<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Jahoon,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Congratulations on your progress! I'm sure that was challenging.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If an ontology isn't loading in Protege, that's the first thing to troubleshoot. That will establish whether it is in fact a valid file. (It is much easier to troubleshoot invalid files with Protege, which is why you should start with that process.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">There is a Protege email list that you can send issues too. You might want to start by visiting <a href="http://protege-project.136.n4.nabble.com/" class="">http://protege-project.136.n4.nabble.com/</a>, their list archives. If you search for
 "can't open ontology" you will probably find a number of responses describing how to troubleshoot this; typically the first response is to increaase the memory of your Protege application. (Instructions are also in the email list.)  </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you can not find any troubleshooting suggestions that work, send an email to the user support list. See <a href="https://protege.stanford.edu/support.php" class="">https://protege.stanford.edu/support.php</a> for information about the email
 lists and how you can subscribe and submit questions. You will usually see an answer from the community fairly quickly.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Once you have a working ontology in Protege, then you can try that ontology as your BioPortal submission. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am not sure what it means that you have no directory for SNOMEDCT submissions; possibly the upload itself did not succeed, perhaps due to a memory or timeout issue.  (The screenshot and parsing log you sent are about ICD9CM, which is a different
 ontology and so not useful here.)  To research the BioPortal issue, you could also try searching the BioPortal support list for trouble loading SNOMEDCT, to see if anyone else hasa had this issue.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'm offering these troubleshooting suggestions because our technical staff is working to meet a deadline for the OntoPortal 3.0 Virtual Appliance release, and has limited availability for support list issues for the next few weeks. Possibly others
 on the list with experience with UMLS will be able to provide more support during this period, once you have gone through the above steps.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 27, 2020, at 2:08 PM, Koo, Jahoon <<a href="mailto:JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU" class="">JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
John,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I was able to migrate some UMLS and non-UMLS ontologies through the UI without any problems and I can see everything normally in my virtual appliance.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I really appreciate the troubleshooting guide you provided.<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Currently, I am trying to upload SNOMEDCT_US.ttl file through the UI. However, when I upload the ttl file to my instance, I get “We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error” on the UI, and there is no log in the admin page.
 Also, I don’t see a SNOMEDCT directory in the /srv/ncbo/repository directory. I have attached a screenshot of the ontologies api log file to this email.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I tried to open the ttl file in Protégé to check if it was parsed properly, but it took too long to load and just froze.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Can you please help me migrating SNOMEDCT?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Jahoon<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tuesday, March 10, 2020 9:28 PM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Koo, Jahoon <<a href="mailto:JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">support@bioontology.org</a><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Question about processing UMLS ontologies<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Jahoon,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Michael did a good job summarizing the challenges for us. As manager I have a bit of discretion, so I'll jump in where I can, but right now we can't provide direct support of your work. My apologies for that, but part of the reason for the list is that other
 people who have had similar issues may be able to help as well.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I appreciate the screen shot and additional details you have offered they are very important. It is very difficult to solve these problems remotely, and it is impossible if you only provide an error message without screenshots (of both the submission process
 you performed, and of the displays that result) and log data. The log data and screenshot you've offered have been a good start; more precise requests are in the steps below.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Congratulations on parsing the UMLS data into TTL files, I'm sure it took a while! I can confirm that uploading the TTL should work on these ontologies, it is compatible with the OWLAPI library we use and we have successfully loaded other TTL files. <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
These are the things I would do if I were in your situation. If you do these things, it will help you at least narrow down the nature of the problem.  (Ideally this will become part of our on-line documentation soon!)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
1) Take a simple non-UMLS ontology (can use one from BioPortal) and load it. Confirm that you can see everything normally in the UI (look at the classes list in particular), and that you can see appropriate entries in the /srv/ncbo/ontologies_api/shared/log
 directory (mainly the 404 'not found' errors at the end of some lines should be replaced by 200 'status OK' values), and in the /srv/ncbo/repository directory.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
2) Take the smallest TTL file that you want to upload. Examine the text file, confirm that lines look reasonable and that the last line is not incomplete. Open this TTL file in Protege to confirm it will parse correctly. Verify that the expected classes (as
 seen in BioPortal) can be seen in Protege. If the TTL file can not be fully opened in Protege, then something in the UMLS translation did not work. We have no experience here, but someone else may. <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
3) Assuming Protege opens the TTL file without issue, submit the TTL file manually to your system. This process should work the same as step 1 and you can verify it the same way. If the first file fails, go to step 4.  If the first file succeeds, proceed one
 file at a time to see which files succeed and which files fail. This will give you a clue where any problem lies (big files, many or few files, etc.—if it's just one file try submitting it to BioPortal to see if that passes). Try step 2 with any files that
