.306262085 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:25.955334 #5869]  INFO -- : ["17: page 6 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.537712308 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:27.567768 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 6."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:27.567847 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:27.799703 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.22695519 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:28.326090 #5869]  INFO -- : ["17: page 7 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.526264929 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:29.982127 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 7."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:29.982235 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:30.221938 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.234746836 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:30.750091 #5869]  INFO -- : ["17: page 8 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.528025614 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:32.406697 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 8."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:32.406797 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:32.635639 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.224060082 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:33.165793 #5869]  INFO -- : ["17: page 9 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.530015955 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:34.824474 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 9."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:34.824567 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:35.056265 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.226847435 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:35.096220 #5869]  INFO -- : ["17: page 10 of 10 - 33 ontology terms retrieved in 0.039867943 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.350747 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 10."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.350851 #5869]  INFO -- : ["Asserting 68 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">>"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.411246 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.057513075 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.411306 #5869]  INFO -- : ["end generate_missing_labels traversed 22533 classes"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.411340 #5869]  INFO -- : ["Saved generated labels in /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/labels.ttl"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.411803 #5869]  INFO -- : ["Completed Missing Labels Generation: 17 in 22.83837378300086 sec. 22533 classes."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.585559 #5869]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.919292 #5869]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 0.205420133 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.921578 #5869]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.000689756 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.945947 #5869]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.024288923 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.946235 #5869]  INFO -- : ["Class metrics finished in 0.360602243 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.946275 #5869]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.946772 #5869]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.947167 #5869]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:36.948358 #5869]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:37.191197 #5869]  INFO -- : ["Java call [java -DentityExpansionLimit=1500000 -Xmx5120M -jar /srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/bin/bubastis.jar -ontology1 /srv/ncbo/repository/ICD9CM/16/ICD9CM.ttl -ontology2 /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/ICD9CM.ttl -output /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/bubastis_diff.xml -format xml]"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:38.744496 #5869]  INFO -- : ["Bubastis diff finished OK."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:38.744557 #5869]  INFO -- : ["Performing diff failed.  Reason: null\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:38.744625 #5869]  INFO -- : ["ontology 1 is a file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/16/ICD9CM.ttl\nontology 2 is a file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/ICD9CM.ttl\ntrying load now\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">E, [2019-11-18T20:02:38.745114 #5869] ERROR -- : ["Bubastis diff for </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> failed - LinkedData::Diff::BubastisDiffException: Bubastis diff command exited with status=0. Output file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/bubastis_diff.xml cannot be found."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">E, [2019-11-18T20:02:38.745269 #5869] ERROR -- : ["LinkedData::Diff::BubastisDiffException: Bubastis diff command exited with status=0. Output file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/bubastis_diff.xml cannot be found.\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/diff/bubastis_diff.rb:100:in `call_bubastis_java_cmd'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/diff/bubastis_diff.rb:114:in `diff'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:340:in `diff'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1090:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\t./bin/ncbo_ontology_process:98:in `block in <main>'\n\t./bin/ncbo_ontology_process:81:in `each'\n\t./bin/ncbo_ontology_process:81:in `<main>'"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:38.835827 #5869]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-18T20:02:38.849751 #5869] DEBUG -- : ["Archiving submissions previous to </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">..."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:38.945586 #5869]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/16"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:39.073811 #5869]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/16"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/16</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-18T20:02:39.078274 #5869] DEBUG -- : ["Completed archiving submissions previous to </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-18T20:02:39.078335 #5869] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 31.64s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:39.098572 #5869]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:39.098620 #5869]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:39.552309 #5869]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.45357125499867834 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-18T20:02:39.579672 #5869]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:49.414900 #1305]  INFO -- : ["Caching classes of ICD9CM"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:50.346732 #1305]  INFO -- : ["Page 1 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.926725123 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:52.107605 #1305]  INFO -- : ["Page 1 of 10 cached in Annotator in 1.760705514 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:52.851484 #1305]  INFO -- : ["Page 2 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.743708626 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:54.531517 #1305]  INFO -- : ["Page 2 of 10 cached in Annotator in 1.679857612 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:55.985973 #1305]  INFO -- : ["Page 3 of 10 - 2500 classes retrieved in 1.454251696 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:59.021801 #1305]  INFO -- : ["Page 3 of 10 cached in Annotator in 3.035339432 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:13:59.762575 #1305]  INFO -- : ["Page 4 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.740614706 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:02.391035 #1305]  INFO -- : ["Page 4 of 10 cached in Annotator in 2.628320488 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:03.151625 #1305]  INFO -- : ["Page 5 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.760251509 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:06.395942 #1305]  INFO -- : ["Page 5 of 10 cached in Annotator in 3.244110993 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:07.281154 #1305]  INFO -- : ["Page 6 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.88502673 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:10.556262 #1305]  INFO -- : ["Page 6 of 10 cached in Annotator in 3.27473589 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:11.405121 #1305]  INFO -- : ["Page 7 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.848712592 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:14.464392 #1305]  INFO -- : ["Page 7 of 10 cached in Annotator in 3.059119161 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:15.355936 #1305]  INFO -- : ["Page 8 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.891182191 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:18.269290 #1305]  INFO -- : ["Page 8 of 10 cached in Annotator in 2.913212045 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:19.054914 #1305]  INFO -- : ["Page 9 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.785449949 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:22.807811 #1305]  INFO -- : ["Page 9 of 10 cached in Annotator in 3.752741496 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:22.888491 #1305]  INFO -- : ["Page 10 of 10 - 33 classes retrieved in 0.08012711 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:22.917793 #1305]  INFO -- : ["Page 10 of 10 cached in Annotator in 0.029105371 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-19T13:14:23.070232 #1305]  INFO -- : ["Completed caching ontology: ICD9CM (</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">) in 33.50305255400599 sec. 22533 classes."