 fail—if they can not be opened with Protege, BioPortal can not open them either. If their last line is abruptly terminated, that would get us closer. Detailed information about that failure on the Bioportal list might elicit a clue from someone else who has
 gone through this process.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
4) Examine the logs of the submission process by using the Admin page of your BioPortal instance (be sure you are logged in as an administrator), the Ontology Administration page (see image; note the Filter field helps you see specific rows). The "Log" hyperlink
 shows logs of the submission processes that happens; below I've copied our log of this from BioPortal. See what looks the same and what looks different; the pattern is largely the same for all ontologies, and you can view the logs of your successful submissions
 for comparison. (Note the 'diff' command failed, and some indexing commands had issues, in our log; I'm not sure why but these will not be relevant to your problem.)  You can probably guess where the issue first occurred from close examination of that log,
 but if you send that log to us we can guess what might be happening, especially if you send us screen shots of the submission screen (before you click Submit), the directory listing of the submissions directory where the submission should appear (or the parent
 directory if the submission hasn't appeared) and the error log.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
5) Once you have isolated the problem to the exact thing that isn't working, and created an appropriate report with pictures and logs, we or others may be able to help relatively quickly with that problem. We appreciate your patience if we can not respond quickly,
 and in that case we encourage you to continue diving into the system from your side to understand what is going on.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
These are sophisticated and challenging systems that have shared community ownership, so I trust your persistence will be rewarded in due course. You may find revisiting all the <a href="https://www.bioontology.org/wiki/Category:NCBO_Virtual_Appliance" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">Virtual
 Appliance help pages</a> (see list at the end of that link) helps you put everything in context as you are continuing your troubleshooting. <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
John<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span id="cid:image001.png@01D60449.A66244B0"><image001.png></span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<h1 style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 2.5rem; font-family: Calibri, sans-serif; box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;" class="">
<span style="font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(33, 37, 41); font-weight: normal;" class="">Parse Log for ICD9CM<o:p class=""></o:p></span></h1>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 12pt; font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(33, 37, 41);" class=""><br style="box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2;" class="">
<br class="">
</span><o:p class=""></o:p></div>
<h2 style="margin-right: 0in; margin-left: 0in; font-size: 18pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(33, 37, 41); font-weight: normal;" class="">Log file: ICD9CM/17/parsing.log<o:p class=""></o:p></span></h2>
<pre style="margin: 0in 0in 1rem; font-size: 10pt; font-family: "Courier New"; box-sizing: border-box; font-variant-ligatures: normal; orphans: 2; widows: 2; overflow: auto;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""># Logfile created on 2019-11-18 20:02:07 -0800 by logger.rb/v1.4.1<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:07.512450 #5869]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:07.535157 #5869]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:07.730390 #5869]  INFO -- : ["Using UMLS turtle file found, skipping OWLAPI parse"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:13.484800 #5869]  INFO -- : ["Triples /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/ICD9CM.ttl appended in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:14.320945 #5869]  INFO -- : ["17: page 1 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.69387213 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:15.824989 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 1."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:15.825102 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:16.038064 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.210233705 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:16.587712 #5869]  INFO -- : ["17: page 2 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.549526678 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:18.134307 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 2."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:18.134387 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:18.352864 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.215125578 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:18.855389 #5869]  INFO -- : ["17: page 3 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.502395089 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:20.464175 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 3."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:20.464284 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:20.678632 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.211600159 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:21.177049 #5869]  INFO -- : ["17: page 4 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.498294527 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:22.747688 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 4."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:22.747787 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:22.965751 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.214613798 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:23.549835 #5869]  INFO -- : ["17: page 5 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.583966778 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:25.106772 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 5."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:25.106862 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:25.417500 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.306262085 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:25.955334 #5869]  INFO -- : ["17: page 6 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.537712308 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:27.567768 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 6."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:27.567847 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:27.799703 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.22695519 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:28.326090 #5869]  INFO -- : ["17: page 7 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.526264929 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:29.982127 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 7."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:29.982235 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:30.221938 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.234746836 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:30.750091 #5869]  INFO -- : ["17: page 8 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.528025614 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:32.406697 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 8."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:32.406797 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:32.635639 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.224060082 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:33.165793 #5869]  INFO -- : ["17: page 9 of 10 - 2500 ontology terms retrieved in 0.530015955 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:34.824474 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 9."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:34.824567 #5869]  INFO -- : ["Asserting 5002 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:35.056265 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.226847435 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:35.096220 #5869]  INFO -- : ["17: page 10 of 10 - 33 ontology terms retrieved in 0.039867943 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.350747 #5869]  INFO -- : ["No labels generated in page 10."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.350851 #5869]  INFO -- : ["Asserting 68 mappings in <</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">>"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.411246 #5869]  INFO -- : ["Mapping labels asserted in 0.057513075 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.411306 #5869]  INFO -- : ["end generate_missing_labels traversed 22533 classes"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.411340 #5869]  INFO -- : ["Saved generated labels in /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/labels.ttl"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.411803 #5869]  INFO -- : ["Completed Missing Labels Generation: 17 in 22.83837378300086 sec. 22533 classes."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.585559 #5869]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.919292 #5869]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 0.205420133 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.921578 #5869]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.000689756 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.945947 #5869]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.024288923 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.946235 #5869]  INFO -- : ["Class metrics finished in 0.360602243 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.946275 #5869]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.946772 #5869]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.947167 #5869]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:36.948358 #5869]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:37.191197 #5869]  INFO -- : ["Java call [java -DentityExpansionLimit=1500000 -Xmx5120M -jar /srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/bin/bubastis.jar -ontology1 /srv/ncbo/repository/ICD9CM/16/ICD9CM.ttl -ontology2 /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/ICD9CM.ttl -output /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/bubastis_diff.xml -format xml]"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:38.744496 #5869]  INFO -- : ["Bubastis diff finished OK."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:38.744557 #5869]  INFO -- : ["Performing diff failed.  Reason: null\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:38.744625 #5869]  INFO -- : ["ontology 1 is a file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/16/ICD9CM.ttl\nontology 2 is a file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/ICD9CM.ttl\ntrying load now\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">E, [2019-11-18T20:02:38.745114 #5869] ERROR -- : ["Bubastis diff for </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> failed - LinkedData::Diff::BubastisDiffException: Bubastis diff command exited with status=0. Output file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/bubastis_diff.xml cannot be found."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">E, [2019-11-18T20:02:38.745269 #5869] ERROR -- : ["LinkedData::Diff::BubastisDiffException: Bubastis diff command exited with status=0. Output file /srv/ncbo/repository/ICD9CM/17/bubastis_diff.xml cannot be found.\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/diff/bubastis_diff.rb:100:in `call_bubastis_java_cmd'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/diff/bubastis_diff.rb:114:in `diff'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:340:in `diff'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1090:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\t./bin/ncbo_ontology_process:98:in `block in <main>'\n\t./bin/ncbo_ontology_process:81:in `each'\n\t./bin/ncbo_ontology_process:81:in `<main>'"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:38.835827 #5869]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-18T20:02:38.849751 #5869] DEBUG -- : ["Archiving submissions previous to </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">..."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:38.945586 #5869]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/16"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:39.073811 #5869]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/16" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/16</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-18T20:02:39.078274 #5869] DEBUG -- : ["Completed archiving submissions previous to </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-18T20:02:39.078335 #5869] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 31.64s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:39.098572 #5869]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:39.098620 #5869]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:39.552309 #5869]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.45357125499867834 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-18T20:02:39.579672 #5869]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:49.414900 #1305]  INFO -- : ["Caching classes of ICD9CM"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:50.346732 #1305]  INFO -- : ["Page 1 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.926725123 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:52.107605 #1305]  INFO -- : ["Page 1 of 10 cached in Annotator in 1.760705514 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:52.851484 #1305]  INFO -- : ["Page 2 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.743708626 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:54.531517 #1305]  INFO -- : ["Page 2 of 10 cached in Annotator in 1.679857612 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:55.985973 #1305]  INFO -- : ["Page 3 of 10 - 2500 classes retrieved in 1.454251696 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:59.021801 #1305]  INFO -- : ["Page 3 of 10 cached in Annotator in 3.035339432 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:13:59.762575 #1305]  INFO -- : ["Page 4 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.740614706 