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T08:39:43.612549 #7883]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T08:39:43.639090 #7883]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T08:39:43.645578 #7883]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">E, [2019-11-20T08:39:43.647805 #7883] ERROR -- : ["RSolr::Error::Http: RSolr::Error::Http - 400 Bad Request\nError: {\n  \"responseHeader\":{\n    \"status\":400,\n    \"QTime\":0},\n  \"error\":{\n    \"metadata\":[\n      \"error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\",\n      \"root-error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\"],\n    \"msg\":\"undefined field submissionAcronym\",\n    \"code\":400}}\n\nURI: </span><a href="http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> Headers: {\"Content-Type\"=>\"application/json\"}\nRequest Data: \"{\\\"delete\\\":{\\\"query\\\":\\\"submissionAcronym:ICD9CM\\\"}}\"\n\nBacktrace: /srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n(eval):2:in `post'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n\t(eval):2:in `post'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1139:in `index'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1025:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\tbin/ncbo_ontology_index:105:in `index_ontology'\n\tbin/ncbo_ontology_index:164:in `block (2 levels) in <main>'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `each'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `block in <main>'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\tbin/ncbo_ontology_index:154:in `<main>'"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T08:39:43.758958 #7883]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-20T08:39:43.778775 #7883] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 0.24s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T08:39:43.810378 #7883]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T08:39:43.810432 #7883]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T11:45:20.255070 #19191]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T11:45:20.257288 #19191]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T11:45:20.259071 #19191]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">E, [2019-11-20T11:45:20.261311 #19191] ERROR -- : ["RSolr::Error::Http: RSolr::Error::Http - 400 Bad Request\nError: {\n  \"responseHeader\":{\n    \"status\":400,\n    \"QTime\":0},\n  \"error\":{\n    \"metadata\":[\n      \"error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\",\n      \"root-error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\"],\n    \"msg\":\"undefined field submissionAcronym\",\n    \"code\":400}}\n\nURI: </span><a href="http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> Headers: {\"Content-Type\"=>\"application/json\"}\nRequest Data: \"{\\\"delete\\\":{\\\"query\\\":\\\"submissionAcronym:ICD9CM\\\"}}\"\n\nBacktrace: /srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n(eval):2:in `post'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n\t(eval):2:in `post'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1139:in `index'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1025:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\tbin/ncbo_ontology_index:105:in `index_ontology'\n\tbin/ncbo_ontology_index:164:in `block (2 levels) in <main>'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `each'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `block in <main>'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\tbin/ncbo_ontology_index:154:in `<main>'"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T11:45:20.465715 #19191]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-20T11:45:20.474991 #19191] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 0.33s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T11:45:20.498082 #19191]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T11:45:20.498131 #19191]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:00.540334 #31955]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:00.574226 #31955]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:00.580196 #31955]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:00.592327 #31955]  INFO -- : ["Removed ontology terms index (0.01201467s)"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:02.353084 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.701e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:02.778423 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 attributes mapped in 0.425212379 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:11.828062 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 9.049491852 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:12.950236 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 2 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.735e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:13.364981 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 2 of 23 attributes mapped in 0.414563531 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:20.681383 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 2 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 7.316251346 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:22.052976 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 3 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.498e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:22.546871 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 3 of 23 attributes mapped in 0.4937684 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:29.545338 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 3 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.998329012 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:30.684326 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 4 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.089e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:31.087242 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 4 of 23 attributes mapped in 0.402795127 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:37.913014 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 4 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.825633879 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:39.470693 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 5 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.658e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:39.925554 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 5 of 23 attributes mapped in 0.45470115 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:45.881535 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 5 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.95583884 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:46.952455 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 6 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.296e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:47.362203 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 6 of 23 attributes mapped in 0.409378311 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:53.784437 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 6 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.422088928 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:54.930537 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 7 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.153e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:10:55.425453 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 7 of 23 attributes mapped in 0.494520025 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:01.605643 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 7 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.180050321 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:03.019251 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 8 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.607e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:03.419231 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 8 of 23 attributes mapped in 0.399574646 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:09.073943 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 8 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.654564128 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:11.470516 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 9 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.681e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:11.972205 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 