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:02.391035 #1305]  INFO -- : ["Page 4 of 10 cached in Annotator in 2.628320488 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:03.151625 #1305]  INFO -- : ["Page 5 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.760251509 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:06.395942 #1305]  INFO -- : ["Page 5 of 10 cached in Annotator in 3.244110993 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:07.281154 #1305]  INFO -- : ["Page 6 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.88502673 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:10.556262 #1305]  INFO -- : ["Page 6 of 10 cached in Annotator in 3.27473589 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:11.405121 #1305]  INFO -- : ["Page 7 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.848712592 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:14.464392 #1305]  INFO -- : ["Page 7 of 10 cached in Annotator in 3.059119161 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:15.355936 #1305]  INFO -- : ["Page 8 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.891182191 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:18.269290 #1305]  INFO -- : ["Page 8 of 10 cached in Annotator in 2.913212045 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:19.054914 #1305]  INFO -- : ["Page 9 of 10 - 2500 classes retrieved in 0.785449949 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:22.807811 #1305]  INFO -- : ["Page 9 of 10 cached in Annotator in 3.752741496 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:22.888491 #1305]  INFO -- : ["Page 10 of 10 - 33 classes retrieved in 0.08012711 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:22.917793 #1305]  INFO -- : ["Page 10 of 10 cached in Annotator in 0.029105371 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-19T13:14:23.070232 #1305]  INFO -- : ["Completed caching ontology: ICD9CM (</span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">) in 33.50305255400599 sec. 22533 classes."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T08:39:43.612549 #7883]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T08:39:43.639090 #7883]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T08:39:43.645578 #7883]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">E, [2019-11-20T08:39:43.647805 #7883] ERROR -- : ["RSolr::Error::Http: RSolr::Error::Http - 400 Bad Request\nError: {\n  \"responseHeader\":{\n    \"status\":400,\n    \"QTime\":0},\n  \"error\":{\n    \"metadata\":[\n      \"error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\",\n      \"root-error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\"],\n    \"msg\":\"undefined field submissionAcronym\",\n    \"code\":400}}\n\nURI: </span><a href="http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> Headers: {\"Content-Type\"=>\"application/json\"}\nRequest Data: \"{\\\"delete\\\":{\\\"query\\\":\\\"submissionAcronym:ICD9CM\\\"}}\"\n\nBacktrace: /srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n(eval):2:in `post'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n\t(eval):2:in `post'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1139:in `index'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1025:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\tbin/ncbo_ontology_index:105:in `index_ontology'\n\tbin/ncbo_ontology_index:164:in `block (2 levels) in <main>'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `each'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `block in <main>'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\tbin/ncbo_ontology_index:154:in `<main>'"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T08:39:43.758958 #7883]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-20T08:39:43.778775 #7883] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 0.24s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T08:39:43.810378 #7883]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T08:39:43.810432 #7883]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T11:45:20.255070 #19191]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T11:45:20.257288 #19191]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T11:45:20.259071 #19191]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">E, [2019-11-20T11:45:20.261311 #19191] ERROR -- : ["RSolr::Error::Http: RSolr::Error::Http - 400 Bad Request\nError: {\n  \"responseHeader\":{\n    \"status\":400,\n    \"QTime\":0},\n  \"error\":{\n    \"metadata\":[\n      \"error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\",\n      \"root-error-class\",\"org.apache.solr.common.SolrException\"],\n    \"msg\":\"undefined field submissionAcronym\",\n    \"code\":400}}\n\nURI: </span><a href="http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://ncbo-prd-sol-01.stanford.edu:8983/solr/term_search_core2/update?wt=json\nRequest</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> Headers: {\"Content-Type\"=>\"application/json\"}\nRequest Data: \"{\\\"delete\\\":{\\\"query\\\":\\\"submissionAcronym:ICD9CM\\\"}}\"\n\nBacktrace: /srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n(eval):2:in `post'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:206:in `rescue in execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:196:in `execute'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:191:in `send_and_receive'\n\t(eval):2:in `post'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:94:in `update'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/gems/rsolr-2.2.1/lib/rsolr/client.rb:157:in `delete_by_query'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/goo-813f5c5c4e47/lib/goo/search/search.rb:82:in `unindexByQuery'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:425:in `unindex_by_acronym'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology.rb:415:in `unindex'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1145:in `block in index'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1139:in `index'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/vendor/bundle/ruby/2.5.0/bundler/gems/ontologies_linked_data-57e648194224/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb:1025:in `process_submission'\n\t/srv/ncbo/ncbo_cron/lib/ncbo_cron/ontology_submission_parser.rb:177:in `process_submission'\n\tbin/ncbo_ontology_index:105:in `index_ontology'\n\tbin/ncbo_ontology_index:164:in `block (2 levels) in <main>'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `each'\n\tbin/ncbo_ontology_index:163:in `block in <main>'\n\t/usr/local/rbenv/versions/2.5.6/lib/ruby/2.5.0/benchmark.rb:308:in `realtime'\n\tbin/ncbo_ontology_index:154:in `<main>'"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T11:45:20.465715 #19191]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-20T11:45:20.474991 #19191] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 0.33s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T11:45:20.498082 #19191]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T11:45:20.498131 #19191]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:10:00.540334 #31955]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:10:00.574226 #31955]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:10:00.580196 #31955]  INFO -- : ["Indexing ontology terms: ICD9CM..."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:10:00.592327 #31955]  INFO -- : ["Removed ontology terms index (0.01201467s)"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
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<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:10:02.778423 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 1 of 23 attributes mapped in 0.425212379 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
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<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:12:59.308354 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 attributes mapped in 0.205559449 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:02.029284 #31955]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 - 533 ontology terms indexed in 2.720782777 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:02.403657 #31955]  INFO -- : ["Ontology terms index commit in 0.370600725 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:02.403826 #31955]  INFO -- : ["Completed indexing ontology terms: ICD9CM in 181.82873972100788 sec. 22533 classes."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:02.518306 #31955]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-20T16:13:02.533670 #31955] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 182.09s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:02.558112 #31955]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:02.558209 #31955]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:03.095281 #31955]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.5369328520027921 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T16:13:03.134026 #31955]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:11:36.564863 #4136]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:11:36.566836 #4136]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
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<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:38.813819 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 22 of 23 - 1000 ontology terms indexed in 5.120012623 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:38.964477 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 - 533 ontology terms retrieved in 1.6697e-05 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
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<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:40.870177 #4136]  INFO -- : ["Thread 1: Page 23 of 23 - 533 ontology terms indexed in 1.709450258 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:41.191821 #4136]  INFO -- : ["Ontology terms index commit in 0.320092853 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:41.191894 #4136]  INFO -- : ["Completed indexing ontology terms: ICD9CM in 124.62434338399908 sec. 22533 classes."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:41.652636 #4136]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-20T20:13:41.674645 #4136] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 125.19s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:41.696908 #4136]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:41.696961 #4136]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:42.079889 #4136]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.38281066800118424 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-20T20:13:42.109694 #4136]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.777609 #4530]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.806371 #4530]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.807427 #4530]  INFO -- : ["Indexing ontology properties: ICD9CM..."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.812730 #4530]  INFO -- : ["Removed ontology properties index in 0.005202039 seconds."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.874988 #4530]  INFO -- : ["Indexing a total of 1 pages of 2500 properties each."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.891157 #4530]  INFO -- : ["Page 1 of ontology properties indexed in 0.016005195 seconds."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.954055 #4530]  INFO -- : ["Ontology properties index commit in 0.062722131 seconds."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:22:59.954144 #4530]  INFO -- : ["Completed indexing ontology properties of ICD9CM in 0.1467344599950593 sec. Total of 8 properties indexed."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:23:00.091629 #4530]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-22T09:23:00.109962 #4530] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 0.4s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:23:00.137313 #4530]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:23:00.137502 #4530]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:23:00.673691 #4530]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.5360060890088789 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-22T09:23:00.708615 #4530]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:13.675806 #22827]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:14.136566 #22827]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:14.137486 #22827]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.675200 #22827]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 2.970041623 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.679863 #22827]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.001287805 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.724915 #22827]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.04488979 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.725485 #22827]  INFO -- : ["Class metrics finished in 3.587907572 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.725559 #22827]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.726464 #22827]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.727092 #22827]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.728468 #22827]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.942706 #22827]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-25T08:28:17.966375 #22827] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 4.37s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.998213 #22827]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:17.998271 #22827]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:19.211257 #22827]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 1.212825389986392 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T08:28:19.238956 #22827]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:12.716091 #23269]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:12.718240 #23269]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:12.719035 #23269]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.210555 #23269]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 2.333433781 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.212802 #23269]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.000721598 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.259598 #23269]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.046685473 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.259868 #23269]  INFO -- : ["Class metrics finished