9 of 23 attributes mapped in 0.501262563 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:19.871747 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 9 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 7.899397483 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:20.992328 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 10 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.061e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:21.395213 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 10 of 23 attributes mapped in 0.402746955 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:27.697053 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 10 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.301697787 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:28.866376 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 11 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.812e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:29.356955 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 11 of 23 attributes mapped in 0.490177393 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:35.221824 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 11 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.864728349 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:36.356943 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 12 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.023e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:36.761940 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 12 of 23 attributes mapped in 0.404646063 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:42.310600 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 12 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.548524638 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:43.514308 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 13 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.857e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:44.002224 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 13 of 23 attributes mapped in 0.487459615 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:50.589594 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 13 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.587225467 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:51.701078 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 14 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.584e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:52.107673 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 14 of 23 attributes mapped in 0.406461343 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:57.959994 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 14 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.852167832 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:59.215228 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 15 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.685e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:11:59.635655 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 15 of 23 attributes mapped in 0.420024 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:05.339223 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 15 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.703394833 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:06.480823 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 16 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.881e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:06.885257 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 16 of 23 attributes mapped in 0.404082261 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:12.638932 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 16 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.753531322 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:13.926947 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 17 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.648e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:14.325747 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 17 of 23 attributes mapped in 0.398438095 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:20.056132 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 17 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.730239902 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:21.282556 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 18 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.797e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:21.686154 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 18 of 23 attributes mapped in 0.403440579 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:27.520090 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 18 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.833789128 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:28.795681 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 19 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.557e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:29.195848 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 19 of 23 attributes mapped in 0.400042368 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:35.316932 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 19 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.120938664 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:36.458359 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 20 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.337e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:36.950214 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 20 of 23 attributes mapped in 0.491720148 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:42.400377 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 20 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.450031066 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:43.483033 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 21 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.552e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:43.881860 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 21 of 23 attributes mapped in 0.398704173 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:50.475098 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 21 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.593073418 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:51.713574 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 22 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.22e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:52.178317 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 22 of 23 attributes mapped in 0.464622502 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:58.460298 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 22 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 6.28182809 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:59.102649 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 - 533 ontology terms retrieved in 7.752e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:12:59.308354 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 attributes mapped in 0.205559449 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:02.029284 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 - 533 ontology terms indexed in 2.720782777 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:02.403657 #31955]  INFO -- : ["Ontology terms index commit in 0.370600725 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:02.403826 #31955]  INFO -- : ["Completed indexing ontology terms: ICD9CM in 181.82873972100788 sec. 22533 classes."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:02.518306 #31955]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-20T16:13:02.533670 #31955] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 182.09s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:02.558112 #31955]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:02.558209 #31955]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:03.095281 #31955]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.5369328520027921 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T16:13:03.134026 #31955]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:36.564863 #4136]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:36.566836 #4136]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:36.568302 #4136]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:36.571399 #4136]  INFO -- : ["Removed ontology terms index (0.002999925s)"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:37.286657 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 9.314e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:37.711825 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 attributes mapped in 0.425042061 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:43.021195 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.309235169 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:43.318299 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 2 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.702e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:43.717223 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 2 of 23 attributes mapped in 0.3987852 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:47.257259 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 2 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 3.539898231 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:47.637729 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 3 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.807e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:48.035452 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 3 of 23 attributes mapped in 0.397590107 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:52.517272 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 3 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 4.481687324 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:52.826059 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 4 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.898e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:53.288983 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 4 of 23 attributes mapped in 0.462805321 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:58.440014 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 4 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.150904513 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