in 2.54077709 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.259903 #23269]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.260510 #23269]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.260907 #23269]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.262034 #23269]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.444462 #23269]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-25T13:38:15.463127 #23269] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 2.87s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.494895 #23269]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.494949 #23269]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.837981 #23269]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.3428925919579342 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T13:38:15.878180 #23269]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:42.110970 #18107]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:42.113013 #18107]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:42.113724 #18107]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.669191 #18107]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 2.42213605 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.671206 #18107]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.000753163 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.711754 #18107]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.040470732 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.712006 #18107]  INFO -- : ["Class metrics finished in 2.59823014 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.712035 #18107]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.712528 #18107]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.712881 #18107]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.714102 #18107]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.915996 #18107]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-25T14:16:44.921450 #18107] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 2.89s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.944086 #18107]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:44.944148 #18107]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:45.270937 #18107]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.3266836910042912 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:16:45.295926 #18107]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /srv/ncbo/share/env/production/reports/ontologies_report.json.\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:50.272693 #28421]  INFO -- : ["Starting to process </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:50.274899 #28421]  INFO -- : ["Starting to process ICD9CM/submissions/17"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:50.275683 #28421]  INFO -- : ["metrics_for_submission start"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.132823 #28421]  INFO -- : ["Metrics groupby_children retrieved 4003 in 3.702764051 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.136515 #28421]  INFO -- : ["Metrics count_classes retrieved 22533 in 0.00095404 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.177817 #28421]  INFO -- : ["Metrics count cls with def 0 in 0.041111278 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.178354 #28421]  INFO -- : ["Class metrics finished in 3.902588342 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.178440 #28421]  INFO -- : ["class_metrics finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.179218 #28421]  INFO -- : ["individuals finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.179739 #28421]  INFO -- : ["properties finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.181056 #28421]  INFO -- : ["generation of metrics file finished"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.372733 #28421]  INFO -- : ["Submission processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> completed successfully"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">D, [2019-11-25T14:54:54.402338 #28421] DEBUG -- : ["Completed processing of </span><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas;" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17</span></a><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""> in 4.2s"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.426482 #28421]  INFO -- : ["Running ontologies report for ontologies ICD9CM...\n"]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.426553 #28421]  INFO -- : ["Processing report for ICD9CM - 1 of 1 ontologies."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.780427 #28421]  INFO -- : ["Finished report for ICD9CM in 0.3537290429812856 sec."]<o:p class=""></o:p></span></pre>
<pre style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><span style="font-size: 8.5pt; font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class="">I, [2019-11-25T14:54:54.803604 #28421]  INFO -- : ["Finished updating report for ontologies ICD9CM. Wrote report data to /</span><span style="font-family: Consolas; color: rgb(33, 37, 41);" class=""><o:p class=""></o:p></span></pre>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<br class="">
<o:p class=""></o:p></div>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On Mar 6, 2020, at 2:41 PM, Koo, Jahoon <<a href="mailto:JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">JAHOON.KOO@UCDENVER.EDU</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi BioPortal,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
This is Jahoon, a student worker from Health Data Compass.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am trying to migrate some UMLS ontologies from BioPortal to my virtual appliance.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have succeeded to install UMLS installation, load subset (RRF) in MySQL, and generate RDF from MySQL as instructed. Currently, I have ttl files of UMLS ontologies that I want to migrate.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have selected UMLS as the format for these ontologies and tried to upload ttl files through the BioPortal Web UI of my virtual appliance. However, I get errors from the Web UI saying, “Incomplete response received from application” or “We're sorry but something
 has gone wrong. We have been notified of this error” when I submit an ontology.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Could you please help me solving this problem?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Jahoon<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">========================<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">John Graybeal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">Technical Program Manager<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360<o:p class=""></o:p></span></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
</div>
<span id="cid:63BEE78F-B707-4021-AE23-58A522521749@attlocal.net"><snomed.PNG></span></div>
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<br class="">
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<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
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<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
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