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<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:11:59.117082 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 5 of 23 attributes mapped in 0.379216746 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
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<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:04.717403 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 6 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.644e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:05.183420 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 6 of 23 attributes mapped in 0.465876926 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:09.664103 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 6 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 4.480550871 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:09.961466 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 7 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.058e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:10.342308 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 7 of 23 attributes mapped in 0.380714738 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:15.686432 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 7 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.343938195 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:16.129233 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 8 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.029e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:16.582026 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 8 of 23 attributes mapped in 0.452667702 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:20.792814 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 8 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 4.210656183 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:21.087513 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 9 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.219e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:21.469819 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 9 of 23 attributes mapped in 0.382179132 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:26.613627 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 9 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.143680586 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:26.985855 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 10 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.782e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:27.380387 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 10 of 23 attributes mapped in 0.394396125 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:32.467134 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 10 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.086608715 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:32.767877 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 11 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.97e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:33.223928 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 11 of 23 attributes mapped in 0.455938289 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:38.305496 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 11 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.081417342 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:38.598877 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 12 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 2.2769e-05 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:38.982798 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 12 of 23 attributes mapped in 0.383776291 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:44.133208 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 12 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.15027603 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:44.431718 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 13 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.666e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:44.884359 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 13 of 23 attributes mapped in 0.452523742 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:50.032702 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 13 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.148182598 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:50.326437 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 14 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.397e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:50.708807 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 14 of 23 attributes mapped in 0.382245297 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:54.930318 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 14 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 4.221378079 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:55.294632 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 15 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 7.357e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:55.712896 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 15 of 23 attributes mapped in 0.418134964 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:12:59.829804 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 15 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 4.116779637 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:00.111839 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 16 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.059e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:00.494193 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 16 of 23 attributes mapped in 0.382237913 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:05.525065 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 16 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.030741553 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:05.814767 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 17 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.038e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:06.272931 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 17 of 23 attributes mapped in 0.458039163 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:11.401688 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 17 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.128616587 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:11.699502 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 18 of 23 - 1000 ontology terms retrieved in 8.085e-06 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:12.076179 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 18 of 23 attributes mapped in 0.376560112 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
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<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:41.191821 #4136]  INFO -- : ["Ontology terms index commit in 0.320092853 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:41.191894 #4136]  INFO -- : ["Completed indexing ontology terms: ICD9CM in 124.62434338399908 sec. 22533 classes."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:41.652636 #4136]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-20T20:13:41.674645 #4136] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 125.19s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:41.696908 #4136]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:41.696961 #4136]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:42.079889 #4136]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.38281066800118424 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-20T20:13:42.109694 #4136]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.777609 #4530]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.806371 #4530]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.807427 #4530]  INFO -- : ["Indexing ontology properties: ICD9CM..."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.812730 #4530]  INFO -- : ["Removed ontology properties index in 0.005202039 seconds."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.874988 #4530]  INFO -- : ["Indexing a total of 1 pages of 2500 properties each."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.891157 #4530]  INFO -- : ["Page 1 of ontology properties indexed in 0.016005195 seconds."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.954055 #4530]  INFO -- : ["Ontology properties index commit in 0.062722131 seconds."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:22:59.954144 #4530]  INFO -- : ["Completed indexing ontology properties of ICD9CM in 0.1467344599950593 sec. Total of 8 properties indexed."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:23:00.091629 #4530]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-22T09:23:00.109962 #4530] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 0.4s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:23:00.137313 #4530]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:23:00.137502 #4530]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:23:00.673691 #4530]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.5360060890088789 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-22T09:23:00.708615 #4530]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:13.675806 #22827]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:14.136566 #22827]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:14.137486 #22827]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.675200 #22827]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 2.970041623 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.679863 #22827]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.001287805 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.724915 #22827]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.04488979 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.725485 #22827]  INFO -- : ["Class metrics finished in 3.587907572 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.725559 #22827]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.726464 #22827]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.727092 #22827]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.728468 #22827]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.942706 #22827]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-25T08:28:17.966375 #22827] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 4.37s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.998213 #22827]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:17.998271 #22827]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:19.211257 #22827]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 1.212825389986392 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T08:28:19.238956 #22827]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:12.716091 #23269]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:12.718240 #23269]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:12.719035 #23269]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.210555 #23269]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 2.333433781 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.212802 #23269]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.000721598 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.259598 #23269]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.046685473 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.259868 #23269]  INFO -- : ["Class metrics finished in 2.54077709 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.259903 #23269]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.260510 #23269]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.260907 #23269]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.262034 #23269]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.444462 #23269]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-25T13:38:15.463127 #23269] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 2.87s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.494895 #23269]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.494949 #23269]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.837981 #23269]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.3428925919579342 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T13:38:15.878180 #23269]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:42.110970 #18107]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:42.113013 #18107]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:42.113724 #18107]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.669191 #18107]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 2.42213605 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.671206 #18107]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.000753163 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.711754 #18107]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.040470732 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.712006 #18107]  INFO -- : ["Class metrics finished in 2.59823014 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.712035 #18107]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.712528 #18107]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.712881 #18107]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.714102 #18107]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.915996 #18107]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-25T14:16:44.921450 #18107] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 2.89s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.944086 #18107]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:44.944148 #18107]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:45.270937 #18107]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.3266836910042912 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:16:45.295926 #18107]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:50.272693 #28421]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:50.274899 #28421]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:50.275683 #28421]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.132823 #28421]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 3.702764051 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.136515 #28421]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.00095404 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.177817 #28421]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.041111278 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.178354 #28421]  INFO -- : ["Class metrics finished in 3.902588342 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.178440 #28421]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.179218 #28421]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.179739 #28421]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.181056 #28421]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.372733 #28421]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> completed successfully"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">D, [2019-11-25T14:54:54.402338 #28421] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17"><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529"> in 4.2s"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.426482 #28421]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.426553 #28421]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.780427 #28421]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.3537290429812856 sec."]<o:p></o:p></span></pre>
<pre><span style="font-size:8.5pt;font-family:Consolas;color:#212529">I, [2019-11-25T14:54:54.803604 #28421]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /</span><span style="font-family:Consolas;color:#212529"><o:p></o:p></span></pre>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Mar 6, 2020, at 2:41 PM, Koo, Jahoon <<a href="mailto:JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU">JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi BioPortal,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This is Jahoon, a student worker from Health Data Compass.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am trying to migrate some UMLS ontologies from BioPortal to my virtual appliance.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have succeeded to install UMLS installation, load subset (RRF) in MySQL, and generate RDF from MySQL as instructed. Currently, I have ttl files of UMLS ontologies that I want to migrate.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have selected UMLS as the format for these ontologies and tried to upload ttl files through the BioPortal Web UI of my virtual appliance. However, I get errors from the Web UI saying, “Incomplete response received from application” or
 “We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error” when I submit an ontology.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Could you please help me solving this problem?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jahoon<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">======================== <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">John Graybeal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Technical Program Manager<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>